就因為這個原因，狂熱的宗教信仰，使他們有著一種匪夷所思的念頭，去做一些在平常人看起來很愚蠢的事情。比如遠在萬里之外的帖木兒和他們有什麼關係。不過是因為同樣的信仰，卻使他們不遺餘力的為帖木兒造勢。而且是冒著殺頭的危險。
內廠的種種情報表明，這些伊斯蘭教的信徒們，還在影響著有些漢人的意志，而這個訊息才引起了朱允墳的重視。
經過內閣合議、參謀部的推算和兵部的統計。建文八年十一月，從湖廣軍鎮、雲南軍鎮再調集兩個集團軍至陝西練兵備戰。同期物資依循前例配備。並加緊武網車的製造和押運。爭取再明年之前，將武網車的數量提升至一萬輛。
同時，霰彈槍和火炮的數量也在增加之中，並逐步開始往遼東軍鎮輸送，每個人都認為皇上準備對朱林開始進行壓力了，不過都保持著沉默，帖木兒的話還是起到了一定的作用，朱林這杆旗幟不倒，西北就有藉口造謠。
做完了這一切，朱允墳開始冷靜的考慮怎麼應對伊斯蘭教信徒的動作，雖然來自於另一個時空的靈魂，不想去用愚民政策去玩弄民心。但是經過這麼多年的瞭解，他開始重新審視信仰的力量了。
回顧一下，帖木兒通過伊斯蘭教，聚攏了大量人心，用信仰發動所謂的聖戰，並得到了狂熱的支援。而另一個時空中他所知道的在歐美等西方國家，基督教等宗教曾經在相當長的一段時間裡，主導了政治的發展，因此成為宗教、政治、社會、與歷史等各方研究者均感興趣的課題。
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而現在的大明更是一樣，教育不普及的情況下，百姓的文化層次就不用多說，更容易聽信那些裝神弄鬼的宗教人士之言。
而自己前幾年大力打擊佛教，對於其他宗教比如說藏傳佛教、道教、伊斯蘭教、薩滿信仰等等卻也不是很提倡，導致了在此時的大明，任何宗教補必二壟到歡仰，這可能是…個穿越者固有的思想弊病…月
此時認真的去反思，才覺得要正確引導民眾的信仰，自己的信仰就是改變歷棗的自信。而官員們的信仰就是自己這個皇帝所賜予的權力，而朱允墳卻輕易的錄奪了民間百姓信仰的權力。導致了除了佛教之外的其他宗教興起。但是又處於比較畸形的狀態下成長。
朱元璋在明朝初年制定了對於各制度化宗教「神道設教」、限制利用的基本政策作為祖。而朱允墳自己除了打壓佛教之外，沒有想到過去疏導民眾的信仰宣洩，這才是最根本的。此時朱允憤才感覺到，宗教的作用還是很重要的。
但是怎麼合理的利用宗教，達到引導信仰的問題呢？
朱允墳連續召見方孝孺、解藉以及當時的幾個大儒，詢問關於宗教的問題。為此。不顧自己以前所限制佛教發展的旨意，特地還召見了幾個僧人，以及道士作為參考之用。
經過各種資料的彙集，才知道佛教為大明最主要的宗教，其地位顯著。流行普遍，都在道教及其他宗教以上。於其社會影響力，包括僧人的數量控制、寺院的數量、寺院經濟對大明財政的影響等等，其次才是僧人對大明官員的影響。
在打壓佛教的同時，但卻沒有扶植其他宗教，也不能不說這是朱允墳的一個敗筆，這導致了民間對於伊斯蘭教的容納，導致了民間對其的同情。甚至是接受。
這是作為一個皇帝所不能容忍的，本來對於宗教不感興趣的朱允墳。也不能容忍。他現在清楚的看到，要想徹底的禁絕宗教是不可能的。那麼只有建立起一個本土的由國家扶植的宗教勢在必行了。
洪武元年朱元障立玄教院，洪武十五年改置道錄司，掌天下道教。道錄司設左右正一、演法、至靈、玄義等官各二人，其中正一官品最高。為正六品。顯示出對正一道的器重。地方上則設道紀司、道正司、道會司管理道教。這些機構的官員都由道行高潔、精通經戒的道士擔任，負責檢束道士行為，核實道觀和道士名數，道士申請度牌等事務。
而佛教亦然，成立了僧錄司，管理佛教事宜。兩司都屬於禮部管轄。
朱允墳作為皇帝，當然熟悉朝廷這些編制，為此他召見道錄司中各級官員問事，並要求其作出佛、道總結。找出兩者的分別。得出：
佛教的普世性超過道教，一切眾生，都可以簡單的方式從中求取寄託，適合所有信眾，尤其是各種意義上的弱勢人群，婦女、老人、殘疾者等等。都無須特別的資財、時間就可以從中得到安慰。
而道教的「拯救。途徑，則很大程度上依靠專門的修煉，其實需要一定的時間和物質條件，也更近於「術」這就使它適合的範圍於佛教。
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朱允墳考慮良久，方孝孺請求覲見。那是因為最近皇帝勤於問詢佛、道中事，他有些擔心，大明以儒教為立國常經，兼用佛教、道教「陰瑚王度」。方孝孺害怕皇帝由伊斯蘭教引起謠言。作出本末倒置的事情。
在他們的眼裡，一個勤政的仁君。問詢宗教之事不是一個好苗頭。
他要勸諫皇帝的這一行為。
方孝孺認為，對於宗教應該取容納、利用、控制方針，但始終不能使宗教左右國家政務。而對於伊斯蘭教的偶然現象，他認為伊斯蘭教在民間相對封閉，大體上表現為一個民族政策問題而不是一個宗教問題，基本與國家以及其他社會成分相安無事。
之前皇上打壓佛教，方孝孺雖然有佛門中的朋友，但是卻未多言，那是因為佛教雖然深深溶入了大明的生活中，但其與儒家思想的衝突始終沒有平息，兩者的思想還是有矛盾的產生。
儒家講的是入世，宣揚治平之道，即所謂正心。誠意、齊家、治國、平天下之道，重視的是現實社會的治理。而不去追求佛教那樣虛無飄渺的彼岸世界，以此儒家與佛教在根本理論上就發生了衝突。
佛教宣揚人生一切皆苦、現實世界一切皆空的苦空二諦學說，主張勘破紅塵，超脫塵世，出家修行，落髮為僧，這就與儒家所宣揚的倫理綱常、忠孝之道，直接發生了矛盾。因此佛教一傳入中原，就受到了儒家的抵制與排斥，佛教的發展程式。始終伴隨著與儒家之間的鬥爭。
所以方孝孺雖然有佛教的朋友，但絕對不至於站出來為其搖旗吶喊。甚至還會為皇上的聖明感到高興。但是這次不同。方孝孺絕對不希望皇帝再陷入到宗教的漩渦之中。
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