自元成宗即位，解除了對全真道的禁令以後，苗道一、孫德彧、蘭道元、孫履道、完顏德明等相繼掌教。自苗道一起、每任掌教皆授封為真人、演教大宗師、知集賢院道教事。這是除玄教以外，其他道派掌教皆未獲得過的褒封。他們在此褒封寵遇下，都相繼由清靜恬淡之士變為道士官僚。他們所居之地，早已不是王嚞為之設計的遠離塵囂的茅庵，而是置諸京城的雕樑畫棟的豪華宮室。平時所為，除為皇室建齋祈福外，則是忙於與通顯豪家相往還。陳垣先生稱全真道上層的這種變化為‘末流之貴盛‘。上層貴盛了，教務隨之卻退步了。前期人才濟濟的景象不存在了，漸顯出人才凋零的景象，前期那股朝氣不見了，漸顯出衰老的暮氣來。
衰落時期
入明以後，全真道步入衰落時期。這有它本身活力大半喪失的原因，也有明王朝所施政策的原因。明太祖為《大明玄教立成齋醮儀》所作的御製序文中說‘禪與全真務以修身養性，獨為自己而已；教與正一專以超脫。特為孝子慈親之設，益人倫，厚風俗，其功大矣哉！‘表現出只正一，不全真的意向。後來的實際作法確是如此。朱元璋及其繼任者召見的大多是正一天師及其門徒，道錄司各級道官也大都以他們充任，全真道士被召見和受委任者極少。全真道首領並不住在白雲觀，出現群龍無首的局面。
在上述情況下，全真道分裂為諸多小派進行獨自的活動，其正宗為‘七真派‘。即宗邱處機的龍門派，宗劉處玄的隨山派，宗潭處端的南無派，宗馬鈺的遇仙派，宗王處一的嵛山派，宗郝大通的華山派，宗孫不二的清靜派。其中以龍門派勢力最大，記載也較多，其餘六派所知甚少。至清初，龍門派經王常月之中興，龍門派更盛於其他各派。除此全真嫡系七派外，又有明初張三丰所傳的支派，萬曆間陸西星所傳內丹東派，清嘉、道間李西月所傳內丹西派，蓋皆屬全真道之旁系。以上派系再經繁衍，在明清時期，又分化出更多的小派。據《諸真宗派總簿》所載，即有八十六派，（含全真、正一兩系），每派均有取名排輩用字。派系分衍愈多，並不表明道教的強大，恰恰反映它的衰微。
（二）
全真道是金初在中國北方相繼興起的三個新道派之一。
它與原有的道教舊派有顯著的不同。
三教合一的思想
六朝以後，三教合一論逐漸成為思想界的主要潮流，儒、釋、道三家，不時有頭面人物出來打此旗幟，以推行其學說。
王嚞在創立全真教時，也宣揚三教合一的思想作為創教的宗旨。他在山東文登等地所建立的五個會，皆冠以‘三教‘二字。傳教時，又勸人誦讀佛教《般若心經》、道教《道德經》《清靜經》及儒家《孝經》。在他的言論、著作中，三教合一論更是俯拾皆是。如在《金關玉鎖訣》中說‘三教者，如鼎三足，……不離真道也。喻曰似一根樹生三枝也。‘在《示學道人》詩中說‘心中端正莫生邪，三教搜來做一家。義理顯時何有界？妙玄通後更無加。‘又有詩云‘儒門釋戶道相通，三教從來一祖風。‘在《答戰公問先釋後道》中稱‘釋道從來是一家，兩般形貌理無差。‘他的這種思想亦為其弟子所接受，而加以廣泛宣傳。如馬鈺有詩勸僧道合同，勿相誹謗，其《贈李大乘兼呈淨公長老》詩云‘雖有儒生為益友，不成三教不團圓。‘《丹陽真人語錄》稱他‘在東牟道上行，僧道往來者，識與不識，必先致拜。‘其他弟子也如此。邱處機《磻溪集》卷一有詩云‘儒釋道源三教祖，由來千聖古今同。‘
劉處玄《仙樂集》卷三也稱‘三教歸一，弗論道釋‘。
全真道的建立者在教義、教制、教規以及內丹修煉等方面都貫徹三教合一的思想。全真道的教義集中體現於‘全真‘二字。對此二字有過多種解釋，或謂使‘真性‘保全，或謂使‘精氣神‘三全，或謂個人內修的‘真功‘與濟世利人的‘真行‘兼備而兩全。後者是全真道建立者們十分強調的。
他們以‘忍辱含垢‘為‘真功‘的重要內容，但為什麼要忍辱含垢？則引進了佛教的因果報應思想。尹志平的《北遊語錄》中稱‘凡人無故遭人欺罔困辱，甚或殺害，莫非還宿債也。‘郝大通弟子王志謹說‘乃至大小喜怒、毀謗、打罵、是非，見面相嫌，皆是前因所結舊冤，現世要還。須當歡喜承受，不敢辯證。承當忍耐，便是還訖。但有爭競，便同抵債不還，積累更深，冤冤重結，永無了期。‘19他們以‘苦己利人‘為‘真行‘，所謂苦己，就是實行絕對的禁慾主義，把生活欲求降到最低限度，實行苦行生活。他們又以履行儒家的倫理綱常為修煉‘真功‘、‘真行‘的前提。這是對道教傳統的積功累行的修行原則的繼承和發展。王嚞教在家修道者盡倫常之道，‘與六親和睦，朋友圓方，宗祖靈祠祭饗頻，行孝以序思量‘。20又謂修煉內丹，必以‘忠君王，孝順父母師資‘md為首務。馬鈺入道的《立誓狀文》也以‘遵依國法為先。‘總之，在教制、教規、內丹修煉方面，無不汲取儒、釋。可以說，三教合一是全真道立教的主旨，是比其他舊派道教更為鮮明的特徵。
成仙證真的信仰
長生成仙是道教的基本信仰，它是區別於其他宗教的根本標誌。全真道的基本信仰也是如此。但是它和舊道派有很大的不同，舊道派大都認為，經過修煉，形、神皆可不死，故其信仰是與精神一起長存，即所謂‘白日飛昇‘。全真道則不然，它在成仙信仰上，不再追求‘不死‘，只追求‘真性‘解脫和‘陽神‘昇天。他們認為，人的是要死滅的，人的真性或陽神則可以長存。王嚞謂‘修行須借色身修，莫滯凡軀做本求。假合四般終是壞，真靈一性要開收。‘me又謂‘唯一靈是真，肉身四大是假‘。mf因此他批評長生的追求者，曰‘離凡世者，非身離也，言心地也。……今之人慾永不死而離凡世者，大愚，不達道理也。‘mg劉處玄的《至真語錄》亦稱‘萬形至其百年則身死，其性不死也。‘又‘真我者，人之性也，……無形之道也。‘‘無形之道則真也‘。‘偽我，則養身之道，則假也。‘全真道放棄不死的信念，只追求‘真性‘解脫和‘陽神‘昇天，雖與舊道教相區別，但卻與佛教追求的‘涅‘相近似。實際上他們所謂的真性，或叫本來一靈，元神，元性，真心等概念，即源於佛教。
既然是要死的，只有‘真性‘、‘陽神‘得到解脫後可以長存、昇天，因而他們乃視人的為桎梏，意欲其毀滅，以便真性、陽神的早日解脫。所以人們在王嚞及其弟子們的詩文集中，能見到許多破斥、否定人生的言論。邱處機斥為‘臭皮囊‘和‘爛肉‘，‘一點如如至性，撲入臭皮囊，遊魂失道，隨波逐浪，萬年千載不還鄉。‘‘一團臭肉，千古迷人看不足，萬種狂心，六道奔波浮更沉。‘‘一團膿，三寸氣，使作還同傀儡。‘mh譚處端認人體‘本是一團腥穢物，塗搽模樣巧成魔‘。mi王嚞等又斥人體為‘走骨屍‘、‘骷髏‘。曾畫骷髏警馬鈺，又作《嘆骷髏》詩。譚處端雲‘骷髏骷髏顏貌醜，只為生前戀花酒。‘mj邱處機又謂‘子羽潘安，泉下骷髏總一般‘。m又斥人生為‘苦海‘、‘火宅‘，視父子、夫妻親情為‘冤業‘。如此等等。
全真道還援引禪宗的見性成佛說，宣稱只要做好內省功夫，便能頓見真性，超出生死，得到陽神解脫。譚處端稱‘一念不生，則脫生死‘。ml
邱處機稱‘一念無生即自由‘。王嚞進一步宣稱‘心忘念慮即超欲界，心忘諸境即超色界，不著空見即超無色界。‘他認為這種精神上超出‘三界‘的人，就像蓮根在淤泥而花在虛空，‘身在凡而心在聖境‘，雖然身居一室之內，卻‘性滿乾坤‘，謂之‘法身‘。‘法身者，無形之相也，不空不有，無後無前，不下不高，非短非長，用則無所不通，藏之則昏默無濟‘。d這裡所謂的‘法身‘，大概就是全真道所追求的那個不死的‘真性‘和‘陽神‘的形象，但它和佛教所謂的離言絕相的‘法身‘卻十分相似的。
先性後命的內丹學說全真道以修習內丹為成仙證真的基本法門，認為道教其他修煉術皆為‘區區延年小術‘，只有該派所倡的內丹術為‘天上大道‘。e他們的內丹術淵源於鍾、呂，以性命雙修為基本內容但與道教南宗修持的路線相反，不是先命後性，以修命為主，而是先性後命，以修性為主。王嚞雲‘賓者是命，主者是性。‘f邱處機稱‘吾宗惟貴見性，水火配合（指煉氣修命——引者注）其次也。‘又說該派內丹功是‘三分命術，七分性學‘。g其《大丹直指》所述九節丹功，前三節為命術，後六節為性學。所謂先性後命，大略是教人先收心降念，做對境不染的明心見性功夫，使心定念寂，然後靜坐調息，按鍾呂派傳統內丹法程式，依次煉精化氣，煉氣化神，煉神還虛。全真道首領從這種先性後命、以性為主的基本路線出發，有時又宣揚一種以性兼命的丹法，謂只要修性，或直接煉神還虛，即可自然了命。《丹陽真人語錄》稱，做清淨心地工夫，‘屏絕萬緣，表裡清淨，久久精專神凝氣充，三年不漏下丹結，六年不漏中丹結，九年不漏上丹結，是名三丹圓備，九轉功成。‘李道純《中和集》卷二《試金石》分所有丹法為三乘九品，以直接修性而自然了命之法為‘最上一乘‘之頓法。牧常晁《玄宗直指萬法同歸》卷二也分丹法為頓、漸二乘，稱直接修性者為頓法。很顯然，全真道這種先性後命、以性為主、或以性兼命的丹法是受禪宗影響很深的結果，故牧常晁稱之為‘釋氏金仙之道‘，可謂一語破的。
森嚴的教制教規
全真道倡導道士必須出家住宮觀。他們為了貫徹成仙證真的信仰，曾經大力破斥和人生；同樣，為了實現出家、建立宮觀制度，又宣稱家庭、親情的虛妄。他們稱家庭為‘牢獄‘、‘火宅‘，稱父子夫妻親情為‘金枷玉鎖‘，教人捐妻舍子，‘跳出樊籠‘，出家修道。王嚞曰‘兒非兒，女非女，妻室恩情安可取！總是冤家敵面仇，爭如勿結前頭苦。‘‘莫騁兒群，休誇女隊，與公便是為身害，脂膏刮削苦他人，只還兒女從前債‘。h譚處端雲‘茫茫苦海，逐浪隨波，便宜識取抽頭。恩愛妻兒，都是宿世冤仇‘i將‘這冤親系腳繩兒一刀兩斷。‘j所以馬鈺宣稱‘家‘、‘道‘不能兩全，應該及早覺悟，‘莫待豐都追帖至，早歸物外住雲庵‘。
王嚞立教之初，令出家者須住庵修行，居住條件力求儉樸。《重陽立教十五論》謂‘茅庵草舍，須要遮形，……雕樑峻宇，亦非上士之作為，大殿高堂，豈是道人之活計。‘在這期間，全真道士亦彷彿教倡修苦行，王嚞七大弟子皆以頭陀式苦行著稱。如馬鈺修道時，每日僅乞食一缽面，並誓死赤足，復不飲水，冬不向火。王處一‘曾於沙石中跪而不起，其膝磨爛至骨。山多礪石荊棘，赤腳往來於其中，故世號鐵腳雲‘。l邱處機‘入磻溪穴居，日乞一食，行則一蓑，雖簞瓢不置也，……晝夜不寐者六年。既而隱隴州龍門山七年，如在磻溪時‘。o郝大通於趙州橋下趺坐六年，持不語戒，兒童戲觸亦不動。‘寒暑風雨，不易其處‘。od
全真道初期，還信奉絕對的禁慾主義信條，王嚞把人的七情五欲視為成仙證真的障礙，生死輪迴的根由，要人‘把七情五欲都消散‘，‘脫人之殼‘而‘與天為徒‘。oe邱處機奉答成吉思汗時稱‘學道之人，……世人愛處不管，世人住處不住，去聲色，以清靜為娛；屏滋味，以恬淡為美。……眼見乎色，耳聽乎聲，口嗜乎味，性逐乎情，則散其氣。‘而氣散則體衰夭亡，死後還要‘沉於地為鬼‘。of王重陽規定‘凡人修道先須依此一十二個字斷酒色財氣，攀援愛念，憂愁思慮。‘og
尹志平更進一步規定道徒要儘量減食、省睡、斷，宣稱‘修行之害，食、睡、色三欲為重，多食則多睡，多睡所由生‘。oh
隨著組織的擴大，特別至元初進入鼎盛以後，原來簡樸的草菴，變成雕樑畫棟的大殿高堂，宮觀又擁有不少的田產，這時乞食苦行的生活恐已難實行。但是宮觀的管理制度和清規戒律卻隨之逐步完善。其制度和規戒，大部仿效佛教，制度之完整和實行的嚴格，在道教諸派中是首屈一指的。
經過王嚞及其弟子們對全真道教義、教規以及理論方術等的全面闡釋後，使全真道具有了較新的面貌而屹立於諸道派中，為後來發展為道教兩大派之一打下了基礎。