張定國退回成都以後，張獻忠便與手下人商議：重慶是川、楚之要衝，萬不能落在他人手中，否則就等於被扼住了咽喉，進退維谷。而一日不打敗佔據川東的曾英，重慶的安危就一日不保。於是命令劉文秀率軍東下，掃蕩川東。此時已經是乙酉年的三月間了。
劉文秀到達重慶之後，立刻兵分水陸兩路發起進攻，結果被曾英、李佔春、於大海等敗於多功城下。劉文秀退回成都，大西朝從此再無力顧及川東一線。川東既失，川南則有明將楊展再佔敘州；川西有明黎州宣慰司馬京進據黎雅。一時間裡，大西朝四面楚歌，防不勝防。
就是在這種情勢下，大清國攝政王多爾袞又把目光盯在了張獻忠身上。
也是在這種情勢下，張獻忠聽到了李自成兵敗被殺的訊息。
平心而論，他曾經非常忌妒李自成，恨不能置之死地而後快；他曾經後悔自己的心不夠狠手也太軟，在穀城時沒有聽從徐以顯的話將李自成除掉；他曾經為李自成的兵敗山海關，不得已退出北京而幸災樂禍。可是，自從李自成退出陝西，逃往湖廣以後，他的思想就不知不覺地發生了變化，變得十分關心起李自成來了。他一直掛念著湖廣方面的情況，心中暗暗希望李自成能夠在武昌一帶站住腳，養精蓄銳，東山再起。無論如何，他也沒有想到李自成就這麼完了，完得這樣快、這樣修！
當從江西回來的探馬報告了李自成兵敗被殺的訊息後，張獻忠一臉陰雲，一句話也不說。半天才重重嘆了一口氣，隨即用力將腳一跺，罵出一句：「他媽的！」
左右朝臣，包括左丞相王兆齡在內，誰也不明白他的意思。大家面面相覷，大氣不敢出一聲。只見張獻忠將手一揮，大家趕緊恐懼地退了出去，卻又不敢遠離，只能坐在朝房中等候。
張獻忠走下寶座，在「金鑾殿」（按照民間習慣將他上朝的正殿這麼稱呼）中來回走動。李自成被殺的訊息像一塊巨大的石頭，重重地砸在了他的心上。他感到痛苦，感到悲哀，感到惶恐，感到一種唇亡齒寒的孤獨無助……他猛地拔出腰刀，照著粗大的朱漆描金盤龍柱子使勁砍去，同時嘴裡恨恨地罵道：「滿韃子，咱老子操你十八輩兒祖宗！」
丙戌年正月，大清國肅親王豪格奉攝政王多爾袞之命，率大隊人馬向四川進軍。
這時，大西朝在川中的處境正日趨惡化。一些將吏見張獻忠大勢已去，便開始暗中活動，想方設法為自己另謀出路。駐防洪雅的大西守備潘璘率先反戈，當明軍前來攻城時，開門迎敵，殺害大西縣令嚴賡以嚮明方獻功。此例一開，大西各處地方官使陸續遭到殺害，有的到任二三日就被殺，有的縣在三四個月內竟連續被殺十幾個縣令。大西在川內的控制能力已喪失殆盡，不得不縮短防線，逐步撤退各地駐防軍，把兵力全部集中於成都附近。
到了五月間，駐守漢中的大順軍餘部遭清軍襲擊，兵敗遠適，大西保寧守將劉進忠便乘虛而人，佔領漢中，憑藉朝天關扼守。自此，大西地盤便與清方接壤。
佔據了川北和漢中，張獻忠便決定棄成都北上。八月啟程，於九月到達順慶（今南充），很快又轉移到西充與鹽亭的交界處金山鋪，在鳳凰山麓駐紮下來。隨即下令依山傍崖，修造工事。不久又傳令各營開山伐木，打造船隻，準備有朝一日順流東下，繞出川東，進人湖北。張獻忠對手下人說：
「潘磷那夥龜孫子狗眼看人低，見咱老子不小心打個趔趄，他們就忙著伸出腿來使絆子，想叫咱老子一下子摔在地上背過氣去。可咱老子偏偏沒倒下，偏偏又站穩當了。眼下有劉進忠為咱扼守朝天關，就不怕川北和漢中這一大片土地它不姓張！等咱們再順水這麼一下，」他舉起手臂猛地向半空劈去，「嘿嘿，湖廣也就成咱老子的乖乖兒了。」
張獻忠說得高興，手下人也都跟著隨聲附和，似乎有劉進忠有朝天關便什麼都不愁沒有似的。殊不知此時的劉進忠卻是身在曹營心在漢，與大西朝正做著絕然不同的兩個夢。朝天關成了一樁「奇貨」，被劉進忠提在手裡，隨時準備連同他自己一起賣出去。他先是想投靠明將曾英，曾經派出親信同曾英暗中聯絡，但不知由於什麼原因未能如願。於是一個轉彎，返身投進了清人的懷抱，於十一月下旬大開關門，把豪格迎進了朝天關。
劉進忠自恃開關迎降有功，沒等召見，就迫不及待地到百丈關驛所謁見豪格。本以為會得到獎賞，不料豪格對開關一事隻字不提，卻劈頭就問張獻忠現在哪裡，劉進忠只好據實回答。又問離此地多遠，回答急馳五晝夜即可到達。於是豪格就命劉進忠帶路，導引清軍晝夜兼程向南飛奔，於十一月二十七日黎明時分趕到了鳳凰山下。
此時的鳳凰山，正在黎明前的回籠覺中沉沉地睡著。遠遠的幾豆燈火，幾聲犬吠，有意無意地點綴著山野的寧靜。劉進忠帶著大隊清軍，迅速地逼近了張獻忠的營地。想到即將與張獻忠兵戎相見生死相搏，他忽然感到心慌氣短，兩條腿忍不住抖顫起來，想停也停不住。
天色漸漸亮了，晨曦爬進了營帳。張獻忠一覺醒來，想起來昨日視察軍中，諄諄告誡部下同心同德赤心報國一事，情緒不覺又激動起來。於是奮然躍起，來到大帳外。只見滿山遍野一片大霧瀰漫，白茫茫雲騰騰如人間仙界一般。張獻忠不覺來了興趣，立刻喚來十幾名親隨，跟隨他向離營地最近的一個小山頭奔去。
大霧終於消散盡淨，陽光灑滿峰巔。張獻忠橫刀馬上，仁立山頭，極目遠眺。山風把他的斗篷高高掀起來，一把大鬍子在霞光中飄飄拂拂。他揚起手中的鞭子，遙指前方，朗朗的笑聲在山巒間乍然響徹，驚起一群飛鳥。忽然，一支利箭射來，不偏不倚正中他的咽喉，笑聲未絕，他已翻身落馬，訇然倒在了地上。
「老萬歲1，你怎麼了？」
1老萬歲——張獻忠稱西王后，屬下習慣呼他為「老萬歲」。
十幾個親隨張皇失措，一齊圍在他身邊驚叫著。還沒等他們醒過神來，眾多的清兵已蜂擁而上，將張獻忠綁縛而去。大西軍毫無準備，四散奔走。清兵奮力追殺，滿山遍野都是他們嗚哩哇啦的吶喊聲。
張獻忠被抬到了清軍大營中。因為傷勢過重，這時他已經不能說話，卻依然二目圓睜，眈眈怒視。那兩道如刀如劍的目光，把一個個清軍逼視得不敢近前。劉進忠奉清軍將領命前來勸降，剛一到跟前，便嚇得撲通一聲跪了下去，叩頭如搗蒜：
「老萬歲饒命！老萬歲饒命！射你的是雅布蘭1，不是小人，小人只是把你指認出來了……」
1雅布蘭——在格部將。
一抹嘲諷的微笑掛上了張獻忠的嘴角，他收回目光，一雙大眼慢慢地合上了。
隨劉進忠降清的大西軍士圍在張獻忠的身邊，呼啦啦跪倒了一大片……
張獻忠已死的訊息傳到京城以後，清政府立刻頒詔大赦天下，以示普天同慶。
不久，在梓潼縣北的七曲山風洞樓上立起了一座廟，廟裡供奉的神像描金臉著綠袍，模樣神態都酷肖「八大王」轉世。廟裡香火不絕達百年之久，直到乾隆五年十月，才被清朝官府派人搗毀。