光緒元年丁日昌當福建巡撫，兼充船政大臣，特地調李鳳苞為船政局總考工。以後遣派水師學生留學，由李鳳苞充任監督，帶領出洋。
光緒四年繼劉錫鴻為駐德國使臣，以迄於今。
「李鳳苞對造船，原是內行，而且在外洋多年，洞悉洋人本性。不過，臣與他本無淵源，只覺得他很乾練，操守亦還可信。而況他是朝廷駐德的使臣，這幾年既然向德國訂造鐵甲船，臣自然委託他經理。」
這是李鴻章為自己開脫責任。慈禧太后懂他的意思，點頭說道：「原不與你相干。將來等船到了，有沒有象王詠霓所說的那些情弊，當然要切切實實查一查。你也不必迴護他。」
最後這句話頗見分量。李鴻章誠惶誠恐地答道：「臣不敢！」
「七爺！」慈禧太后遂即吩咐：「你就傳話給軍機擬旨吧！你一個，李鴻章一個，」她想了一下又說：「再派奕劻。就是你們三個，會同去查。」
這重公案，到此算是有了處理的辦法。雖然面子上不甚好看，但還算是不幸中的大幸，因為醇王與奕劻都可以講得通。倘或交都察院或者兵部，甚至刑部查辦，要想大事化小，小事化無就不容易了。
「李鴻章！」慈禧太后談到一件耿耿於懷的事，「蠶池口的天主教堂，那麼高！西苑的動靜，都在洋人眼裡了。實在不大妥當。六月裡，神機營找過一個英國人，他上了一個條陳，說有法子讓他們遷走。這件事別人辦不了，你得好好費心。」
李鴻章在天津就聽說過此事，料知責無旁貸，也約略思量過應付之道，此時自然毫不遲疑地應承：「皇太后請放心！
臣盡力去辦，辦妥為止。「
這個答覆簡捷痛快，慈禧太后深為滿意，轉臉對醇王說道：「你就把那個條陳交給李鴻章吧！」
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等李鴻章回到賢良寺，總理衙門已將條陳送到。上條陳的英國人叫敦約翰，十年前曾由英國公使威妥瑪介紹，與李鴻章見過一面。在他的印象中，此人謹慎能幹，頗可信賴。因此，李鴻章對他的條陳，相當重視，急著要看。
原本是英文，由北洋衙門的洋務委員伍廷芳，連夜趕譯成中文。接著便將敦約翰約了來，當面商談。
「你為北堂所上的條陳，我已經看到了。今天要跟你細細請教。」
等伍廷芳譯述了李鴻章的話，敦約翰答道：「神機營有個姓恩的道員，是我的朋友，他來跟我說：北堂建在內城，鄰近宮殿，大不相宜，能不能把這個教堂拆掉？我告訴他說，拆教堂這件事，褻瀆宗教，是極大的忌諱，切不可魯莽。他請我想辦法，我考慮了好久，認為只有一個辦法或者可行，就是在京城裡，另外找一處大小相稱的地方，照北堂原來的規模，新造一所教堂，作為交換。恩道員就請我寫一個書面檔案，拿走了。」
「原來如此！」李鴻章問道：「北堂現在由誰主持？」
「是義大利人，名叫德理雅布，我也認識的。」
「屬於那個教會？」
「屬於法國的教會。」
「拆北堂一事，跟德理雅布交涉，行不行？」
「不行，不行！」敦約翰連連搖手：「以前的主持叫都樂布理斯，秉性和平，有勇有謀，跟他商量，或者可以成功。現在的這個德理雅布，是去年都樂布理斯去世以後，由宣化府調來的。此人膽小，沒有主見，跟他商量，一定大為張皇，反而誤事。」
「那麼，」李鴻章問：「跟法國公使商量呢？」
「更加不可以。法國一定會從中作梗，無濟於事。」敦約翰說，「這件事如果希望成功，只有派人到巴黎，與北堂所屬教會的會長商量，得到他的許可，法國公使就不會再阻撓了。」
敦約翰在條陳中，曾經自告奮勇，所以李鴻章問他：「如果請你去，你是英國人，怎麼能辦得通？」
「我雖是英國人，但是我信奉天主教，以教友的資格，代表中國去交涉。」
「如果請你代辦，你這個交涉，預備怎麼一個辦法？」
「第一，」敦約翰說，「要請中國政府給我一份委任書，作為憑證；第二，我到了巴黎，先要聯絡幾位有聲望的人士，請求他們協助；第三，見了法國天主教會的會長，我預備這樣說……。」
敦約翰的說詞是：天主教在中國傳教，一向受到優待保護。如上年中法失和，兵戎相見，而法國教士受中國政府保護，照常傳教，並未驅逐出境。這種格外體恤的恩惠，不可忘記。
北堂的建制過高，下窺宮廷，依照中國的習慣，是一件不能容忍的事。