從西苑回來的第二天，崇禎下旨，將熊文燦削職，聽候勘問，將總兵左良玉貶了三級，將另一個總兵張任學削籍為民。這天下午，他在文華殿召見楊嗣昌密商大計。
近幾天來，楊嗣昌看出來皇帝有意派他去湖廣督師，又想留他在朝廷「翊贊中樞」。他自己也把這問題考慮再三，拿不定最後主意。他很明白自己近幾年身任本兵，對內對外軍事上一無成就。幾個月前因清兵人塞，破名城，擄藩王，損主帥，皇上為輿論所迫，不得已將他貶了三級，使他戴罪視事。不料如今熊文燦又失敗了，而文燦是他推薦的。若不是皇上對他聖眷未衰，他也會連累獲罪。春天，他建議增加練1每年七百三十萬兩，隨田賦徵收，以為專練民兵之用，遭到朝廷上多人反對。如今練響馬上就要開徵，必然會引起舉國騷亂。可是編練數十萬民兵的事，決難實施。倘若練餉加了之後而練兵的事成了泡影，他就不好下臺。
1練餉——崇禎十二年六月，朝廷以練新兵為名，決定在已經很重的田賦上增加七百三十萬兩銀子，名為練餉。
近一年來，朝野上下罵他的人很多，他很清楚。雖然他全是遵照皇上的旨意辦事，但是一旦皇上對他的寵信減退，朝臣們對他群起抨擊，皇上是決不會替他擔過的。如其到那時下詔獄1，死西市，身敗名裂，倒不如趁目前皇上寵信未衰時自請督師。他相信自己的做事練達和軍事才能都比熊文燦高明得多，加上皇上的寵信，更加上以輔臣之尊，未出師就先聲奪人，成功是有指望的。但是他也想到目前將驕兵惰，兵切兩缺，加上天災人禍弄得人心思變，大江以北幾乎沒一片不亂土地。萬一出師無功，將何以善其後呢？
1詔獄——見本書第一卷第540頁註釋。
形勢急迫，不管對崇禎說，對楊嗣昌說，這個問題都必須趕快決斷。在文華殿召對時候，雙方都在揣摩對方心思。崇禎先問了問軍餉問題，隨即轉到湖廣和陝西軍事方面，嘆口氣說：
「朕經營天下十餘年，用大臣大臣讀職，用小臣小臣貪汙，國家事遂至於此，可為浩嘆！如今決定拿問熊文燦，置之重典，以為因循誤事、敗壞封疆者戒。洪承疇尚能做事，但他督師薊遼，責任艱鉅，無法調回。舉朝大臣中竟無可以代朕統兵剿賊之人！」
楊嗣昌趕快跪伏地上說：「熊文燦深負陛下倚任，拿問是罪有應得，就連微臣亦不能辭其咎。至於差何人赴湖廣督師，請陛下早日決斷。倘無適當之人，臣願親赴軍前，竭犬馬之力，剿平逆賊，借贖前愆，兼報陛下知遇之恩。」
崇禎點點頭說：「倘先生不辭辛勞，代朕督師剿賊，自然甚好。只是朝廷百事叢脞1，朕之左右亦不可一日無先生。湖廣方面究應如何安排，倘若先生不去，誰去總督請將為宜，須要慎重決定，以免債事。先生下去想想，奏朕知道。」
1叢脞——煩雜、零亂。
楊嗣昌回家以後，把崇禎的話仔細體會，認為這幾句話既是皇上的真實心情，也未必不含有試試他是否真心想去督師的意思。他找了幾位親信幕僚到他的內書房中秘密計議。幕僚們都認為既然皇上有意叫他前去督師，不如趁早堅決諸行，一則可以更顯得自己忠於王事，二則暫且離開內閣，也可以緩和別人的攻擊。至於軍事方面，幕僚們是比較樂觀的。他們認為官軍在數量上比農民軍多得多，像左良玉和賀人龍等都是很有經驗的名將，問題只在於如何駕馭。熊文燦之所以把事情弄糟，是因為既無統帥才能，使諸將日益驕橫，又一味貪賄，受了張獻忠的愚弄。在這些方面，熊文燦實不能同楊嗣昌相提並論。他們認為，楊嗣昌以輔臣之尊前往督師，又有皇上十分寵信，只要申明軍紀，任何驕兵悍將都不敢不聽從指揮。只要戰事不曠日持久，能夠在一年內結束，國家還是有辦法供應的。聽了幕僚們的慫恿，楊嗣昌的主意完全拿定。他比幕僚們高明一點，不一味想著順利成功，也想著戰事會曠日持久，甚至失利。他想，目今國勢艱難，代皇上督師剿賊是大臣義不容辭的事，萬一不幸軍事失利，他就盡節疆場，以一死上報皇恩。不過這種不吉利的想法，他沒有告訴任何一個幕僚知道。
兩天以後，崇禎見到了楊嗣昌的奏疏，情詞慷慨，請求去湖廣督師剿賊。他仍然因中央缺少像楊嗣昌這樣的大臣，將無人負責同滿洲秘密議和，猶豫很久。直到八月底，又接到湖廣和陝西兩地軍事失利的奏報，他才下最後決心，命司禮監秉筆太監替他擬了一道給楊嗣昌的諭旨。他提筆改動幾句，再由秉筆太監謄寫在金花箋紙上，當天發了出去。那諭旨寫道：
間者，邊陲不靖，卿雖盡瘁，不免為法受罰1。朕比國優敘，還卿所奪前官。卿引愆自貶，堅請再三，所執甚正，勉相聽許。朕聞《春秋》之義：以功覆過5。方今降徒於紀，西征失律6；陝寇再熾，圍師無功。西望雲天，殊勞朕憂！國家多故，股肱是倚；以卿才識，戡定不難。可馳驛往代文燦，為朕督師。出郊之事，不復內御7。特賜尚方劍以便宜誅賞。卿其芟除臺賊，早奏膚功！《詩》不云乎：「無德不報1。」賊平振旅2，朕且加殊錫焉3。
1為法受罰——指幾個月前清兵人塞，破名城，擄宗藩，損上將，崇禎在輿論壓力下將楊嗣昌貶了三級，戴罪視事。但這一句措詞含義，實際上為楊嗣昌開脫，指出這次受罰不完全是真正有罪，而是因為他當時任兵部尚書，按法不得不然。
2以功覆過——拿功勞掩蓋罪過。
3方今……失律——前一句是說張獻忠穀城起義，後一句是說往西追剿的官軍在羅猴山打了敗仗。
4不復內御——等於「不從中制」。
5無德不報——在此處的意思是有功就有獎賞。這句詩出於《詩經·大雅》。
6振旅——班師。
7且加殊錫焉——將給予不一般的獎賞。
楊嗣昌接到聖旨是在八月二十八日上午，下午就上疏謝恩並請求召對。第二天晚上，崇禎在平臺召見了楊嗣昌和首輔薛國觀，吏部尚書謝升，戶部尚書李待問，新任兵部尚書傅宗龍，討論調兵和籌餉等問題。他面諭兵、戶二部尚書，必須按照楊嗣昌所提出的需要辦理，不得有誤，又問謝升：
「楊嗣昌此行，用何官銜為宜？」
吏部尚書回奏：「臣以為用‘督師輔臣’官銜為宜。」
崇幀覺得這個官銜很好，點頭同意，隨即把楊嗣昌叫到面前，聲音低沉地說：
「朕因寇亂日急，不得已煩先生遠行。朕實不忍使先生離開左右！」
楊嗣昌跪在地上，感激流淚說：「微臣實在很不稱職，致使寇亂、虜警，接連不斷，煩陛下聖心焦勞。每一念及，惶驚萬分。蒙皇上赦臣不死之罪，用臣督師，臣安敢不竭盡駑駘之力，繼之以死！」
崇禎聽到「繼之以死」幾個字，不覺臉色一寒，心上登時出現了一個不吉的預感，默然片刻，慢慢地說：
「卿去湖廣，既要照顧川、楚，也要照顧陝西，務將各股流賊剋期殲滅。闖賊於潰敗之餘，死灰復燃。雖經鄭崇儉將他圍困於商洛山中，卻未能將他剿滅，陝西事殊堪憂慮。聽說闖賊行事與獻賊大不相同，今日不滅，他日必為大患。卿目前雖以剿獻賊為主，但必須兼顧商洛。對闖賊該進剿，該用間，卿可相機行事。總之不要使闖賊從商洛山中逸出。倘若萬一闖賊從商洛山中竄出，亦不要使彼與獻賊合股或互相呼應。不知先生對二賊用兵有何良策？」
楊嗣昌回答說：「使二喊不能彼此呼應，更不能使二賊合股滋擾，十分要緊。陛下所諭，臣當欽道不忘。兵法雲‘親而離之’1，況聞二賊素來彼此猜忌，實不相親。目前用兵，也就是要將他們分別圍剿，各個殲滅。至於應如何迅速進兵，方為妥當，臣今日尚難預度。容臣星夜馳至襄陽，審度情勢，然後條上方略，方合實際。」
1親而離之——語見《孫子·計篇》。意思是說：敵人若內部團結，就設計離間他們。
崇禎說：「先生馳赴襄陽，對剿滅獻賊之事，朕不十分擔憂。朕方才所諭，是要先生對闖賊內部用間。倘能使闖賊內部火併，誘使其手下大頭領叛闖反正或殺闖獻功，此係上策。不然，闖賊善於團結黨羽，籠絡人心，憑險頑抗，而秦軍士老兵疲，何日能剿滅這股兇賊？要用間，要用間。」
楊嗣昌趕快說：「皇上英明天縱，燭照賊情。臣至襄陽，當謹遵皇上所授方略，對闖賊部下設計用間。目前也只有這著棋，能致闖賊死命。至於如何用間，臣已有了主意。」
「先生有何好的主意？」
「闖賊原有一個總管名叫周山，前年反正，頗具忠心，時思報效朝廷，現在曹變蚊軍中，駐防山海關附近。俟臣到襄陽之後，如就近無妥人可用，即檄調周山去襄陽。臣詢明賊中實情，面授機宜。」
崇禎點頭說：「好，好。卿還有什麼需要？」
楊嗣昌奏道：「從前賊勢分散，故督炯侍郎1張伯鯨駐在池州2，以便督運江南大米。今官軍雲集於川、楚交界與陝西南部，距離池州甚遠。請命督餉侍郎移駐湖廣用兵之地，方好辦事。」
1督餉侍郎——明末朝廷因軍事需要，專設一兵部侍郎，負責督運軍餉，稱為督餉侍郎。
2池州——今安徽貴池縣。
「卿說得是，即叫兵部辦理。」崇禎說畢，向傅宗龍望了一眼。
楊嗣昌又說：「左良玉雖然戰敗，但其人有大將之才，他麾下的兵也還可用。乞皇上格外施恩，封他為‘平賊將軍’1，以資鼓勵。」
崇禎對左良玉本來很不滿意，甚至暗中懷恨，但是他立刻表示同意說：「可以，就封他為‘平賊將軍’，以資鼓勵。」
楊嗣昌又提出些關於調兵遣將的問題，凡是他所請求的，崇禎無不同意。多少年來，崇禎對督師大臣從沒有像這樣寵信，言聽計從。楊嗣昌最後說：
1平賊將軍——明朝總兵官是武一品，在官階上不能再提升。如作重大獎勵，或封侯、伯等爵位，或前其子孫，或給予某種將軍稱號。某種將軍稱號雖非爵位，也不能世襲，但因為不易獲得，所以被視為特殊榮譽。「平賊將軍」稱號在正德七年（西元1512年）給過仇鋮一次。
「臣聞古者大臣出征，朝聞命夕即上道。一應隨從、廄馬。鎧仗等項，均望各主管衙門從速發給，俾微臣不誤啟程。」
崇禎十分高興地說：「卿能如此，朕復何憂！所需一切，朕即諭各有司即日供辦。」
這時已經有二更多天。諸大臣向崇偵叩了頭，由太監提著宮燈引導退出。崇禎把新的希望寄託在楊嗣昌身上，含著微笑，乘輦往坤寧宮去。
崇禎心頭上的一股欣慰情緒並沒有持續多久。儘管他還不到三十歲，但治理國家已經有十二年了。十二年中無數的挫折給了他相當多的痛苦經驗，使他對任何事不敢抱十分希望，現在對楊嗣昌的督師也是如此。在坤寧官坐下以後，他一面同周後說話，一面繼續想著楊嗣昌的受命督師，於欣慰中不免發生了疑慮和擔憂。可是不指望楊嗣昌又能夠指望誰呢？
過了一天，崇禎下旨恢復楊嗣昌原來的品級，賜他精金百兩，做袍服用的大紅紵絲表裡1四匹，鬥牛衣2一件，賞功銀四萬兩，銀牌一千五百個，紵絲和排絹各五百匹，發給「督師輔臣」銀印一顆，餉銀五十萬兩。宮廷和主管衙門辦事從來沒有像這樣迅速，崇禎本人也很少像這般慷慨大方。楊嗣昌深深明白皇上對湖廣和陝西軍事有多麼焦急，而對他的期望是多麼殷切。他當天就上疏謝恩和請求陛辭，並於疏中建議七條軍國大計。
1紵絲表裡——紵絲就是緞子。表裡指袍面子和袍裡子。