黃巾軍在存在密告且準備不足的條件下起兵，因此和各地的聯絡不是很順暢，而且黨人禁錮被取消，已經不能把地方豪強吸引到自己一方了。
朝廷派出的將軍有北中郎將盧植、左中郎將皇甫嵩、右中郎將朱儁。朱儁在交趾（越南）發生叛亂時率兵平定，立有功勞。皇甫嵩在長社（河南省）被黃巾軍包圍的時候，率援軍趕來的是都騎尉曹操。《三國志》的英雄從這次黃巾之亂起開始登場。曹操這回是初次登臺。
負責征討的將軍是士人，而作為直屬皇帝的監軍，宦官也被配屬軍中。他們如果得不到賄賂，就不會為主帥作有利的報告。盧植因未向宦官左豐行賄，被報告「廣宗城（河北省）的敵人明明很快就能擊破，但他偃旗息鼓，坐等敵人被老天爺消滅」，震怒的皇帝命令將盧植用囚人的檻車押運送回。
被派去廣宗替代盧植的司令官是東中郎將董卓。他是曾以西域戊己校尉的身份出征西域的猛將。以董卓之力也未能攻破這座理應很快就能拿下的廣宗城。
中平元年（184）三月，征討軍整編完畢，到了十月，終於攻破了張梁守衛的廣宗。另外，天公將軍張角此時已經病死。張角之死是黃巾軍勢力一蹶不振的原因之一。十一月，皇甫嵩在下曲陽（河北省）進攻張寶，並斬了他。表面上黃巾之亂被平定。之所以稱為表面上，是因為各地響應的叛亂紛起，連甘肅、山西、湖北都發生了叛亂，所以不一定就能說是平定。他們採用黑山、白波等各種各樣的名字，廣義上也可以稱作黃巾系。可能是通過《三國志》，據守山西的造反軍的大名「白波」甚至傳到了日本，日本人稱盜賊為「白波」便由來於此。
說黃巾軍已被平定不一定確切。比如，黑山賊的頭目褚飛燕等人被朝廷任命為兩千石的中郎將；白波軍也在後來獻帝從長安返回洛陽時負責聖駕的守衛；青州三十萬精銳黃巾軍和曹操軍合併了。曹操能夠把持朝政，是因為他有雄厚的勢力，而曹操之所以一下子變得強大，是因為吸收了青州的黃巾軍。這樣看來，還是可以把東漢王朝的覆滅原因歸結於黃巾軍。
3
《三國演義》大體上從黃巾之亂開始，而其後的情節中有很多地方為讀者所熟悉。
令人感到奇怪的是黃巾之亂後的論功行賞。包括中常侍張讓在內的十二個宦官成了列侯。他們並未上戰場，功勞全來自於在皇帝身邊參與制定作戰計劃。黨錮之禁雖然解除，但東漢朝廷依然是宦官的天下。
說宦官壞話的人受到了處罰。皇甫嵩曾斬了黃巾軍的地公將軍張寶，立有這般功勞的他因拒絕了張讓借錢五千萬的要求，被以「過度使用軍費」的理由撤了車騎將軍的職，食邑被削去六千戶。更有甚者，曾上言「天下大亂是宦官之罪」的諫議大夫劉陶死在獄中，這在人們意料之中。劉陶曾是洛陽太學的學生運動首領。
中平五年（188），朝廷設定西園八校尉。黃巾餘黨仍在各地活動，西北羌族的動向也不讓人放心。地方官擔心自己失職，於是瞞報造反，這種情形並不少見。在東北，烏桓族的首領聯絡了心懷不滿的漢人，從遼西肆虐到北京一帶。前往征伐的是騎都尉公孫瓚。不管怎樣，東漢意識到增強軍備的必要性，設定了相當於近衛軍的西園八校尉。漢朝校尉是指揮軍隊的兩千石武官。同時出現了八個軍隊司令官。其中有一個宦官蹇碩，除了擔任上軍校尉，指揮其中一個軍團外，還監督著其他七個軍團。
在設立西園八校尉的第二年——中平六年（189）四月，三十四歲的靈帝死去。不知是不是宿命，東漢皇帝即便生了兒子也很難養大。因此，何皇后所生的劉辯被寄養在民間一個姓史的道士那裡。後來，後宮王氏生下一個叫劉協的兒子。嫉妒心很強的何皇后殺了王氏，但這個孩子被靈帝的母親董太后收留，所以沒事。靈帝死時劉辯十四歲，劉協九歲。實際上這兩個同父異母兄弟中，弟弟遠比哥哥優秀。或者可以說是哥哥實在上不了檯面。靈帝在死前沒有立皇太子，生病後就把次子劉協託付給西園上軍校尉，也就是掌握最大兵力的宦官蹇碩。
為了讓劉協即位，就必須誅殺劉辯的舅舅、大將軍何進。於是宦官設局請何衝前來，但何衝在途中有所覺察，又逃回去了。靈帝死去兩天後，劉辯登基，改元「光熹」，表面上看是何太后的哥哥何衝掌握了政權。只不過，只要宦官勢力仍然強盛，就不能說他真正地掌握了政權。這個時候，八校尉之一的袁紹勸何衝「把宦官全殺了」。袁紹是豪強中的豪強，是每四代人就必出三公的名門之後。正因如此，他既對宦官有很強的敵愾之心，也有名門出身的死心眼。何進首先捕殺了蹇碩。蹇碩既是宦官又掌控軍隊，是被先帝託付次子劉協的人物，所以何進必然會先用他來祭旗。接下來何進包圍了養育劉協的董太后的哥哥驃騎將軍董承的府邸，並殺了董承，董太后因此暴卒。《三國演義》中說是被何進毒殺，《九州春秋》說是自殺。董承雖不是宦官，卻站在何進外甥的對手一方，於是何進就早早消滅了他。因此，何進對誅滅宦官反倒不是意志很堅定。妹妹何太后說如果沒了宦官，就沒有可以說話的人了。可見何太后對政治也是有野心的。此外，何進的母親舞陽君和弟弟何苗等人受了宦官的賄賂，也在遊說他不要廢止宦官。
這一次，可以想見宦官也要拼命了。不管怎樣，這是性命攸關的事情。於是，他們借何太后之名召何進進宮，在嘉德殿前斬了他並棄屍。這是陷入絕境的宦官豁出性命的反擊。在斬了何進之後，他們緊閉宮門，擁戴皇帝劉辯，擺出固守的架勢。
袁紹和堂弟袁術為了誅滅宦官，不停地召集四方猛將豪傑。曹操也收到邀請，但他笑著說「宦官自古就有，不給他們權寵就行了。要誅滅元兇，派一獄吏就已足夠，這樣集結兵力過於小題大做」，不怎麼熱心。如果考慮到曹操的父親是宦官的養子，就能理解他為何對誅滅宦官如此不積極。
何進不擇手段，甚至曾召喚以兇暴而著稱的董卓前來。狡猾的董卓在河東按兵不動，隔岸觀火。就這樣，何進把事情鬧得太大而成為宦官關注的物件，繼而被誘殺。
袁紹、袁術以及何進的部將們破宮門闖入，抓住了趙忠等十常侍，並斬了他們。去勢了的宦官沒有鬍子，長著單調的臉，所以不少沒鬍子、發福的普通人也被誤殺。這天袁紹等人在宮中殺了兩千餘人。
十常侍中只有張讓和段珪兩人帶著皇帝和皇弟，幾十個人艱難逃出，卻在一個叫小平津（河南省）的地方被盧植等人追上。盧植被監軍宦官進讒，受過囚車送歸的屈辱，因此對宦官之恨可謂深入骨髓。事已至此，兩個宦官不得不投河了斷。
皇帝兄弟在由盧植等人護衛回宮的途中，總算遇到了剛動身的董卓軍。在董卓詢問事情經過時，皇帝劉辯簡直就是答非所問，而皇弟劉協則是應答如流。可以說真的是選錯了皇帝。
董卓在前往洛陽的途中撿到了皇帝兄弟，所以就有了擁戴的有利地位。進入洛陽後，改元「昭寧」，接著廢了皇帝劉辯，立其弟劉協，改元「永漢」。劉協正是東漢的末代皇帝獻帝。
通過廢立皇帝，董卓展示了自己的實力。他以何太后侍奉婆婆時無禮為由將之毒殺，還殺了她母親舞陽君，甚至把自己廢掉的劉辯也毒殺了。
接著董卓獲得相國之位。西漢的建國元勳蕭何擔任了這個職位之後，誰都有所顧忌，雖有呂后時代的呂產等例外，近四百年來這個職位一直空缺。毫無顧忌地登上相國位置的事實表明，接下來董卓有篡奪帝位的想法。年號被恢復成原先的中平六年（189）。
中平六年頻改年號，中平、光熹、昭寧、永漢，既而又是中平，讓人眼花繚亂。
袁紹、袁術、曹操等人反對董卓的獨斷專行，尤其是廢立皇帝，全部離開了洛陽。不言自明，他們試圖在不久之後結成反董卓聯合軍，再次攻打洛陽。
次年——初平元年（190）正月，反董卓聯合軍起兵，袁紹自稱車騎將軍。因皇帝在董卓手裡，官職是不得已自稱的。
針對於此，董卓強行遷都長安。出身隴西（甘肅省）的董卓認為，把皇帝移至自己的地盤是上策。他擔心留在洛陽就會陷入孤立。為了斷絕人們的戀鄉情緒，別說是洛陽的宮殿，就連民宅也悉數焚燬，據說是一場二百里以內雞犬不留的大破壞。居民也被強制移居到長安，途中死了很多人。
反董卓聯合軍中第一個到達洛陽的是出身富春（浙江省）的孫堅。他自稱是《孫子》作者孫武的子孫。不過孫堅只是個小縣吏出身，不是所謂豪強家門。他在平定黃巾之亂中立了功，終於做了兩千石的司令官，此時仍歸袁術管轄。他進入洛陽已經是在董卓的大破壞之後了，不過傳說他在一口井中發現了傳國玉璽。三國時代和蜀、魏三分天下的吳，是由孫堅之子孫策、孫權構築基礎的。
這樣說來，就不能不提到蜀漢之主劉備了。他也參加了黃巾之亂的平定。然而，其餘諸將，不用說曹操本來就是兩千石的司令官，就連孫權都做了兩千石的司令官，而劉備不過是個縣尉，四百石到兩百石的樣子。與其說是論功行賞不公平，不如認為劉備在當時也就這點實力更為恰當。
劉備自稱和漢王室有關係，但當時這樣的人數以萬計。劉備善於結交豪俠，他的出生地盛產名馬，商人張世平、蘇雙在此地販馬，給了劉備一大筆錢。一般認為關羽和張飛是從這個時代起就做了他的手下。至於關羽，《三國志》稱他是解縣（山西省）人，因故亡命，曾寄身於劉備門下。究竟是什麼原委則沒有註明。解縣是產鹽之地，可能是關羽走私了屬於政府專賣的鹽，因行動暴露，不得不出逃。
劉備帶著少數幾個一手培養的武將，橫行於亂世中，最終成為蜀漢之主。曹操在董卓入長安的次年——初平三年（192），如前所述，收編了30萬青州黃巾降卒，一躍成為強大勢力。同年四月，長安的董卓死在被王允挑撥的部下呂布手中。
董卓死後，長安陷入他的部將們——李催、郭汜、樊稠、張濟的混戰中。長安曾被更始、赤眉等軍隊變成廢墟，在總算迎來重建的時候，又重新變回以前的荒野。
董卓一死，在長安無法抑制對洛陽思鄉之情的人們就沒有必要繼續留在這片持續荒廢的土地上。獻帝一行逃出了長安，時間是建安元年（196）。長安的軍閥們尋思不能放過這枚玉將1，開始追蹤，不過前面也提到過，在黃巾系白波軍的幫助下，獻帝他們終於回到了東都。然而，洛陽已經是一片廢墟。曹操將獻帝迎接到自己的根據地許（河南省許昌）。這段時期，洛陽也開展起重建工作。
通過董卓的事例可以發現，擁戴皇帝的人佔據著絕對有利的位置。