清微派為符籙三宗分衍的支派之一。形成於南宋，流傳於元至明初，清初間有傳承。
清微道士為了將自己的道派託之古遠，宣稱傳自元始天尊。陳採《清微仙譜》序雲‘其傳始於元始，二之為玉晨（大道君）與老君，又再一傳，衍而為真元、太華、關令、正一之四派。十傳至昭凝祖元君（名舒），又複合於一。繼是八傳，至混隱真人南公（名畢道）。公學極天人，仕宋為顯官，遇保一真人（陳少微）授以至道。遂役鬼神，致雷雨，動天使，陟仙曹。晚見雷淵黃先生（黃舜申），奇之，悉以其書傳焉。‘該序作於元世祖至元三十年（293），是目前所見到的清微派源流和歷史最早的記載。所云元始天尊傳衍為二，再衍為四派等語，事屬教內傳說。但所云‘十傳至昭凝祖元君，又複合於一‘云云，是否可信呢？趙道一《歷世真仙體道通鑑續編》卷五《祖元君傳》雲‘祖舒，又名遂道，字昉仲，唐廣西零陵永川祈陽縣人。……九月九日生。壽一百三十二歲。遍遊名山，師事許真君（許遜）、鄭真人（鄭隱）、靈光聖母，……遇太玄夫人降於溪濱，又從而師之。乃授以元始大道。……由是會四派而一之。職位清微元上侍宸。復化身為清微察令昭化無君，又號通化一輝元君，統轄雷霆，變相不一。……功成衝舉，居金闕昭凝宮，主清微洞照府。‘觀此，即使唐代有祖舒其人，已被完全仙化，是清微派道徒所奉的一代祖師，似不可能是清微派的創始人。即清微派在後代尚未出現。該書又謂從祖舒以後，八傳而至‘混隱真人南公‘，據該書和《清微神烈秘法》《清微齋法》等所記，係指祖舒下傳的休端、郭玉隆、傅央焴、姚莊、高奭、華英、朱洞元、李少微、南畢道等九代宗師（實為九傳。諸書所記名字略有差異）。諸書對李少微以上八人的事蹟所記極簡，且未註明其活動的時代，故難據以判定清微派在當時已經成立。對南畢道的記載稍詳，但仍多歧異而彷彿。《清微仙譜》雲南畢道，‘本複姓東南，名珪，丙辰十一月初三寅時生於眉山（今屬四川——引者注），幼擢儒科，登仕版。嘗倅湖右。夜夢神人語以師至，達旦郊迎，果肖夢中之相，詢其姓名，即保一真人（指李少微——引者注）也。迎歸待以師禮，數以難事試之，堅心如金石，遂悉付以隱奧。……後佐宋理宗，數諫不從，歸隱不知所在，人以為仙去。‘《清微齋法》雲‘南畢道，字鬥文，乃清微保元仙卿，眉州人，丙辰十一月初三日寅時降生眉山，性淡榮利，學通天人，仕宋累官至廣西憲。
嘗遇保一真人授至道，能役使神。……隱青城山。‘《道法會元》卷二雲‘諱畢道，號西濱，眉州人。……十月初三日生。……李真人數試之，不怠，以四派玄奧授之。……後西濱仕至廣西憲司，休官入青城山。‘略其岐異之文不論，南畢道蓋生於宋理宗之前的丙辰年，即寧宗慶元二年（9），至理宗即位之甲申（224），已三十歲。他在理宗朝仕至廣西憲司。曾受李少微傳清微法，後隱青城山，不知所終。觀南畢道一生，除傳授弟子黃舜生外，別無二人，故尚未形成為一個道派。清微道派的形成，蓋始於南畢道之弟子黃舜申時。黃舜申（224～？），名應炎，字晦伯，舜申為其法名。福建建寧人。出身閩中世家，少通經史百家之學。年十六，侍父於廣西幕府。某日染疾，遇官於廣西的南畢道，以符療之。病癒，授以清微雷法。寶皊（253～258）中，出任檢閱。理宗召見，御書‘雷淵真人‘四字賜之。元世祖至元二十三年（28）應詔赴闕，奏對明敏。未幾，乞請還山，制授‘雷淵廣福普化真人‘。黃舜申有弟子近百人，使清微道法大行於世。
可以說至黃舜申時，其教派組織始正式宣告成立。
黃舜申既是清微派的組成者，又是清微法理論的集大成者。陳採《清微仙譜》序雲黃舜申‘覃思著述，闡揚宗旨，而其書始大備。‘張宇初《道門十規》也稱‘清微自魏（華存）、祖（舒）二師而下，則有朱（洞元）、李（少微）、南（畢道）、黃（舜申）諸師，傳衍猶盛。凡符章經道齋法雷法之文，率多黃師（舜申）所衍。‘《正統道藏》中所存的清微道法著作，如《清微元降》《清微神烈秘法》《清微齋法》《清微丹法》《清微玄樞奏告儀》等，蓋皆出於黃舜申及其門人之手。
清微派亦以行雷法為事，其雷法理論，亦類於神霄派。仍主天人合一，內（煉）外（法）結合，而以內煉為基礎。強調誠於中，方能感於天；修於內，方能發於外。《清微齋法》捲上雲‘蓋行持以正心誠意為主。心不正，則不足以感物；
意不誠，則不足以通神。神運於此，物應於彼，故雖萬里，可呼吸於咫尺之間。‘又‘將吏只在身中，神明不離方寸。‘將吏、神明，皆指施行雷法時所劾召的鬼神。意謂能劾召鬼神，全在於心誠意正和深厚的內煉工夫。《道法會元》卷一《法序》也稱‘五行之妙用，寂然不動，感而遂通。夫天地以至虛中生神，至靜中生氣。人能虛其心則神見，靜其念則氣融。
……凡氣之在彼，感之在我；應之在彼，行之在我。是以雷霆由我作，神明由我召，感召之機在此不在彼。‘故該宗著《清微丹法》，專言內丹修煉之道。其《發用章》引雷淵真人（黃舜申）之言曰風、雲、雷、雨、火等，皆以行法者深厚的內煉工夫為基礎，待臨場時，靠運氣從體內發放出來‘耳熱生風，眼黑生雲，腹中震動即雷鳴，汗流大小皆為雨，目眩之時便火生。入息靜定良久，神息既調，直待內境不出，外境不入，但覺身非我有，天地虛無入定光中，……次復收斂運一氣七遍之妙，……釀成五事，臨壇之際，撥動關捩，隨竅而發也。‘
清微派在南宋形成之後，至元代，取得很大發展，名目甚多。鄭所南《太極祭煉內法序》‘正一法外，別有清微法雷，名逾數百。‘元代清微派，仍以黃舜申一系所傳最盛，他的弟子分為兩支向南、北發展，一支以福建建寧為中心，傳行於南，一支以武當山為中心，傳行於北，從而使清微道法很快傳播於大江南北。南傳一系為黃舜申弟子西山熊道輝（號真息），道輝傳安城彭汝勵（或作礪），汝勵傳安福曾貴寬（號塵外），貴寬傳浚儀趙宜真（號原陽）。因未見熊道輝、彭汝勵、曾貴寬等人的傳記和其他資料，唯知趙宜真活動於元未明初，故此係在元代的發展情況不詳。北傳一系的主要傳人是黃舜申弟子張道貴，其主要特點是全真道士兼傳清微法。
張道貴先為全真道士汪真常的門徒，《武當山志》載，張道貴，名雲巖，號雷翁，長沙（今屬湖南）人。至元（24～294）間入武當，禮汪真常為師。隨後又‘同（葉）雲萊、洞陽（劉道明）謁雷淵黃真人（黃舜申）得先天之道。歸五龍宮，潛行利濟，門下嗣法者二百餘人。行其奧旨，唯張洞淵（張永清）焉，終於自然庵。‘可見張道貴是兼傳全真與清微的道士。
葉雲萊與劉道明也是黃舜申弟子，同樣是兼傳全真和清微的道士。據上書所載，‘葉雲萊，名希真，號雲萊子。辛亥年（25）三月初五日巳時生，唐天師葉法善之後裔。生於建寧（今屬福建），得清微道法之妙，避兵遷古禳，入武當山。
至元乙酉（285），應詔赴闕。……至元丙戌（28），欽受聖旨領都提點，任武當住持。‘‘劉道明，號洞陽，荊州（今屬湖北）人。與葉雲萊同師雷淵黃真人，授以清微上道，居五龍（觀），搜尋群籍，詢諸耆舊，纂為一書，命曰《總真集紀勝錄》。‘
張、葉、劉等人下傳張守清，清微法由此更盛。張守清也是一身而二任的道士，先為全真道士魯大宥（或作有）弟子。陳友珊《長春道教源流》卷七雲張守清，‘名洞淵，號月峽叟，宜都（今屬湖北）人。幼習舉子業，未成，棄去，更為縣曹掾。年三十一，……聞魯洞雲（大宥）名，投禮出家。