東晉孝武帝被女人用棉被悶壓，悲慘地死去。繼位的是長子司馬德宗——一個窩囊到家的精神衰弱兒。這個要命的安帝在母舅德文的輔佐下，總算安然地在位二十二年。倭王贊派使者至東晉，就是這個安帝治世期間發生的事，順便附提於此。
這個時候，東晉有一個名叫陶潛、字淵明的人。這個人以其字聞名於世。
那是非常重視門第的時代，亡命政權尤其念念不忘過去的榮耀。不過陶淵明並非出身名門，只是他有一位戰功彪炳的曾祖父——陶侃。儘管陶侃官至徵西大將軍，並且頗多軍功，卻由於出身貧賤，即使發跡後也還被人輕視為「溪狗」。
當時的廬山一帶是溪族居住區。溪族的習俗似乎迥異於中原人士。在由北方亡命而來的東晉主流派人士眼裡，陶侃是土著，是個低微家庭出身的人，他們雖然肯定他的軍事才華，但對這個人物本身則評價不是很高。
雖然屬於不受人尊敬的土著一派，陶淵明卻以曾祖父曾官拜大將軍而頗為自傲。淝水奏捷之時，他年方十九歲。十年之後，他才有了江州祭酒這個官職，祭酒約略等於現在的縣教育局長。
陶淵明任職不久後就還鄉了，直到三十五歲時才再度出仕，擔任的是稱為「鎮軍參軍」的鎮軍將軍之幕僚職務，這個職位大約為軍中的文書官。
當時的東晉國軍分為北府及西府兩部分。其中的西府在以荊州為據點的桓家勢力範圍之下，桓溫在即將達成野心的最後關頭撒手西歸，事隔二十五年後的現在，當時尚年幼的遺兒桓玄已是三十多歲的人，掌握著西府軍權。北府則以京口（江蘇省鎮江市）為據點，在王恭的指揮之下。
王恭是出了名的美男子，他的妹妹是孝武帝的皇后。頗為自負的王恭認為自己有宰相之才。孝武帝死後，輔佐人司馬道子舉措專橫，王恭甚為不滿，便率領北府軍迫進首都建康，提出改革宮廷的要求。
這是王恭天大的誤算。他以為自己是北府軍總司令官，事實上，東晉軍方日益軍閥化，北府軍已由名叫劉牢之的武將掌握實權；美男子貴族王恭，只不過是擺在上頭的裝飾品。劉牢之認為裝飾品已屬不必要。因此來到建康附近時，他就與司馬道子的兒子司馬元顯聯起手來，背叛王恭。
王恭被抓後遭斬。
翌年，孫恩造反。孫恩系名為「五斗米教」的道教教主，父親孫泰為東晉所殺。
「這是造反的最好機會！」
孫恩做此判斷。雖然王恭的政變歸於失敗，東晉依然飽受北府軍和西府軍的壓迫。為了增強軍力，當政者決定大舉徵用長江三角洲的農民為兵，一時，反對之聲在各地猛然興起。孫恩把這樣的反對意識組織化了。
造反持續了四年之久，最後被北府軍閥劉牢之鎮壓。孫恩於元興元年（西元402年）自殺，但孫恩的妹婿盧循則逃至南方，在福建、廣東等地繼續抵抗。
實際鎮壓孫恩造反的第一線部隊，由一個名叫劉裕的人領軍。
當時從軍於北府軍的陶淵明，對軍閥劉牢之及其部將劉裕的作風甚為失望。
孫恩於十數日內發動了數十萬人——當時的人民對東晉政府何等不滿，由此可見。然而造反軍並沒有受過任何訓練，他們只是一群不滿被榨取和壓迫而奮起的人，連武器都不會使用。在京口基地日日接受軍事訓練的北府軍將兵，當然像對付嬰兒似的把造反軍擊潰了。
而北府軍也於此役中大大施展其暴虐之能事。
——士民失望，郡縣城中幾無人跡。
《資治通鑑》如此記載。殘虐的不是造反軍，而是政府軍，這與一千五百年後太平天國戰爭時的情形完全一樣。造反軍來到時，人們並沒有逃；而政府軍一到，人們就爭先恐後地逃個精光。詩人陶淵明對北府軍感受到的失望程度，由此不難想見。這些感受，後來自然表露於他的作品之中。
聽到孫恩造反軍逼近首都的訊息時，西府軍桓玄立即以救援為名，揮軍東向。事實上，在這之前，孫恩已被劉裕擊退。在宮廷執牛耳的司馬元顯，一聽到桓玄的「救援軍」前來，嚇得面無人色。司馬元顯與桓玄老早就處於對立狀態。因此，他企圖使用劉牢之的北府軍，擊退桓玄的救援軍。
難道司馬元顯忘了王恭的前車之鑑嗎？
「改革宮廷！」王恭以此為口號率領北府軍迫近首都時，背叛他的是北府軍真正的指揮者劉牢之。而與劉牢之共謀、使他倒戈的不是別人，正是司馬元顯。如今，劉牢之故伎重施，他倒戈靠向討伐的物件桓玄。可憐蟲司馬元顯因而被斬。
桓玄可謂棋高一著。他的企圖是，將北府軍解體後由自己的西府軍吸收。為此，他的第一步棋是將劉牢之調離北府軍。
「我上當了！」
劉牢之氣得直跺腳，然而為時已晚。他原本計劃以北府軍兵力作為籌碼，與桓玄進行交易，如今這個籌碼已經被剝奪了。——劉牢之因而自殺。
翌年，桓玄終於達成父親桓溫未能完成的野心。他把安帝幽禁於潯陽，以禪讓形式就帝位。桓玄定新國號為楚，並以永始為元號。
對劉牢之失望的陶淵明一度還鄉，卻因生計無著，只有前赴荊州，出仕於桓玄麾下。桓玄奪取首都時，陶淵明由於母親去世正在服喪期間。服喪期間可以不用上班是當時的習慣。
永始二年（西元404年），過去為劉牢之部將的北府軍官員劉裕舉兵。
北府軍的主要幹部大部分已被桓玄肅清，劉裕則倖免於難，那是因為他並非門閥出身的人。
——剷除有可能危害國家的幹部。
除了實力以外，門閥也被當做「有可能危害國家」的評價基準。非門閥出身的劉裕因而免於遭肅清，隨後被編入桓玄軍團。
舉兵的劉裕很快就推倒了桓玄。甫建國的「楚」王朝，基礎尚未鞏固，就急於解體北府軍。由於這件事情做得過於勉強，操之過急的結果，遂引起北府軍系將兵的極大不滿。劉裕就是把這樣的不滿組織化的。
劉裕於二月舉兵，桓玄敗北，於五月被殺。劉裕再度奉迎安帝，復興東晉。桓玄是篡位者，劉裕遂成為將之推倒、復興王朝的忠臣。東晉於次年改元號為義熙。這一年，陶淵明成為彭澤縣縣令，卻於不久後辭職。
桓溫、桓玄父子是文人的保護者。名畫家顧愷之就曾受荊州桓家的保護，詩人陶淵明也對桓玄非常心儀。因此，陶淵明視桓玄的王朝被推翻為一大憾事。因為依據他的看法，那將會是尊重文化的王朝。
陶淵明的心境非常複雜。