因為滿人鎮軍訓練進度緩慢，效果非常不理想，翁同本來是不懂軍事的，可是他卻非常相信長麟的眼光，再加上他對譚延內心中的敵視，使得他先入為主的認為譚延在訓練滿人鎮軍的問題上出工不出力。正是因為有了這種先導思想，在他的授意下從九月起就不斷的有御史上書彈劾譚延訓練滿人鎮軍不利。
等到十月份中旬，北洋陸軍三鎮又一混成協完成訓練，並且在大沽炮臺附近進行例行軍事演習之後正式成軍歸建武衛右軍，自此武衛右軍擁有整整七鎮新軍，且創下中國對外開展完勝德軍的紀錄，這使得很多人對滿人鎮軍的訓練成果表示了很大的關注。
按照譚延以往訓練新軍的成果來看，一支由新兵組成的軍隊在訓練四個月之後，就已經具備相當強的戰鬥力了，而在膠州灣事件中除了緊急調撥的一千老兵之外，作戰主力全部都是蕭軒事先駐紮在膠州灣附近剛剛訓練不到十個月的新兵。如果按照這個標準來看，長麟心中的責難不是沒有道理，而翁同也認為譚延想要擁兵自重——滿人鎮軍是要成為京師禁衛軍的，禁衛軍一日不成，譚延的兩鎮新軍就一日不會將京師防務交出來，一旦禁衛軍成，就算譚延能夠留著「步軍統領」的官銜，但底下負責京師防務的可都是滿人禁衛軍，他就會像一隻了拔毛的鷹一樣有力無處使。
與翁同一樣想法的人很多，有漢人大臣但更多的還是滿族權貴，在他們看來手握十幾萬重兵的譚延還把守京師大門，這實在是太可怕了。這個年輕的狀元郎膽子這麼大，膠州灣事件和德國人一聲不吭就幹了起來，還把人給打了個全軍覆沒。直到打完了朝廷還不知道膠州灣發生了什麼事情，這麼一個人放在京師那不是找不自在麼？！
與人為敵只要實力足夠就不成問題，不過樹敵天下就算有楚霸王之勇亦不過是飲恨烏江。譚延也在京師人脈上下了很大功夫，而他年輕有為又是太后面前炙手可熱地人物，也不缺乏跟風馬屁之徒。但是這一次滿人鎮軍這件事他作假有些太過了。滿人鎮軍訓練時間長短與否也是他能夠以主動姿態掌控京師防衛時間長短，訓練的越慢，效果越差自然是符合他的利益，但是他卻沒有想到昏庸無能的滿族權貴還能夠注意到這支鎮軍是他們自保的根本所在，以至於聯合翁同向自己來發難。
譚延以兵部尚書地名義上書光緒皇帝和慈禧太后，充分分析了滿人鎮軍訓練落後的原因，隨後附上了蕭軒的奏摺，以證明滿人鎮軍訓練不利非是自己不出力，而是滿人鎮軍的前身是積弊難返的京師禁衛軍。他們吃喝嫖賭抽已經積重難返，並不是以冠以鎮軍的名頭就可以改變的。
除了在奏摺中訴苦之外。譚延還直接將冒頭對準了戶部和滿人鎮軍鎮統長麟——譚延訓練新軍一向主張軍中將士餉必足，械必精，可是因為戶部縮減軍費的緣故，使得滿人鎮軍的軍械到現在還欠著天津機器局的帳沒有還，並且根據蕭軒地上書，軍中將士的軍餉也存在剋扣的現象。
譚延是不怕查賬的，因為滿人鎮軍的訓練雖是出於他的主張。但是除了以蕭軒為首的軍官訓導團負責軍事訓練之外，譚延從不干涉滿人鎮軍地各個方面，並且還為其創造物質條件——天津機器局自從譚延接手北洋之後，就完全採用獨立的企業運作模式，就算是旅順造船所的訂單，也必須是銀子先到賬才發貨，而對滿人鎮軍的槍械貨款已經拖欠了好幾個月都沒有追繳。
至於說滿人鎮軍中軍餉存在剋扣現象，譚延倒是相信長麟沒有從中貪汙，不過長麟作為滿人鎮軍的最高指揮官，除了對鎮軍軍事訓練要負責之外。對於軍隊的管理更要負全責。一直都是「浮」在高層的長麟哪裡知道他的部下軍事不怎麼樣，這吃拿卡要的本事是一個比一個精，蕭軒從譚延那裡支取的兩千兩「特別公關費」原本以為能夠用上一個月，沒成想蕭軒還算比較剋制連二十天都沒有撐過去，可見這些滿人軍官地生活有多麼**。為了維持他們的生活，豐厚的鎮軍軍餉自然成了他們獵取的目標，至於長麟這個一本正經的長官，根本就不是他們的對手。
譚延的自辯奏章非常有殺傷力，而蕭軒和滿人鎮軍中的軍官交好也不是沒有收穫，只是扭頭就將昔日還在酒桌上稱兄道弟的同僚給賣了。多少有些不厚道，不過去滿人鎮軍當教官本來就是他不情願，這次替譚延當擋箭牌也沒有什麼大不了。
譚延一邊上書慈禧太后和皇帝，一邊指揮兩鎮新軍趁著滿人鎮軍正在吃午飯的功夫將軍營團團圍住，逼迫其繳械投降。隨後一批北洋幕友堂中專門負責抄家查賬地先生直奔滿人鎮軍籌備處。一一核對賬本得到自己想要的東西之後將其封存。在光緒皇帝震怒之下要徹查滿人鎮軍的時候，譚延這邊已經連物證人證俱全的全部扣押起來就等著上堂審判了。
事情走到這一步。就算這些欺上瞞下的鎮軍軍官沒有貪汙，譚延地手下也會讓他們承認，更何況鐵證如山根本由不得他們辯解。譚延地這一手直接將翁同提過來的球又踢了回去，先不說那些御史如何，單單長麟這個曾經得罪過慈禧太后地鎮統肯定是當不了了，說不好還要治罪。這樣一來不僅暫時解了譚延面臨的危局，還順手將翁同陣營中唯一接觸軍權的長麟給收拾了，本來拔毛的人變成了被拔毛的，這一變化怎能讓翁同咽得下這口氣？！
最終滿人鎮軍事件以長麟被罷黜，原禁衛軍數十位軍官砍頭砍頭，流放的流放為最終結局而告終。譚延依舊站在自己的位子上冷眼看著朝中時局地變化，而朝廷還是責成他來收拾局面。下放了更大的權力給他來訓練滿人鎮軍——這一次滿人鎮軍的軍官朝廷一個都沒有派，而蕭軒的訓導團將會變成滿人鎮軍的軍官團，直接負責滿人鎮軍地訓練管理，直至成軍之後再委派軍官。
譚延在看到這一結局之後也不禁有些哭笑不得——也不知道誰出得這個餿主意，看來這個腐朽沒落的王朝已經真的到了不可救藥的地步。沒有最荒唐只有更荒唐。看來小皇帝想擁有自己的軍隊都想瘋了，滿人鎮軍的軍官暫時需要漢人來代理，這樣的軍隊還能夠稱為「滿人新軍」麼？！不過這樣的安排下來也徹底將譚延逼到了死角上，以後可就沒人來替他頂缸了，這滿人鎮軍以後的訓練最終的成果必須由自己來承擔。
即便如此，譚延心中並不著急，滿人鎮軍問題完全是由翁同對自己抵達京師執掌京師護衛，倚仗權勢對他公然開價地不滿所造成的，這不過是一個小插曲並非時下政壇的主流，真正主流是康有為而非他譚延。有的時候他真的很「感謝」康有為。正是因為康有為的存在才使得大清政壇的局勢變得更加撲朔迷離，只有康有為才可以將這潭渾水攪得更加渾濁，讓他有機會渾水摸魚。
在領旨之後，譚延立刻像模像樣地開始組建滿人新軍，依照北洋新軍的選兵模式，在滿人當中挑選合乎身體條件的新兵，大刀闊斧的裁減那些原有軍隊中身體不合格的、有吸食鴉片等不良嗜好的舊兵。幾乎將原有的禁衛軍裁汰乾淨。至於裁汰下來的滿人善後工作卻不歸譚延管，朝廷既然讓他訓練出有用之兵，還像不裁汰那些積重難返的老兵油子，根本就是不可能的事情。
也許是滿清統治階級已經對擁有一支可靠武裝地渴望，使得他們居然可以忍受裁汰下來的老兵鬧事——能夠加入禁衛軍的絕對不是一般的滿人，這麼大規模的換血肯定招來一片罵聲，這對於統治高層的壓力也是非常重的。要知道根據大清建國初期的規定，滿人是不可以有其他營生的，他們的存在就是武力地存在，禁衛軍的待遇有多高。普通旗人的待遇又有多高，這中間的差距足以讓心生不滿的旗人怒火滔天。