爾時.曼殊室利童子白佛言．世尊．我當誓於像法轉時．以種種方便．令諸淨信善男子.善女人等．得聞世尊藥師琉璃光如來名號．乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。世尊．若於此經受持讀誦．或復為他演說開示．若自書.若教人書．恭敬尊重．以種種華香.塗香.末香.燒香.花鬘(mán).瓔(yīng)珞(luò).幡(fān)蓋.伎(jì)樂(yuè)．而為供養。以五色彩．作囊(náng)盛之.掃灑淨處．敷(fū)設高座．而用安處。爾時四大天王與其眷屬．及餘無量百千天眾．皆詣(yì)其所．供養守護。世尊．若此經寶流行之處．有能受持．以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德．及聞名號．當知是處無復橫死。亦復不為諸惡鬼神奪其精氣。設已奪者．還得如故．身心安樂。
佛告曼殊室利．如是如是．如汝所說。曼殊室利．若有淨信善男子.善女人等．欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者．應先造立彼佛形像．敷清淨座而安處之。散種種花．燒種種香．以種種幢(chuáng)幡(fān)莊嚴其處。七日七夜受八分齋戒．食清淨食．澡浴香潔．著清淨衣．應生無垢(gòu)濁(zhuó)心．無怒害心．於一切有情起利益安樂.慈悲喜捨.平等之心．鼓樂(yuè).歌贊．右繞佛像。復應念彼如來本願功德．讀誦此經．思惟其義．演說開示。隨所樂求．一切皆遂．求長壽得長壽．求富饒得富饒．求官位得官位．求男女得男女。若復有人．忽得惡夢．見諸惡相。或怪鳥來集．或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具．恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者．惡夢.惡相.諸不吉祥．皆悉隱沒．不能為患。或有水.火.刀.毒.懸險.惡象.師子.虎.狼.熊.羆(pí).毒蛇.惡蠍(xiē).蜈蚣.蚰(yóu)蜒(yán).蚊.虻(méng)等怖。若能至心憶念彼佛．恭敬供養．一切怖畏皆得解(xiè)脫。若他國侵擾．盜賊反亂．憶念恭敬彼如來者．亦皆解脫。
複次.曼殊室利．若有淨信善男子.善女人等．乃至盡形不事余天．唯當一心．歸佛法僧．受持禁戒．若五戒.十戒.菩薩四百戒.苾(bǐ)芻(qiū)二百五十戒.苾芻尼五百戒。於所受中或有毀犯．怖墮惡趣。若能專念彼佛名號．恭敬供養者．必定不受三惡趣生。或有女人臨當產時．受於極苦．若能志心稱名.禮讚．恭敬供養彼如來者．眾苦皆除。所生之子．身分具足．形色端正．見者歡喜。利根聰明．安隱(wěn)少病．無有非人．奪其精氣。
爾時世尊告阿難言．如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德．此是諸佛甚深行處．難可解了．汝為信不(fǒu)。阿難白言．大德世尊．我於如來所說契(qì)經不生疑惑。所以者何。一切如來身語意業無不清淨。世尊．此日月輪可令墮落．妙高山王可使傾動．諸佛所言無有異也。世尊．有諸眾生．信根不具．聞說諸佛甚深行處．作是思惟．云何但念藥師琉璃光如來一佛名號．便獲爾所功德勝利。由此不信．返生誹謗．彼於長夜失大利樂．墮諸惡趣．流轉無窮。
佛告阿難．是諸有情若聞世尊藥師琉璃光如來名號．至心受持．不生疑惑．墮惡趣者．無有是處。阿難．此是諸佛甚深所行．難可信解。汝今能受．當知皆是如來威力。阿難．一切聲聞.獨覺及未登地諸菩薩等．皆悉不能如實信解．唯除一生所繫菩薩。阿難．人身難得．於三寶中信敬尊重．亦難可得。聞世尊藥師琉璃光如來名號．復難於是。阿難．彼藥師琉璃光如來無量菩薩行．無量善巧方便．無量廣大願。我若一劫.若一劫餘而廣說者．劫可速盡．彼佛行願.善巧方便無有盡也。
爾時眾中有一菩薩摩訶薩．名曰救脫．即從座起．偏袒一肩．右膝著地．曲躬合掌而白佛言。大德世尊．像法轉時．有諸眾生為種種患之所困厄(è)．長病羸(léi)瘦．不能飲食．喉唇乾燥．見諸方暗．死相現前．父母.親屬.朋友.知識．涕(tì)泣(qì)圍繞。然彼自身臥在本處．見琰(yǎn)魔使．引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情有俱生神．隨其所作．若罪若福．皆具書之．盡持授與琰魔法王。爾時彼王推問其人．計算所作．隨其罪福而處斷之。時彼病人親屬.知識．若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來．請諸眾僧轉讀此經．燃七層之燈．懸五色續命神旛(fān)．或有是處彼識得還．如在夢中．明瞭自見。或經七日.或二十一日.或三十五日.或四十九日．彼識還時．如從夢覺．皆自憶知善.不善業所得果報。由自證見業果報故．乃至命難．亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子善女人等．皆應受持藥師琉璃光如來名號．隨力所能．恭敬供養。
爾時阿難問救脫菩薩曰．善男子．應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來．續命旛(fān)燈復云何造。救脫菩薩言．大德.若有病人．欲脫病苦．當為其人．七日七夜受持八分齋戒。應以飲食及餘資具．隨力所辦．供養苾(bǐ)芻(qiū)僧．晝夜六時．禮拜行道．供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經四十九遍。燃四十九燈．造彼如來形像七軀．一一像前各置七燈．一一燈量大如車輪．乃至四十九日光明不絕。造五色彩旛．長四十九搩(zhǎ)手．應放雜類眾生至四十九．可得過度危厄之難．不為諸橫惡鬼所持。
複次.阿難．若剎帝利.灌頂王等．災難起時．所謂人眾疾疫(yì)難．他國侵逼難．自界叛逆難．星宿(xiǔ)變怪難．日月薄蝕(shí)難．非時風雨難．過時不雨難。彼剎帝利.灌頂王等．爾時應於一切有情起慈悲心．赦(shè)諸系(jì)閉。依前所說供養之法．供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根及彼如來本願力故．令其國界即得安隱(wěn)．風雨順時．谷稼成熟．一切有情無病歡樂(lè)。於其國中．無有暴惡藥叉等神惱有情者．一切惡相皆即隱沒。而剎帝利.灌頂王等壽命色力．無病自在．皆得增益。
阿難．若帝后.妃主．儲君.王子．大臣.輔相．中宮.綵女．百官.黎(lí)庶(shù)．為病所苦．及餘厄難．亦應造立五色神旛(fān)．燃燈續明．放諸生命．散雜色花．燒眾名香。病得除愈．眾難解脫。
爾時阿難問救脫菩薩言．善男子．云何已盡之命而可增益。救脫菩薩言．大德．汝豈不聞如來說有九橫死耶．是故勸造續命旛燈．修諸福德．以修福故．盡其壽命不經苦患。阿難問言．九橫云何。救脫菩薩言．若諸有情．得病雖輕．然無醫藥及看病者．設復遇醫．授以非藥．實不應死而便橫死。又信世間邪魔.外道.妖孽之師妄說禍福．便生恐動．心不自正．卜(bǔ)問覓禍．殺種種眾生．解奏神明．呼諸魍(wǎng)魎(liǎng)．請乞福祐．欲冀(jì)延年．終不能得。愚痴迷惑．信邪倒見．遂令橫死．入於地獄．無有出期．是名初橫。二者橫被王法之所誅(zhū)戮(lù)。三者畋(tián)獵嬉戲．耽(dān)婬嗜(shì)酒．放逸無度．橫為非人奪其精氣。四者橫為火焚。五者橫為水溺(nì)。六者橫為種種惡獸所啖(dàn)。七者橫墮山崖。八者橫為毒藥.厭禱(dǎo).咒詛(zǔ).起屍鬼等之所中害。九者飢渴所困．不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死．有此九種．其餘復有無量諸橫．難可具說。
複次.阿難.彼琰(yǎn)魔王主領世間名籍(jí)之記．若諸有情不孝五逆．破辱三寶．壞君臣法．毀於性戒．琰魔法王隨罪輕重．考而罰之。是故我今勸諸有情．燃燈造旛(fān)．放生修福．令度苦厄(è)．不遭眾難。
爾時眾中有十二藥叉大將．俱在會坐．所謂
宮毗(pí)羅大將伐折羅大將
迷企羅大將安底羅大將
頞(è)你羅大將珊(shān)底羅大將
因達羅大將波夷羅大將
摩(mó)虎羅大將真達羅大將
招杜羅大將毗羯(jié)羅大將
此十二藥叉大將．一一各有七千藥叉以為眷屬。同時舉聲白佛言．世尊．我等今者蒙佛威力．得聞世尊藥師琉璃光如來名號．不復更有惡趣之怖。我等相率．皆同一心．乃至盡形歸佛法僧．誓當荷負一切有情．為作義利．饒益安樂。隨於何等村城圍邑(yì)．空閒林中．若有流佈此經．或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者．我等眷屬衛護是人．皆使解脫一切苦難．諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者．亦應讀誦此經．以五色縷(lǔ)．結我名字．得如願已．然後解結。
爾時世尊贊諸藥叉大將言．善哉善哉．大藥叉將．汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者．常應如是利益安樂一切有情。
爾時阿難白佛言．世尊當何名此法門．我等云何奉持。佛告阿難．此法門名說藥師琉璃光如來本願功德。亦名說十二神將饒益有情結願神咒。亦名拔除一切業障。應如是持。
時薄伽梵說是語已．諸菩薩摩訶薩．及大聲聞.國王.大臣.婆羅門.居士.天龍.藥叉.健(qián)達縛.阿素洛.揭(jiē)路荼(tú).緊捺(nài)洛.莫呼洛伽(qié).人.非人等一切大眾．聞佛所說．皆大歡喜．信受奉行。
藥師琉璃光如來本願功德經
藥師贊:
十二大願，饒益有情，密咒加持德難名，
禮念願圓成，怨業冰清，壽永福慧宏。
藥師贊:
藥師佛延壽王，光臨水月壇場，悲心救苦降吉祥，
免難消災障，懺悔眾等三世罪，願祈福壽綿長，
吉星高照沐恩光，如意保安康。
藥師偈:
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫，
無邊行願利有情，各遂所求皆不退。
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來
南無藥師琉璃光如來（數百千聲）
南無日光遍照菩薩（三稱）
南無月光遍照菩薩（三稱）
藥師灌頂真言（七遍）
那謨(mó)薄伽(qiè)筏(fá)帝鞞(pí)殺社窶(jú)嚕(lū)薛(bì)琉璃缽(bō)喇(lǎ)婆喝囉(lá)闍(shé)也怛(dá)他(tuō)揭多耶阿囉(lá)訶帝三藐(miǎo)三勃陀耶怛侄他(tuō)唵(ǎn)鞞(pí)殺逝鞞(pí)殺逝鞞殺社三沒(mò)揭帝莎訶
藥師心咒（七遍）
喋(dié)雅(yǎ)他(tā)嗡(wēng)貝堪(kān)則貝堪則瑪哈
貝堪則喇雜薩(sà)目嘎(gā)喋(dié)梭哈
解冤咒：
解結解結解冤結，解了多生冤和業，
洗心滌慮發虔誠，今對佛前求解結。
藥師佛，藥師佛，消災延壽藥師佛，
隨心滿願藥師佛。
七佛通偈：
諸惡莫做，眾善奉行，自淨其意，是諸佛教。
迴向偈：
佛光注照，本命元辰，災星退度福星臨，
九耀保長生。運限和平，福壽永康寧。
願消三障諸煩惱，願得智慧真明瞭，
普願罪障悉消除，世世常行菩薩道。
南無藥師法門歷代傳承諸大上師（三稱及禮拜）
南無東方藥師七佛（三稱及禮拜）
頂禮東方無勝世界善稱名吉祥王如來（三拜）
頂禮東方妙寶世界寶月智嚴光音自在王如來（三拜）
頂禮東方圓滿香稷(jì)世界金色寶光妙行成就如來（三拜）
頂禮東方無憂世界無憂最勝吉祥如來（三拜）
頂禮東方法幢世界法海雷音如來（三拜）
頂禮東方善住寶海世界法海勝慧遊戲神通如來（三拜）
頂禮東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來（三拜）
南無本師釋迦牟尼佛（三稱及禮拜）
南無藥師琉璃光如來本願功德經（三稱及禮拜）
南無藥叉十二神將（三稱及禮拜）
南無藥師會上佛菩薩（三稱及禮拜）
迴向偈：
願以此功德莊嚴佛淨土上報四重恩下濟三途苦
所有見聞者悉發菩提心盡此一報身同生極樂國
願消三障諸煩惱願得智慧真明瞭
普願罪障悉消除世世常行菩薩道