（七）藥師真言章：演說藥師真言及其種種功德、使用方法。
（八）文殊章：文殊菩薩誓於像法時，以種種方便，令諸淨信得聞藥師佛名號。若能稱揚藥師名號及受持此經，則四大天王及其眷屬將供養守護。且能免除一切橫死，及諸惡鬼神侵擾等。
（九）阿難章：佛問阿難，是否信解藥師佛之功德。阿難言：‘我於如來所說契經，不生疑惑。’
（十）救脫菩薩章：救脫菩薩問佛：諸眾生為病患所困，死相現前，琰魔法王與俱生神交涉時，如何解脫？佛告以病人親屬、知識，若能為彼皈依藥師如來，讀誦《藥師經》，燃七層之燈，懸續命五色神旛，供養藥師佛，經七日、二十一日、三十五日或四十九日，彼神識得還。救脫菩薩復對阿難說明，續命旛燈造法；及帝王如何解脫治國之七難，而得七福。複次救脫菩薩復對阿難解說，供養藥師佛可脫離九種橫死。
（十一）十二神將章：會中有十二藥叉大將，各有七千藥叉為眷屬，同白佛言：誓願擁護藥師琉璃光如來法門。若有受持藥師佛名號及供敬、供養、流佈《藥師經》者，彼將使之解脫一切苦難。並教以若有疾厄，求度脫者，讀誦此經，以五色縷結十二藥叉神將名字，得如願已，然後解結。以上為此經大意。
而唐義淨於神龍三年翻譯之《藥師琉璃光七佛本願功德經》有上下二卷。其內容大要如下：
【捲上】1、此經的說處與聽眾。2、此經之啟請者曼殊師利法王子。3、為未來世像法眾生說此經。4、東方過四殑伽河沙佛土的光勝世界有善名稱吉祥王如來，行菩薩道時立八大願。5、東方過五殑伽河沙佛土的妙寶世界有寶月智嚴光音自在王如來，建立有八大願。6、東方過六殑伽河沙佛土的圓滿香積世界有金色寶光妙行成就如來，建立有四大行願。7、東方過七殑伽河沙佛土的無憂世界有無憂最勝吉祥如來，建立有四大行願。8、東方過八殑伽河沙佛土的的法幢世界有法海雷音如來，建立有四大行願。9、東方過九殑伽河沙佛土的的善位世界有法海勝慧遊戲神通如來，建立四大行願。10、東方過十殑伽河沙佛土的淨琉璃世界有藥師琉璃光如來，建立十二行願。
【卷下】11、淨琉璃世界之淨土功德及日光、月光菩薩。12、無量壽佛與藥師如來。13、藥師如來真言。14、七佛供養法。15、七佛如來甚深功德。16、琰魔法王。17、四十九燈與雜彩旛四十九首。18、救脫菩薩。19、十二藥叉大將。20、如來定力琉璃光大神咒。21、八戒齋。22、執金剛菩薩。23、於佛像身安佛舍利。24、未來世後五百歲，法滅時護持是經。25、此經之各種名稱。
五、‘藥師經’與‘藥師七佛經’經本同異的問題
《藥師七佛經》在西藏亦有翻譯，其七佛名稱如下：
（一）善名稱吉祥王如來（西藏名mtshan-legs-dpal）
（二）寶月智嚴光音自在王如來（藏名sgra-dhynans-rgyal-po）
（三）金色寶光妙行成就如來（藏名ser-ba-bral-dri-ma）
（四）無憂最勝吉祥如來（藏名mya-nan-med-mchog-dhan）
（五）法海雷音如來（藏名chos-sgrags-rgya-mtshohi-dbyans）
（六）法海勝慧遊戲神通如來（藏名mdon-mkhyen-rgyal-po）
（七）藥師琉璃光如來（藏名sman-bla-sgyal-po）
民國二十三年西康紅教之諾那上師，至金陵時，其弟子曾將此經咒音用藏、漢、英文對譯。在其序中以為在唐譯的五部《藥師經》中，只有義淨將藥師七佛全經譯出，其餘的只有單獨節譯出琉璃光如來的部份。
這個問題古來即有諍論，《阿娑縛抄》中帖決雲：‘七佛者，猶彼新譯經七佛歟。謂《本願藥師經》唯譯下卷文，新譯經《藥師七佛經》加上文也。’可見自古即有人疑玄奘等舊譯是節本，而義淨的新譯是全本。
但是西藏藏經中的‘甘珠爾（經部）’中，關於《藥師經》也有兩部。一與玄奘譯本相當，另一本則與義淨所譯之《藥師琉璃光七佛本願功德經》相當。
由此看來不管是中國與西藏，都有兩種不同經本的流傳。如果只是將玄奘等舊譯本，單純的視為節本，可能不盡屬實。理由如下：（一）《藥師經》文字不多，沒有節譯的必要。（二）此經歷經慧簡、達磨笈多及玄奘的翻譯，其翻譯的成品始終如一。如果是節譯，應當很容易將全本譯出，不會造成三人同樣節譯的狀況。（三）玄奘連六百卷《大般若經》此等鉅著都全本譯出，何況只有不到萬字的《藥師經》，會在有前二譯的狀況下，不全本譯出的道理。（四）《藥師經》如果是《藥師七佛經》的節譯，此節譯同時在中國與西藏出現，實在太不可思議了。
依以上的推斷，我們可以認為《藥師經》與《藥師七佛經》的梵本是不同的。但是，是否有可能《藥師七佛經》在印度已經被節錄成《藥師經》呢？個人以為，這種機會極小，因為慧簡於宋孝武帝大明元年（西元四五七）、達磨笈多於隋煬帝大業十一年（西元六一五年）、玄奘於唐永徽元年（西元六五○年），三本於翻譯時間相差二百年，他們不可能每個人都攜帶節本，而藏譯也不會恰好帶到同本的節譯。因此，我們可以推論《藥師經》與《藥師七佛經》，在印度就有不同的版本與傳承，《藥師經》也並非《藥師七佛經》的節譯，或許兩者也有可能是同源異流，這在《道行般若經》與《大品般若經》的傳譯也曾發生過。當時魏晉的義學家都將《大品般若》當作《道行般若》的母本，事實上兩者的梵本並不相同，而只是同源異流而已。那《藥師七佛經》的來源如何呢？我們可以推斷認定此經較《藥師經》的流行較晚，是建立在藥師法的修持基礎上糅合其他經典而成立的，其流行時間約在玄奘回國之後，義淨回國之前。玄奘於唐太宗貞觀十九年（西元六四五年）回國，義淨於武后證聖元年（西元六九五年）回國，這五十年之間，是《藥師七佛經》最有可能流行的時間。
六、‘藥師佛’與（‘藥師七佛’佛身同異的問題
藥師佛與七佛名號各別，佛土亦議；但自古以來，七佛是一體、異體的問題，各有不同看法。
《阿娑縛抄》說：‘《本願經》雲：「造彼如來形像七軀」，二經不同也，本願經只見藥師像七體，《七佛經》明七佛各別名並淨土本願。智泉雲：「二經心各別也，隨依一意可修之。」’依此，以為二經根本上有所不同，其依據之心要與七佛之體、淨土、本願亦有所不同。所以又說：‘依二卷經（藥師七佛經）修之者，善名稱等七佛為本尊；依一卷本（藥師經）者，藥師七體。’
但是《阿娑縛抄》傳述傳教大師的作為，又有如下的看法，《阿娑縛抄》：‘又傳教大師鎮西造立給七如來。中如來其名藥師見傳，若依此意，彼七佛猶是藥師如來一佛異名歟！’這是以為七佛皆為藥師一佛的異名。又說：‘玄奘七佛開一佛故，專譯第七藥師功德。義淨一佛又七佛故，委譯七佛各別功德；而藥師琉璃光如來七佛本願經題，終藥師琉璃光如來本願功德結名。......本願經又請問詞雲：「唯願演說如是相類諸佛名號。」世尊答雲：「勸請我說諸佛名號。」依師說推，此詞指善名稱等雲諸佛歟！......然者二經附合，七佛一揆......是則一佛改名號，七佛成正覺者。’這個說法有極濃調和味道，欲解決二經之相異點，以為七佛即一佛。又說：‘江師雲：七佛名號各別也，必皆非藥師歟！但七佛藥師者雖各別，藥師始故，為名謂藥師等七佛雲也。’這是認為藥師七佛是相異的七佛，而非同體了。總結這些看法，則‘《藥疏》雲：「七佛經題《藥師如來七佛本願經》者有二義：（一）相傳釋雲，前六佛藥師分身也，攝化歸本，名《藥師七佛經》。（二）從第七佛得名，言總意別，故言《藥師七佛經》。」’而東密則以為藥師七佛，皆為淨琉璃世界的藥師如來。
在《覺禪鈔》更直接指出，《本願經》中的七軀像，即《藥師七佛經》的七佛，《覺禪鈔》說：‘《本願經》一佛，《七佛經》各別尊，一體分身也。......又兩經見始終更無差異也。《本願經》形像七軀者，二卷經《七佛經》所說七佛也。或《七佛抄》雲：「七佛同是一體分身，隨機緣取七佛淨土，成佛利生。」’
由以上這些說法看來，認為《藥師經》與《七佛經》同本者，有認為一佛與七佛同體的看法。但從上卷的論證，我以為此經並非只有節略的差異而已。我認為《藥師經》與《藥師七佛經》的來源或由不同的傳承；或由《藥師經》在傳承中，經由藥師行者依據藥師法，而輾轉擴大附麗而成。在佛教的修持中本有許多不可思議的境界，而密宗之經軌，經由如此而增加其內容，亦非不可理解。
藥師佛與藥師七佛就修持者而言，可依不同之心要與因緣而取修；也可以認為藥師七佛即藥師佛之分身而修之。其實一佛與七佛的證得，同屬宗教的內證，只要在論理上清晰可明，修持上圓滿向上，自能圓同藥師佛，進入真實藥師法界。
七、藥師法之修持概要
修持藥師法，最緊要者為知藥師佛心，而知藥師佛心當依藥師佛願。藥師佛的悲願廣大不可思議，能成就一切眾生，世出世間的願望。在藥師佛第一大願中，願一切如彼無異，具足相好，不是願一切眾生成佛嗎？而第二願，表現了其淨土與身相的特殊莊嚴——身如琉璃、內外清淨、無復瑕垢。這是修持藥師法的行人所不可或忘的。而藥師佛能使眾生遠離一切惱害，滿足現實的一切願求，更是獨特的願行。修持藥師法，當具足藥師的因地願行，如此不管持名、誦咒、觀想、結印，自然能儘速趨入藥師法海，成就淨琉璃世界，圓滿藥師琉璃光如來。