「所恃者，堂上不用刑！」孫衣言說，「鄭大人兩綰秋曹，律例自然精通，倒要請教鄭大人，如何才能教張文祥吐實？」
「說起來我是三進刑部，不止兩綰秋曹。」鄭敦謹說：「大清律例嘛，如今年紀大了，只怕記不周全，三十年前剛分部的時候，背得極熟。教犯人吐實，自然也有辦法，無奈不能用！」
「想來鄭大人是指的刑訊之制。」孫衣言特為搶在他前面說：「凡命案重案，男子許用夾棍，女子許用拶指，這是律有明文的。」
「不錯，律有明文。」鄭敦謹答道，「然而仍舊不能用。這個犯人在堂上的情形，老兄已經親見，刑用得輕了，熬刑不供，無濟於事，用得重了，怕有瘐斃的情事出現，那時我擔處分是小事，不能明正典刑，豈非更對不起馬端愍？」
「在法言法。」袁保慶幫著爭辯，「夾棍既為律之所許，自然應當用，用過了無濟於事，事後就無遺憾了。」
「老兄只知其一，不知其二。」鄭敦謹搖著頭說：「‘三木之下，何求不得’？倘或誣服，隨意供出幾個人來，說是幕後指使，請問，又將為之何？」
「自然依法傳訊。」
「傳訊不承，難道又用刑求？」
「未曾傳訊，安知其不承？」
兩個人針鋒相對，展開激辯，一場舌戰無結果而散，反倒耽誤了這天的審問。到第二天，接得訊息，說有一營新兵，因為長官苛虐，有譁變之虞，袁保慶不能不親自去料理，剩下孫衣言一個人參加會審，自更不發生作用。而從這天審過以後，鄭敦謹又鬧病，中間停了幾天。事實上審與不審，幾無區別，孫、袁二人，爭既爭不過，鬧亦鬧不起來，照例陪坐而一籌莫展，以致變得視會審為一大苦事。
在此期間，有好些人來遊說解勸，多雲張文祥死既不怕，便無所畏，刑訊之下，倘或任意胡攀，使得案子拖下來不能早結，則各種離奇的謠言，將會層出不窮，愈傳愈盛，使得馬新貽的清譽，更受玷辱。倘或張文祥竟死在獄中，則成千古疑案，越發對馬新貽的聲名不利。
還有一些人則比較說得坦率，而話愈坦率，愈見得此案難辦。他們向孫衣言、袁保慶提出一個難題：張文祥在刑訊之下，據實招供，是湘軍某某人、某某人所指使，說不定還會扯上江南水師提督黃翼升的名字，請問辦是不辦？到時候說不定軍機處會來一道廷寄，轉述密旨，以大局為重，不了了之，則欲求此刻所得的結果，將張文祥比照大逆治罪，或許亦不可得。再有少數人的措詞，更玄妙得叫人無法置答，說是倘或因嚴追指使而激出變故，地方受害，只怕反令公忠體國的馬新貽，在九泉之下不安。這樣，孫、袁二人的執持，反倒是違反死者的本意了。
就這樣川流不息地爭辯著，搞得孫衣言和袁保慶筋疲力竭，六神不安。最後有了結果，認為張文祥的行兇原因，與魁玉、張之萬的審問所得，完全一樣。
供詞已經全部整理好，即將出奏，會審的人照例都該「閱供」具名，表示負責。孫衣言和袁保慶，使出最後一項法寶，拒絕具名。
「這是無法勉強的事。」鄭敦謹苦笑著說，「案子總得要結，只好我跟滌相會銜出奏。反正凶手是張文祥，定擬了‘比照謀反叛逆，凌遲處死，並摘心致祭’的罪，對馬端愍也算有了交代了。」
在會銜復奏時，曾國藩特別附了一個夾片，陳明「實無主使別情」。他是個重實踐的人，與那些三天一奏、五天一折，喜歡發議論以見其能的督撫，純然兩路，無事不上奏，所以上奏格外有力，附這樣一個夾片，雖不免「此地無銀三百兩」的痕跡，但確有用處，意思是知會軍機，此案到此就算結束，再也問不出別的來了。這樣，倘或還有言官不服，要想翻案，軍機處就會替他擋在前面，設法消弭，不致再別生枝節。
當然，馬新貽的家屬、舊部，還有些秉性正直的人，心有不甘，但也只能發發牢騷，無可作為。朝廷重視此案，兩派欽使，而且對馬新貽的卹典甚厚，總算仁至義盡，這口氣還能叫人咽得下去。至於案子的辦得不徹底，細細想去，也實在有些難處，再加上曾國藩的「面子」，就只有忍氣吞聲。不過孫衣言是個讀書人，有筆在手，可以不爭一時爭千秋，他為馬新貽所撰的墓誌銘，秉筆直書：
「賊悍且狡，非酷刑不能得實，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏！衣言遂不書‘諾’。嗚呼！衣言之所以力爭，亦豈獨為公一人也哉？」
這篇文章一齣，外界才知別有隱情，對鄭敦謹的聲名，是個很大的打擊。他本來就有難言的委屈，從結案以後，就杜門不出，欽差在辦案期間，關防是要嚴密的，一到結案，便不妨會客應酬。而魁玉邀遊清涼山，曾國藩約在後湖泛舟，鄭敦謹一概辭謝，只傳諭首縣辦差僱船，定在二月初回京覆命。
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於是曾國藩派了一名戈什哈，去送程儀，兩名司官每人一百兩，這在「曾中堂」，出手已經算很闊的了。送鄭敦謹的是二百兩，附了一封曾國藩親筆寫的信，說這筆程儀，是致送同年，不是饋贈欽差，同時表明，絕非公款，是從他個人的薪給中分出來的，請鄭敦謹無論如何不可推卻，否則就是不念交情。
鄭敦謹還是「不念交情」，斷然謝絕。到了二月初六，攜帶隨從，上船回京，一路悶悶不樂，每每終宵長吁短嘆。這樣到了清江浦，便得起旱換車北上，新任漕運總督張兆棟把他接到衙門裡去住，留他盤桓數日，鄭敦謹無可無不可地答應了。
不久，從江寧來的訊息，鄭敦謹和曾國藩會銜的奏摺，已奉上諭批准，馬新貽「著再加恩，照陣亡例賜卹，並於江寧省城建立專祠，用示篤念藎臣，有加無已至意。」而張文祥也就在上諭到達的第二天伏法，行刑的地點在江寧城北小營，曾國藩親臨監視。兩江總督親蒞刑場，監視正法，是從未有過的事，因而引起許多揣測，說倘非如此，或者會有意想不到的變故，唯有曾國藩親臨坐鎮，才得安然無事。
鄭敦謹又聽到訊息，說馬家的報復甚酷，定製了一把刀、一把鉤，交給劊子手作行刑之用。凌遲重刑，數十年難得一見，有人說只「扎八刀」，有點臠割的意思就行了，有人說要用「魚鱗剮」，一片片細切。