軍情司職責未變，依然保持原來的狀態，不過它的主官有一項特權。就是可以向侍從司直接提交關係重大的軍事情報。
樞密院進行了調整，6軍部和海軍部也進行了大幅調整，6軍部和海軍部現在只負責軍中將士的招募入伍、軍籍管理、退伍退役管理、6海軍醫院和6海軍醫大學管理以及與參軍總署、軍政司共同管理軍官、士官學院，還有對所有涉及軍用武器、物資生產工廠的管理。按照新的流程，所有的6海軍有關的兵工廠、彈藥廠、造船廠等工廠均由6軍部和海軍部管理，軍輜司只是根據參軍總署與各部隊確定的要求數量向這些工廠下訂單採購，而6軍部和海軍部主要的責任是按照軍輜司的要求監督各工廠按質按量的完成訂單，及時交貨，然後付款，因為軍費掌握在6海軍部的手裡。
按照劉浩然開始實行的財政預算案，6海軍每年也需要列出未來一年整個6海軍日常的費用。包括為部隊裝備槍械火炮、日常營地槍炮維護、日常將士軍餉糧草、新艦建造計劃、軍艦日常維護等等，算出一筆總賬之後，計部將錢款分別劃到6軍部和海軍部，而這兩部再每一季劃撥給軍輜司，計部監督6軍部和海軍部的軍費使用，6海軍部則監督樞密院的軍費使用。自從大明商業銀行林立之後，按照劉浩然的指示，6海軍部為每一位已經入伍的將士和新入伍的將士在有皇家、官方、軍方三方背景的富國銀行開設私人賬戶，每月的軍餉和津貼全部由6海軍部直接劃撥到將士們的私人賬戶上去。
大明6海軍的軍餉是根據軍銜確定的，而津貼是根據軍種和崗位確定，都是固定好的，6海軍部掌握著6海軍的軍籍，你軍令司如何調整軍銜、崗位6海軍部不管，但是你必須通知我進行檔案調整，然後軍餉津貼按章執行。
不過戰爭時期不一樣，一旦準備進行戰事，參軍總署和軍輜司預計花費的錢糧列出來，由皇帝陛下批准，交給內閣，計部將錢劃出來，直接撥給軍輜司，然後向各工廠下訂單，事後對各參戰將士進行犒賞，不過這個費用你必須列出清單，戰後交由6海部審計，最後交給計部審計銷賬。
大明6海軍部還有一項重要職責，那就是整個大明的國防教育。除了每年一次的招兵和學員軍官招考，大明6海軍部每年還會列出一筆預算，用於各省的民兵和預備役訓練，以及對國民的國防教育。
在這次調整，劉浩然對大明6海軍進行了大幅度的調整。6軍方面，繼續保持常備軍、守備軍和民兵預備役軍的區分。
按照劉浩然的計劃，大明常備6軍將保持一百三十個步兵團，其中包括大內親軍的十個步兵團，全部裝備火槍；四十個炮兵團，其中包括大內親軍的三個炮兵團和單獨的十個重炮團和四個特種炮兵團；五十三個輜重團，其中包括大內親軍的三個輜重團和單獨的十個快輜重團。炮兵團很好理解了。輜重團就是運輸團，它負責所屬師的軍輜保管、運輸和護衛，一般有兩千餘人，多裝備馬車、驢車、騾子等「運輸工具」，有一定的自衛能力。
劉浩然提出常備6軍在團的機構上增加師的編制，一個師直轄三個步兵團，一個炮兵團，一個輜重團，一個直屬工兵營，一個直屬偵騎隊、一個直屬軍令隊、一個護旗營和其它師部直屬單位，總人數在一萬五千人左右。師的軍事長官為統制，軍政長官為錄事長，幕僚長官為參軍長。平日師部與各團分開，各駐一地，只留直屬單位在師部。共計四十個步兵師。
常備6軍還將編練四十個騎兵團，其中包括大內親軍的兩個騎兵團和兩個獨立的偵騎團，共編為十二個騎兵師，加上師屬單位，大約在一萬人左右。
如此算下來，整個大明的常備6軍包括大內親軍，總人數在八十五萬。
由於這個人數十分龐大，加上劉浩然準備讓自己的軍隊從半軍半屯逐步走向全軍事化，但是受現在生產條件的限制，數百萬軍隊完全職業化是做不到的，但是劉浩然設想至少要讓常備軍逐步完全職業化。
因此，為了減輕百姓的負擔，劉浩然大幅度裁減了守備軍的人數，從此前的一百六十餘萬裁減到如今的一百個步兵團，四十個騎兵團，二十個炮兵團，總計五十萬。他們依然以團為單位，分佈在各交通要地和重要城鎮附近。他們平時半軍半屯，儘可能保證糧食自給，同時也負責各自防區的軍事防務。一旦戰事生，他們將接受軍令司下達的動員命令，聽從參軍總署的調遣，加入到指定的常備軍步兵師序列中去，成為他們的補充。
而民兵預備役依然由各地的縣尉和守備負責日常管理和訓練，一旦戰事生，他們將聽從軍令司的動員令，迅集結到府治，組成預備役團，隨時聽從參軍總署的命令補充到指定的常備師中去。縣尉除了這個任務之外，還負責每年一次的招兵工作。
而各省的都指揮使除了管理各地的預備役民兵之外，還負責管理該省轄區內的守備部隊，但是他沒有調遣權，各守備部隊只聽從樞密院軍令司的調遣。