四月，劉協在荀彧、張楊等人護送下，回至洛陽，逃往野王的董承也得以率兵還回。小皇帝的東歸之路整整走了十個月。獻帝以護駕之功，遷張楊大司馬，董承為大將軍，郭太為車騎將軍、劉琦為驃騎將軍、假司隸校尉，皆假節。
洛陽經歷董卓之亂後，已成廢墟，劉協居於新修之南宮楊安殿，百官皆無住所，「披荊棘，依牆壁間」。時州郡貢奉不至，洛陽糧荒，郡臣飢乏，或有餓死者。君臣處境十分狼狽。
建安元年（196）二月，曹操在兗州站穩腳跟後，開始向外擴充套件勢力。時汝南郡、潁川郡，黃巾軍何義、劉闢、黃邵、何曼等部，各有兵數萬，趁曹呂相爭起兵攻掠城池。曹操率兵進擊，在許縣一帶擊破何義等軍，勢力發展到豫州，軍隊實力也有`所增強，漢廷拜曹操為建德將軍。
攻下許縣以後，曹操與眾謀士商定迎接皇帝。於是派遣大將曹洪至洛陽迎接獻帝，董承等拒險阻擋，曹洪未能如願。
劉協回到洛陽後，荀彧暫留宮中聽用，被命為待中。大臣張楊、董承等互相猜忌不和。議郎董昭認為曹操是天下英雄，與曹操聯絡。董昭拉攏董承說張揚是袁紹黨羽，而袁紹又不願奉天子；而劉琦地處邊塞，好征伐。正好這時董承把持朝庭兵馬又無糧草，而朝中又沒有黨援，便假作曹操收信於董承，信中說曹操願為董承外援，並說董承有兵，曹操有糧，正好互通有無。董承得信大喜，遂表曹操為鎮東將軍，襲父爵費亭侯。不久，董承因郭太、張楊等據功自傲胡作非為，暗中召曹操入朝，以制張楊等人。
五月，曹操帶兵入洛陽朝見劉協，一碗雞湯收買了劉協柔弱的心靈，然後奏郭太、張楊之罪。郭太再逃河東，獻帝因郭太等護送之功，詔令赦免。獻帝遂以曹操領司隸校尉、錄尚書事、假節鉞。曹操以護駕之功奏封衛將軍董承等十三人為列侯，以罪殺侍中臺崇、尚書馮碩等三人，初執朝政。荀彧看穿曹操狼子野心，多次勸諫劉協，劉協不從。荀彧心恢心冷，急發書信與劉琦。
建安元年（196）六月，曹操入朝執政後，本想遷都於許縣，但因獻帝久經顛沛流離，形勢初定，怕再次遷都遭人非議，為此猶豫不決。於是問計於議郎董昭。董昭說，現洛陽諸將人多意雜，不一定服從，要成就大事，只有遷都。董昭又對曹操說，行非常之事，才能有非常之功，希望曹操深思熟慮，從大處著眼，早日決斷。董昭建議曹操先遣使拜謝董承表自己為鎮東將軍的恩情，以安董承之心，然後對董承表示，洛陽糧食困難，先讓獻帝暫時到距離許縣較近的魯陽，以便保證糧食供應。董承居功自傲一定不會懷疑，然後將獻帝直接迎至許縣。
六月中旬，劉琦平定弘農全境，屯兵澠池，率三千神刀衛進入洛陽。
曹操、劉琦二人本就有舊，見面相互客套一番。
朝堂上，曹操已買通百官，勸說劉協遷都。荀彧已是百口莫辯，見劉琦低頭不語，也住口不言。劉協見迎他東歸的最大功臣不高興了，就更加為難了，問劉琦道：「皇兄，這洛陽確實破敗，實在不適作為國都。兄有何議？何不說出來大家商議？」
「陛下即欲遷都，何不遷往晉陽？穎川多賊亂，而幷州安定多年，驃騎將軍勤政愛民，晉陽城的繁華已不下當日的東都。」荀彧再次反駁。
曹操此時豪氣縱生，對著滿朝文武道：「我袞州如今兵強馬壯，帶甲三十萬，戰將數千員，平定穎川、汝南亂軍只用了月餘時間。且許縣居中原腹地，地廣人多，重建新都，聚華只不過年餘時間。而幷州地處邊陲，山高路遠，又有胡蠻邊患，陛下九五之尊，豈可居於那苦寒之地？」
「是啊……」
「曹將軍所言極是！」
……