雖然戰爭還沒有結束，但是成立臨時政府暫時沖淡了戰爭造成的影響。
從某種意義上講，在瓜地馬拉成立臨時政府要比擊敗軍人獨裁政權更加困難，從一開始就舉步唯艱。
關鍵就是，這個臨時政府應該由誰說了算。
雖然中國當局早已宣稱，臨時政府只是過渡政權，在徹底消滅了軍人獨裁政權，結束了內戰之後，將在瓜地馬拉舉行全國大選，建立民主政權，但是任何人都知道，誰控制了臨時政府，誰就能在將來的大選中拔得頭籌。
這下，問題就出來了。
流亡政權理所當然的認為，做為民選政府，理應出面組建臨時政府，並且代表瓜地馬拉參與國際活動。游擊隊則認為，流亡政權早已名存實亡，而且根本沒有為瓜地馬拉人民爭取民主的鬥爭貢獻力量，也就無權組建臨時政府，而一直在與軍人獨裁政權抗爭的游擊隊才是瓜地馬拉的合法繼承者。
顯然，這也成為了中國在這場戰爭中遇到的第一個麻煩。
所幸的是，在戰爭爆發之前，中國當局就已經預料到了可能遇到的麻煩，並且為此做好了準備。
八月十五日，在游擊隊代表全數到達後，中國特使姜子豪在瓜地馬拉城召開了組建臨時政府的第一次會議。
在這次由五名游擊隊代表、三名流亡政權代表參與的會議上，姜子豪提出。臨時政府將是一個聯合政府，游擊隊與流亡政權都將獲得應有的席位，雙方將共同管理瓜地馬拉，直到民選政府誕生。
當然，一次會議肯定無法解決所有問題。
接下來，自然是漫長的談判。
這個時候，全世界都在關注瓜地馬拉城裡的談判。關注這個由中國扶持、即將誕生的國家政權。
只是，沒有多少人對其抱希望。
雖然游擊隊與流亡政權同根同源，由被卡斯特羅推翻的民選政府產生。但是兩者選擇了不同的反抗道路，幾乎行同水火。
游擊隊的主體是瓜地馬拉前國防軍的軍人，而且五支游擊隊的指揮官都是高階軍官。在前國防軍裡享有崇高的地位。流亡政權的主體是民選政府的文職官員，而且主要領袖都是前政權的高官。
在卡斯特羅的軍隊再次攻佔瓜地馬拉城的時候，大部分國防軍軍人退入叢林，開始與獨裁者進行軍事鬥爭。相比之下，民選政府的高官就沒有這麼強大的勇氣了，除了少數留下來赴死的官員之外，大部分都逃亡海外。
顯然，在政府官員流亡海外、軍人留下來抗爭的問題上，游擊隊與流亡政權存在嚴重分歧。
在游擊隊員眼裡，那些逃亡海外的官員都是懦夫。背叛了他們當初對民眾許下的承諾。
同樣的道理，在流亡政權的官員眼裡，游擊隊裡的軍人都是莽漢，認為他們所做的抵抗對推翻軍人獨裁政權沒有半點幫助。
這還不是最嚴重的問題。
在此後的數年裡，游擊隊與流亡政權的矛盾愈演愈烈。
主要就是。游擊隊想要在抵抗卡斯特羅的戰爭中取勝，少不了國際社會的支援，而能夠爭取到國際社會支援的只有流亡政權。可惜的是，流亡政權在巴拿馬的日子並不好過，並沒有為游擊隊爭取到多少支援。更要命的是，流亡政權的一些舉動。甚至對游擊隊的生存構成了嚴重威脅。
比如在一九六四年秋，三支規模最大的游擊隊準備聯合行動，襲擊埃爾普羅格雷索附近的政府軍，然後奪取從巴里奧斯港運往瓜地馬拉城的物資，特別是由墨西哥提供給政府軍的數萬噸彈藥。可惜的是，在行動開始之前，一名負責提供情報援助的流亡政權官員叛變，把游擊隊的行動計劃出賣給了卡斯特羅，而三支游擊隊在這次註定要失敗的襲擊中損失了將近五百名游擊隊員。
當然，這樣的事情並不少見。
在中國出兵瓜地馬拉之前，至少有二十三名流亡政權官員背叛，有的投靠了卡斯特羅的軍人獨裁政府，有的則把情報出售給墨西哥、或者是德意志第二帝國的情報官員，有的則去了邦聯美國。
這些事情，讓游擊隊不再信任流亡政權。
更重要的是，游擊隊的絕大部分成員都認為，流亡政權根本沒有資格成為瓜地馬拉的合法代表，甚至拒絕讓他們回國。
不可否認，瓜地馬拉流亡政權存在很多問題。
只是，同樣不可否認的是，流亡政權是唯一能夠代表瓜地馬拉的合法政權，其政治地位在游擊隊之上。
原因很簡單，流亡政權是民主選舉產生的，在被推翻之前得到了眾多國家承認。
即便中國當局並沒有打算讓流亡政權直接統治瓜地馬拉，但是在過渡時期，流亡政權仍然是合法的代言人。
只是，缺少了游擊隊的支援，流亡政權在瓜地馬拉根本站不住腳跟。
更重要的是，軍人獨裁政府還沒有被推翻，大半個瓜地馬拉依然在卡斯特羅家族的掌控之中，而中國出兵的理由就是推翻卡斯特羅家族的軍人獨裁統治，結束在瓜地馬拉已經持續了十多年的戰亂與人道主義災難。也就是說，在推翻卡斯特羅家族的獨裁統治之前，中國沒有理由在瓜地馬拉樹立另外一個敵人。