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三月十五，紫禁城裡皇太后所居的壽康宮和皇上的書房起火，延燒房屋四十餘!b。，據說皇上直鬧到太皇太后跟前。太皇太后降旨嚴責輔臣：'‘為何還不赦免湯若望？上天還在示警！'四月初一，第十二次，也就是最後一次御前大審，終於宣佈了赦免諭旨：
!'．··…湯若望效力多年，又復衰老；杜如預、楊宏量勘定陵地有勞，皆免死。李祖白等五人所犯情實，恩賜斬首，子孫免死，各杖四十，終身流戍寧古塔……」
四月初三，李祖白等五人處斬之日，湯若望被釋出獄。氣息微弱的老人由成群結隊的同情者簇擁著抬同住處。不斷有教友和非教友奔來向他致賀慰間。湯若望非常感動，南懷仁扶持著他竭力撐起身子，向眾人致謝，聲音嗚咽不能成語。當晚，湯若望堅持要到教堂門口去。南懷仁為他披上一領遮風的黑斗篷，像一個賢孝的兒子，扶著他慢慢走，如同這半年來，他扶著他出人監獄、一次次過堂一樣，始終那麼勤謹不懈，小心翼翼。
教堂門上貼著蓋有官府大紅印的封條，昔日教友們來來往往，做禮拜、受洗禮，這裡曾經是歐洲天主教在東土的一塊綠洲，而今，閱無一人，萬籟俱靜，只有他們的腳步聲伴隨著他們的身影，只有頭頂的半邊月亮在最後的晚霞中投給他們冷清的光芒。
湯若望慢慢撲倒在門前的大理石碑座下，伸出顫抖的、蒼老的手，輕輕撫摩著潔白美麗的碑體，撫摩著碑＿!的橄欖葉浮雕，撫摩著一行行精雕細刻的滿漢碑文，終於摸到石碑上端的幾個大字：欽賜尊一號通玄教師，
他的聲音也顫抖得很厲害：'‘費迪南特，你能夠看清嗎？……，·…339
請你讀給我聽··一請讀一遍··一用中國話……」
南懷仁於是操著他那特別的漢語，一句一句地讀那碑文。這是十一年前順治皇帝救封湯若望為通玄教師的詔書，因湯若望格外珍愛而特意另制大理石碑鏽刻永存的：
拜國家肇造鴻業，以授時定歷為急務。羲和而後，如漢洛下閡、張衡，唐李淳風、僧一行，於曆法代有損益。元郭守敬號為精密，然經緯之度，尚不能符合天行，其後暑度遂以積差：爾湯若望來自西洋，精於象緯，閡通曆法，徐光啟特薦於朝，一時專家治歷如魏文魁等，實不及爾。但以遠人，多忌成功，終不見用口聯承天眷，定鼎之初，爾為膚修大清時憲曆，迄於有成口又能潔身持行，盡心乃事。今特賜爾嘉名，傅知天生賢人，佐佑定歷，補數千年之網略，非偶然也。
時大清順治十一年三月……」
南懷仁還沒讀完，湯若望已經老淚縱橫，泣不成聲了。南懷仁安慰著湯若望，自己也心酸難忍，他當然知道這塊大理石的無可估量的價值：它與皇上親賜的那御製碑文一起，曾經是湯若望的身份證、保護傘，湯若望把它們立在教堂門口院中，它們就兼而成為天主教的身份證和保護傘，在他們偉大的傳教事業中，這兩塊石碑有極大的功勞。可是今天·，·…
湯若望喃喃地重複著碑文裡的話：「··一但以遠人，多忌成功，終不見用！．··…但以遠人，多忌成功，多不見用。．··…」白鬚白髮被晚風吹亂了，他抱著這塊冰冷的大理石，撫今追昔，有多少難以言說的慨嘆啊！
南懷仁強笑著安慰說：「總是天主慈悲，用這樣特殊的警告解救了我們｛約翰，你能活下來，這是奇蹟！·．．…以後一切都會好起來，會的，會好起來。」
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湯若望抬起頭．淚光閃閃的眼睛裡映著月光，他悲哀地搖搖頭：「不！
七十二歲的湯若望，已經積累了深厚的人生經驗，他決不像南懷仁那麼樂觀口後來事情的發展，證實了他的悲哀。第二天，新上任的欽天監監正楊光先、監副吳明煊，在兩位禮部官員的陪同下，帶來大批人役包圍廠教堂。漢尚書沙澄莊嚴宣佈了朝廷取締天主教的法令，隨後，滿尚書只略略一點須，人役們便在楊光先與吳明煊的率領下，狂怒地衝進教堂的各個角落，於是各個角落便傳來一片可怕的喧囂，其中夾雜著楊光先尖利而痛快的狂叫：
「撕掉！給我撕掉！……砸！砸個一乾二淨！……堆起來，燒!燒！燒！
所有的天主基督聖母等等聖像都被撕毀；所有帶有褒揚崇敬言詞的匾額都被砸碎；神聖的宗教器物，木質鐵質的被破壞，金質銀質的被洗劫。