德國的空降部隊的進攻，是計劃在三個區域進行的東部在伊臘克林，中部在雷西姆農蘇達於尼亞，最重要的是在西部的馬利姆。在發動進攻前，納粹重型轟炸機，首先用重達10磅的炸彈，對地面及防空設施集中轟炸一小時。接著，乘滑翔機或用降落傘著陸的主力部隊從天而降。再接著就是用運輸機載運的增援部隊。在他們的整個作戰計劃中，關鍵的一著就是把馬利姆機場奪到手。這不但是為了飛機的著陸，而且也是為了飛機的再度起飛。
他們只有藉助於多次往返飛行，才能夠運來作為他們整個計劃基礎的大量軍隊。從作戰時的多方面情況來看，克里特島戰役是古今無雙的，這是一場前所未見的戰鬥。在戰爭史上，這是第一次使用大規模空降部隊的進攻，德國空軍軍團表現了希特勒青年運動的狂熱。他們要為1918年的戰敗而復仇的條頓精神就體現在這些拼命兇狠的受過嚴酷訓練而忠誠不二的納粹降落傘部隊的身上。他們死心塌地就是要把自己的生命奉獻在納粹的光榮和世界霸權的祭壇上。
德國人為了進行這一戰役，傾注了可能調動的全部兵力。戰鬥於5月2。日晨開始。
在德國曆來發動的進攻中，從來沒有像這次這樣不顧一切，這樣殘酷無情。他們的首要目標是奪取馬利姆飛機場。在一小時之內，敵機對該機場周圍的據點進行最猛烈的轟炸和機槍掃射，其猛烈程度前所未見。幾乎在剎那之間，盟軍大部分的高射炮便失去了作用。在轟炸停止之前，滑翔機就開始在馬利姆飛機場的西南面著陸。
上午8時，德機從3英尺到1英尺的上空向馬利姆和幹尼亞之間的地區投下大批傘兵1德機流不息地飛來飛去，在上半投下一個團共四營人，下午又投下一個團。德國人的滑翔機或軍隊運輸機，在海灘上在叢林中或在烈火熊熊的飛機場上著陸或撞毀。
第一天，在馬利姆和幹尼亞之間及其附近著陸的德國傘兵共計5。餘名。他們在新兩蘭軍隊的炮火下和殊死的肉搏戰中損失慘重口在盟軍防區內，幾乎所有著陸的德國傘兵都已死亡，多半是被擊斃的。當日入夜之前守軍仍然保有飛機場。
這天早晨，德機大舉空襲雷西姆農和伊臘克林接著便在下午空投傘兵，在兩地分別投下兩個營和四個營。激烈的戰鬥立即展開，但是，到傍晚時分，盟軍依然堅守著那兩個飛機場在雷西姆農和伊臘克林依然有較小的空降部隊著陸，戰鬥激烈德軍傷亡慘重。
但是，對德軍來說第一天的戰果，還是相當可觀的。一群群全哥武裝的德軍，這時已能自由地出沒在各個地區了。
德軍進攻的威力遠遠超過英國司令部的預測。下面是5月2。日下午1。時守軍司令弗賴伯格將軍向韋維爾將軍的報告：
今天竟日苦戰。我軍受到極大壓力。我相信，我們至今還據守著雷西姆農伊臘克林與馬利姆的飛機場和兩座港口。守住這些地方的希望甚微，如果我把情況說得很樂觀那就錯了。戰鬥激烈，我們擊斃了大批德軍。交通極端困難1對於幹尼亞的空襲非常厲害。此間每一個人都認識到這是生死存亡的一仗，我們將戰鬥到底。
第二天5月21日德軍繼續進攻，軍隊運輸機又出現於該島上空。馬利姆飛機場雖仍處於英軍大炮和迫擊炮密集的炮火下，敵運兵飛機卻繼續在飛機場及其東面高低不平的地面上著陸。德國最高統帥部似乎不計損失在這一區域內，至少弈1架飛機撞毀在地面上。雖然如此，飛機還是不斷地飛來。
到了第三天，德軍已經有效地利用了馬利姆飛機場。運兵飛機繼續飛來，每小時達2。餘架次。更起決定作用的是，這時德機已能夠飛回去繼續載運援軍了。
據英軍司令部估計，在這幾天及其以後的幾天內，共有600多架運兵飛機降落在這個機場上，有的降落時被撞毀。
5月20日後，德國最高統帥部下令停止進攻雷西姆農和伊臘克林，而集中主要兵力進攻蘇達灣地區。
在英國海軍少將羅林斯指揮下的一支威力強大的艦隊，包括戰艦沃斯派特號和英勇號，由8艘驅逐艦掩護，部署在克里特島的西面，以便監視預料中的墨索里尼的艦隊參戰
21日，英艦竟日遭受猛烈空襲。驅逐艦朱諾號被擊中，兩分鐘後沉沒，死亡慘重。巡洋艦阿賈克斯號和獵戶座號也受創，但仍繼續作戰，夜間11時3。分，英海軍少將格倫尼率領巡洋艦代多號獵戶座號和阿賈克斯號以及驅逐艦4艘，在於尼亞以北18英里的海域截住了德國運兵船隊，激戰兩個半小時，擊沉滿載德軍的輕帆船不下12只和輪船3艘。據估計，當夜溺斃的德軍達4。人。
英國海軍在保衛克里特島的戰鬥中，發揮了重要作用。
5月22日和23日，是英國海軍損失慘重的日子。計有兩艘巡洋艦三艘驅逐艦被擊沉，戰列艦沃斯派特號長期不能使用，此外還有英勇號及許多其他艦隻受到重創。雖然如此，克里特島的海防仍很鞏固。在克里特島戰役結束之前，沒有一個德國人能從海上登陸該島。但是，由於眾寡懸殊，守軍的局勢越來越困難了。
26日深夜。英國中東軍總司令韋維爾收到了克里特島總指揮弗賴伯格將軍發來的情況嚴重的電報。弗賴伯格說道：
我很痛心，不得不向你報告我認為在我的指揮下，防守蘇達灣的部隊已經到了人力所能忍受的極限了。無論各位總司令根據軍事觀點作出什麼樣決定，我們這裡的陣地是守不下去了。像我們這樣一支裝備不良而缺乏機動性的人數不多的部隊，是抵擋不了。我們在過去7天中所遇到的集中轟炸的。我覺得應該告訴你，從後勤觀點來看，要全部撤出這支部隊有著不可克服的困難。如果立刻作出決定，其中的一部分還可以登船。這一戰區一旦被攻陷，敵人用同樣的方法拿下雷西姆農和伊臘克林將不過是時間問題。除了威爾士團和突擊隊外，所有我們的軍隊都已經不能採取任何攻勢。如果你從整個中東局勢考慮，認為爭取時間是有用的，那麼，我們應當繼續堅持口我卻不得不考慮怎樣才能最有效地達到爭取時間的目的。蘇達灣可能在24小時之內處於敵軍炮火之下。又有新的嚴重的傷亡，我們的炮兵陣地多半已經喪失了。
丘吉爾看到中東總司令部轉來的弗賴伯格的電報後，於5月27日立即回電予以鼓勵：你所進行的光榮的保衛戰受到各地人民的敬佩。我們知道敵人已處於困境。我們正盡一切可能向你提供各種援助。
但是，當夜這位首相獲悉，一切成功的希望都已破滅了。英軍和其他盟國的部隊，不得不再次面臨慘痛地撤退守軍的任務以及所必然蒙受的重大損失。
在希特勒和墨索里尼的空軍和海軍的嚴密封鎖下，要將22。名戰鬥人員從克里特島運出，的確是一大難題。不僅運輸船隊難以登陸1而且還必須駛過墨索里尼的空軍所控制的35。海時的海域。
登陸地點斯法基亞，是南部海岸一個小小的漁村，位於高達5英尺的峭壁之下，只有一條羊腸小道可以通行。部隊必須隱匿在峭壁邊緣附近，等到召喚時則出來登船。在阿利斯海軍上校指揮下的4艘驅逐艦於5月28日夜間抵達，載去7人，併為現已集合起來的大批官兵帶來食物。在返航中有戰鬥機掩護，因此只有一艘驅逐艦受到輕傷。至少還有15。人隱藏在斯法基亞附近高低不平的地面上。弗賴伯格的後衛部隊一直在進行戰鬥。
但是，一場慘劇正在等待著另一支同時出動的艦隊。這支艦隊包括巡洋艦獵戶座號阿賈克斯號和代多號以及6艘驅逐艦，在羅林斯海軍上將指揮下前往營救伊臘克林的守軍。從上午三時直到薄暮，從斯卡潘託島起飛的敵機不斷地猛烈襲擊該艦隊。巡洋艦阿賈克斯號和驅逐艦帝國號幾乎被擊中，前者不得不駛回。驅逐艦於午夜以前駛抵伊臘克林，把軍隊載運到等候在外海的巡洋艦上。
到凌晨3時2。分，任務完成。4。人已經上船，於是開始返航。
半小時後，受創的驅逐艦帝國號的輪機突然發生故障，險些與巡洋艦相撞
全部艦隊必須在黎明時分儘可能駛入南部海域。但是，羅林斯海軍上將卻命令驅逐艦赫脫斯保號駛回。把帝國號驅逐艦上所有軍隊和乘員接走，並將帝國號擊沉。早晨6時25分，希爾伍德號又被一炸彈擊中，不能跟隨護航艦隊同行。
在其後的4小時內，更不幸的事情發生了。巡洋艦代多號獵戶座號和驅逐艦誘敵號都被擊中。獵戶座號艦上的情況即使聽來也令人毛骨悚然。艦上除了船員外，還有軍隊將士11名。
一顆炸彈穿過艦橋，落到擁擠不堪的下甲板上，約有26。人被炸死28。人受傷。
艦長巴克海軍上校遇難，船受重創並起火焚燒。到2口日止，運出的軍隊已將近5。人，但是還有大批人員躲在通往斯法基亞所有的路口上，仍在等待援救。
5月3。日，丘吉爾發出命令，要不惜一切代價，為營救殘留在該島的軍隊作出最後的努力。這天清晨，阿利斯海軍上校率同4艘驅逐艦再次駛往斯法基亞。途中有兩艘驅逐艦不得不折返，但是他率領內皮爾號和尼贊號繼續前進，成功地使15餘名士兵登上了船。在返航中，這兩艘驅逐艦都差一點被炸彈炸沉，它們以損傷之軀，滿載著15餘名士兵安然駛抵亞歷山大港。幾天前，希臘國王在歷盡艱險後也和英國公使一起離開該島。
當夜，根據駐開羅總司令的命令，弗賴伯格將軍也乘飛機最後離開了克里特島。至6月1日，共有175人被安全地運到埃及。
克里特島戰役，除了具有爭奪戰略據點的意義以外，也是在艱苦不懈的鬥爭中獲得決定性成果的一個例證。
在這次保衛戰中，英國及其盟國共死傷1三。多人。德意法西斯軍隊的傷亡當在此數以上。自從這場戰爭開始以來，據統計，在馬利姆和蘇達灣區域內共有德軍墳墓4。多個在雷西姆農和伊臘克林另有墳墓1。多個。此外還有大量的德軍溺斃在海中。
約有17。架運兵飛機被擊毀擊傷。
希特勒為了贏得這次勝利付出了沉重的錢價。