「複次，曼殊室利，有諸眾生，好喜乖離更相鬥訟。此等互起噁心眾生，身口及意恆作諸惡，為欲相損，各各常以無益相加，或告林神、樹神、山神、冢神、種種別神，殺諸畜生取其血肉，祭祀一切夜叉、羅剎食血肉者，書怨人字並作其形，成就種種毒害咒術、厭魅、蠱道、起屍鬼咒，欲斷彼命及壞其身。由聞世尊藥師琉璃光如來名號故，此諸惡事不能傷損，皆得互起慈心、益心、無嫌恨心，各各歡悅，更相攝受。
「複次，曼殊室利，此諸四眾，比丘、比丘尼、優婆塞、優婆夷，及餘信心善男子、善女人等，受八分齋，或復一年、或復三月受持諸戒。以此善根，隨所喜樂，隨所願求，若欲往生西方極樂世界阿彌陀如來所者，由得聞彼世尊藥師琉璃光如來名號故，於命終時有八菩薩，乘空而來示其道徑，即於彼界種種異色波頭摩華中自然化生。若復此人慾生天上即得往生，本昔善根無有窮盡，不復更生諸餘惡趣；天上命盡，當生人間為轉輪王，四洲自在，安立無量百千俱胝那由他眾生於十善業道；或復生於剎利大族、婆羅門大族、居士大家，金銀粟帛倉庫盈滿，形色具足，自在具足，眷屬具足，勇健多力如大力士。若有女人得聞說此如來名號，至心受持，此人於後永離女身。」
爾時，曼殊室利童子白佛言：「世尊，我於後時，以彼世尊藥師琉璃光如來名號，於信心善男子、善女人所，種種方便流佈令聞，乃至睡中亦以佛名覺寤其耳。若受持此經讀誦宣說，或復為他分別開解，若自書，若令人書，若取經卷五色淨彩以盛裹之，灑掃淨處以安置之，持種種華、種種香、塗香、華鬘、寶幢、幡蓋而用供養，爾時四大天王與其眷屬並餘百千俱胝那由他諸天皆詣其所。若此經卷流行之處，若復有人誦持此經，以得聞彼世尊藥師琉璃光如來名號及本昔所發殊勝大願故，當知是處無復橫死，亦復不為諸鬼所持奪其魂魄，設已奪者還復如故。」
佛言：「如是，如是，曼殊室利，如汝所說。曼殊室利，信心善男子、善女人，若欲供養彼如來者，此人應作如來形像，七日七夜受八分齋食清淨食，於清淨處散種種華，燒種種香，以種種繒彩、種種幡幢莊嚴其處，澡浴清潔著新淨衣，應生無垢濁心、無怒害心，於一切眾生起利益心、慈悲喜捨平等之心，鼓樂歌贊右繞佛像，應念彼如來本昔大願並解釋此經。如所思念，如所願求，一切所欲皆得圓滿，求長壽得長壽，求福報得福報，求自在得自在，求男女得男女。或復有人忽得惡夢，或見諸惡相，或怪鳥來集，於其住所百怪出現，此人若能以種種眾具，供養恭敬彼藥師琉璃光如來者，一切惡夢、惡相、不吉祥事皆悉隱沒。或有水怖、火怖、刀怖、毒怖、懸嶮之怖，惡象、師子、虎、狼、熊羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒如是等怖，憶念供養彼如來者，一切怖畏皆得解脫。若他國侵擾、賊盜反亂如是等怖，亦應念彼如來恭敬尊重。
「複次，曼殊室利，若有信心善男子、善女人，乃至盡形受三歸依，不事余天，或持五戒，或持十戒，或持菩薩一百四戒，或復出家受持比丘二百五十戒，若比丘尼受持五百戒，於隨所受中毀犯禁戒畏墮惡道，若能供養彼世尊藥師琉璃光如來者，決定不受三惡道報。或有女人臨當產時受於極苦，若能稱名供養彼世尊藥師琉璃光如來者，速得解脫，所生之子身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人奪其魂魄。」
爾時，世尊告慧命阿難言：「阿難，如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，汝信受耶？汝於如是諸佛如來甚深境界多生疑惑。」
時，慧命阿難白佛言：「大德世尊，我於如來所說法中無復疑惑。何以故？一切如來身口意行無不清淨。世尊，此日月有如是大神通、有如是大威力可令墮落，須彌山王可得移動，諸佛所言無有差異。大德世尊，或有眾生信根不具，聞說如來佛境界已，作是思惟：‘云何但念彼如來名獲爾許功德？’心不信受生於誹謗，此等長夜無義饒益，當墮苦趣。」
佛言：「阿難，若彼如來所有名號入其耳中，此人墮惡道者無有是處。阿難，諸佛境界誠為難信！汝今信受，應知皆是如來威力。非一切聲聞、辟支佛地所能信受，唯除一生補處菩薩摩訶薩。阿難，人身難得，於三寶中信敬尊重亦難可得，聞彼如來名號倍難於此。阿難，彼世尊藥師琉璃光如來無量菩薩行、無量諸巧便、無量曠大願，我欲一劫若過一劫說彼如來菩薩行願，乃至窮劫，彼世尊藥師琉璃光如來本昔所行及殊勝大願，亦不究盡。」
爾時，眾中有菩薩摩訶薩名曰救脫，即從座起，偏露一[骨+專]，右膝著地，向婆伽婆合掌曲躬白言：「大德世尊，於未來世當有眾生身嬰重病，長患羸瘦，不食飢渴，喉唇乾燥，死相現前，目無所見，父母、親眷、朋友、知識啼泣圍繞。其人屍形臥在本處，閻摩使人引其神識，置於閻摩法王之前。此人背後有同生神，隨其所作若罪若福一切皆書，盡持授與閻摩法王。時閻摩法王推問其人算計所作，隨善隨惡而處分之。若能為此病人歸依彼世尊藥師琉璃光如來，如法供養，即得還復。此人神識得回還時，如從夢覺皆自憶知。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，神識還已，具憶所有善惡業報。由自證故，乃至失命不造惡業。是故信心善男子、善女人，應當供養藥師如來。」
爾時，慧命阿難問救脫菩薩言：「善男子，應云何供養彼世尊藥師琉璃光如來也？」
救脫菩薩言：「大德阿難，若有患人慾脫重病，當為此人七日七夜受八分齋，當以飲食及種種眾具，隨力所辦供養比丘僧，晝夜六時禮拜供養彼世尊藥師琉璃光如來，四十九遍讀誦此經，燃四十九燈，應造七軀彼如來像，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，或復乃至四十九日光明不絕，當造五色彩幡長四十九尺。
「複次，大德阿難，灌頂剎利王等若災難起時，所謂人民疾疫難、他方侵逼難、自界反逆難、星宿變怪難、日月薄蝕難、非時風雨難、過時不雨難，爾時此灌頂剎利王，當於一切眾生起慈愍心，赦諸系閉，依前所說供養法式供養彼世尊藥師琉璃光如來。時灌頂剎利王用此善根，由彼世尊藥師琉璃光如來本昔勝願故，其王境界即得安隱，風雨以時，禾稼成就，國土豐熟，一切國界所有眾生，無病安樂多生歡喜。於其國界亦無夜叉、羅剎、毗舍闍等諸惡鬼神擾亂眾生，所有惡相皆即不現。彼灌頂剎利王壽命、色、力，無病自在，並得增益。」
爾時，慧命阿難問救脫菩薩言：「善男子，云何已盡之命而可更延？」
救脫菩薩言：「阿難，汝豈不聞如來所說九橫死耶？是故教以咒藥方便。或有眾生得病非重，然無醫藥及看病人，或復醫人療治失所，非時而死，是為初橫；第二橫者，王法所殺；第三橫者，遊獵放逸，婬醉無度，為諸非人害其魂魄；第四橫者，為火所燒；第五橫者，為水所溺；第六橫者，入獅子、虎、豹諸惡獸中；第七橫者，飢渴所困，不得飲食因此致死；第八橫者，厭禱、毒藥、起屍鬼等之所損害；第九橫者，投巖取死。是名如來略說大橫有此九種，其餘復有無量諸橫。」
爾時，眾中有十二夜叉大將，俱在會坐，所謂：
宮毗羅大將，跋折羅大將，
迷佉羅大將，安捺羅大將，
安怛羅大將，摩涅羅大將，
因陀羅大將，波異羅大將，
摩呼羅大將，真達羅大將，
招度羅大將，鼻羯羅大將，
此等十二夜叉大將，一一各有七千夜叉以為眷屬，皆同一聲白世尊言：「我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號已，不復更有惡道之怖。我今相與皆同一心，乃至壽盡歸依佛、歸依法、歸依僧，皆當荷負一切眾生為作義利饒益安樂。隨於何等村城聚落、阿蘭拏處，若流佈此經，若復持彼世尊藥師琉璃光如來名號親近供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有所求悉令滿足。
爾時，世尊贊諸夜叉大將言：「善哉！善哉！大夜叉將，汝等若念彼世尊藥師琉璃光如來恩德者，當念饒益一切眾生。」
爾時，慧命阿難白佛言：「世尊，此經何名？云何奉持？」
佛言：「阿難，此法門者，名為《藥師琉璃光如來本昔所發殊勝大願》，當如是持；名為《十二夜叉大將自誓》，當如是持；名為《淨一切業障》，當如是持。」
時，婆伽婆說是語已，諸菩薩摩訶薩，諸大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士，及一切大眾，阿修羅、揵達婆等，聞佛所說，歡喜奉行。