小說一開始，主人公日瓦戈才10歲，他面臨了第一次痛苦的人生經歷，那就是父親的去世，有個叫米沙的孩子在火車上親眼目睹了事情的經過。一列正在行駛的火車突然緊急剎車，因為有一箇中年人跳車自殺，這個中年人就是日瓦戈的父親。在米沙的眼中，日瓦戈的父親是個非常善良的人，他好幾次來到米沙家的包廂，態度誠懇地請教一些與財產有關的法律問題，股票、債券、破產，等等，看起來特別焦慮。和日瓦戈父親在一起的是一個律師，名叫科馬羅夫斯基，這是書中極為重要的一個人物。他總是拉著日瓦戈的父親去喝酒，引誘他喝得酩酊大醉、神志混亂。那一天，日瓦戈的父親一邊喝著酒一邊訴苦，說他自己兩個多月都沒睡覺了，只要酒一醒就痛苦萬分。他說著說著，就衝向火車車廂的門口，猛然跳了出去。
日瓦戈的父親為什麼會痛苦萬分到自殺呢？因為破產了。他曾經家財萬貫，有日瓦戈工廠、日瓦戈銀行、日瓦戈商號，但是最後都沒有了。律師科馬羅夫斯基引誘他去西伯利亞、去歐洲到處遊逛，把錢揮霍一空，其實這些錢都被科馬羅夫斯基騙走了。媽媽幾年前已經去世，父親一死，日瓦戈頓時陷入困境。富人家的孩子向來不愁衣食，往往比較天真，對社會也沒有什麼防範心，心理年齡比窮苦人家的孩子更幼稚。突然間變成一個孤兒，眼前一片茫然，「小男孩兩手捂起臉，放聲大哭起來。一片雲彩迎面飛來，將冰冷的雨點澆在他的臉上和手上」。這不僅僅是物質生活的無依無靠，更是精神上的飄零。他父親長期遊走在外，他的母親有肺病，經常要去歐洲診療，每次診療都帶著日瓦戈，去法國南部或者義大利的北方，這讓日瓦戈大開眼界，對廣大的世界充滿好奇和熱愛。這種經歷使他和別的孩子有些不一樣，他的生活一直不安寧，性格深處久而久之有一種流蕩性，既寬廣又不安。他的媽媽是一個非常單純的女性，對所有人都心懷仁慈之心，這對日瓦戈來說是細水長流的精神哺育，所以書裡說：「日瓦戈和他母親一樣，有一種同一切人平等相處的高貴感情。他也和她一樣，看一切事情都憑第一次印象，而且，一開頭是怎麼想的，他就怎麼說，只要這些想法還沒改變。」也就是說，日瓦戈很率真，沒有什麼心機。這樣的孩子，如果是在一個穩定的持續的和平社會中長大，儘管失去了父母，也可以在有序的社會生活裡逐漸適應，建立起自己的生活，他未來面臨的各種人生問題，都會在正常的社會里一點點地化解。但是日瓦戈面前的這個俄羅斯社會，卻正在撞向一場翻天覆地的革命，全部生存邏輯都將被打亂，每個人都不知道自己在時代大動盪中的命運會是如何。
故事的開頭是在1903年，這是一個什麼年代呢？是1905年俄國革命的前夕。俄國的沙皇亞歷山大二世1861年開始社會改革，宣佈廢除農奴制。這聽起來是巨大的進步，是俄羅斯歷史上從未有過的事。在這之前，沙皇專制高度集權，19世紀初期執政的尼古拉一世依靠警察暴力治國，不準任何人發出反對的聲音，書報檢查空前嚴格，大學裡面連哲學課都不能上。這和西歐蓬勃發展的民主浪潮格格不入，與俄羅斯知識分子從國外吸收的自由價值觀嚴重對立，因此整個尼古拉一世統治時期到處都有非常強烈的思想反抗，反抗的聲音主要針對國家農奴制度。什麼叫國家農奴制度？就是在俄羅斯，人身不自由的農民佔了一半多，他們被強制性地歸屬到大大小小的貴族農奴主統治之下，形成沙皇統治的政治基礎。農民作為最底層的生產者貧困不堪，收穫幾乎全都變成國家徵收的人頭稅，而且每週還要給農奴主義務勞動三四天，一旦有什麼「違規」之處，就立刻會被農奴主送進監獄。
這樣不平等的、殘酷的制度怎麼能持久呢？在一片反抗聲中，1861年，沙皇亞歷山大二世開始改革，其中最重要的一條就是廢除農奴制度，但時間不長，1881年，亞歷山大二世被那些反對他的人炸死了。他的兒子亞歷山大三世上臺之後，從父親的政治立場上大大後退，又強化了專制統治，引起社會更大的不滿。1894年，亞歷山大三世死了，他的大兒子尼古拉二世繼承皇位，整個俄羅斯社會的政治風向變得更復雜了。西歐那邊的工業化如火如荼，而俄羅斯卻大大落後了，它也想追上去。整個俄國對國家發展的主張眾說紛紜，反對沙皇專制的人分成主張君主立憲的自由派和主張社會主義的革命派，互不相讓。但他們反對沙皇專制的態度是共同的，自然也受到沙皇專制政府的嚴厲打擊，鞭撻、流放、絞刑遍地都是。不過，反抗的力量也很強，很多高官被暗殺。1904年，8萬工人在聖彼得堡皇宮前請願，沙皇的宮殿衛兵開槍掃射，死傷1000多人。整個俄國社會都憤怒了，國家處在分裂瓦解的邊緣，社會進入大規模的動盪期。
生活對於日瓦戈這樣一個失去了父母的孩子變得非常嚴峻，他的孤立無依，被到處斷裂的社會環境放大了。但這本小說並沒有把日瓦戈寫成常見的那種孤兒流浪記，例如狄更斯的《霧都孤兒》。在狄更斯筆下，孤兒奧利弗主要的痛苦是物質窮困，是底層的普遍苦難。帕斯捷爾納克不打算寫這樣的故事，他要寫的重點是精神磨難，是心靈坎坷。所以，在他筆下的日瓦戈，物質生活仍然保持在上流社會的水準，因為他的舅舅把他接走了。他舅舅叫尼古拉·尼古拉耶維奇，這個人很不簡單，是個熱愛思考的人。「尼古拉·尼古拉耶維奇當過教士，探討過托爾斯泰主義，又不斷地向前探索。他渴望有一種切實有益的主義，這種主義能夠在千變萬化中指明真正的道路，使世界有所好轉，這種主義應當是婦孺都能看得到、聽得清的，就像天空的閃電與滾雷。他渴求的是新的東西。」他後來成為了具有重大社會影響的文化人，「躋身於當代文學大家、大學教授、革命哲學家之行列」。這對日瓦戈來說就太重要了，潛移默化地塑造了他的文化格局。一個人如果從小關注的只是些針頭線腦，生命就很封閉，長大了就會無意識地將這個世界觀帶到不斷展開的人生經歷中，將一切社會生活都裝到自己的小小算計中，很難與大世界同步，釋放不出溫暖人間的熱度。而日瓦戈十歲之後跟隨舅舅生活，遇到了社會上那些很優秀的人，每天都受薰陶，對他的思想氣質有強大的塑造力。尤其重要的一點，是他舅舅那個圈子的批判性思想，讓日瓦戈漸漸知道，要在大歷史、大社會的視野中，理性地看待當時社會不同的主張、不同的觀念，不能放棄獨立的思想。舅舅告訴日瓦戈：「確實有些人是很有才華的，但時下最風行的是搞各種各樣的團體和會社。不管這些團體信奉的是索洛維約夫、康德，還是馬克思，反正都是隨聲附和，是庸才的藏身之所。人只能單獨地探求真理，只有這樣，才能擺脫那些歪曲真理的人的影響。」
舅舅帶著日瓦戈從伏爾加河畔的小城去了首都聖彼得堡，後來又送日瓦戈寄住在好朋友、著名的化學家格羅麥科教授莫斯科的家中，然後自己一人去鄉野讀書和寫作去了。格羅麥科教授家裡有個名叫冬妮婭的女兒，年齡比日瓦戈小一點兒，這個小女孩的出現，讓我們豁然明白，這部小說讓日瓦戈在俄羅斯走來走去，真正的目的地就是格羅麥科教授家，就是要讓日瓦戈與冬妮婭會合，讓主人公遇上一生中最重要的兩個女人之一。讀到這裡，讀者不難感覺到青梅竹馬的氛圍，一種美好的期待悄然而生，同時也有些懸念：在那個動亂的年代裡，這一對年輕人會如期獲得人生的幸福嗎？
初看起來，一切都順理成章。日瓦戈和冬妮婭在格羅麥科教授家裡一起成長，後來日瓦戈選了醫學專業，冬妮婭選了法律專業。兩個年輕人如兄妹一樣，感情水乳交融。冬妮婭的媽媽安娜·伊萬諾芙娜最大的心願，就是這兩個年輕人結為夫妻。「她一面咳嗽，一面把這兩個年輕人挨在一起的手抓在自己的手裡，讓他們的兩隻手在一起緊緊貼了好一陣子。然後，安娜·伊萬諾芙娜控制住自己的聲音和呼吸說：‘如果我死了，你們不要分開。你們是天生的一對兒。你們結婚吧。這是我對你們說的話。’她說完這一句，就哭了起來。」
不但冬妮婭的父母期待這對年輕人成家，過上平淡幸福的生活，日瓦戈自己對生活的選擇，也是中規中矩。他走的是一條非常理性的人生道路，高中畢業後選擇醫學，就正是他這種選擇的體現。他喜歡藝術，喜歡歷史，喜歡寫作。他中學時就寫散文，甚至還寫過一本傳記。他想把自己平時所看到的、所想到的東西都寫到他的文字裡。但是日瓦戈覺得自己太年輕了，寫不好這麼豐富的社會，無法寫成一本深刻而厚重的書。所以他開始寫詩。「他之所以敢於寫詩，是因為覺得自己的詩有熱烈的感情和獨特性。他認為這兩個特點，即熱烈的感情和獨特性，是藝術的現實性的標誌，而缺乏現實性的藝術，全是空洞無物的，是無益的。」為了追求現實性，他在選擇大學專業的時候，並沒有考慮去攻讀藝術專業。「不管他多麼喜歡藝術和歷史，他在選擇終生事業時卻沒有多加考慮。他認為，不能把藝術當作事業，正如不能把天生的樂觀和多愁善感當作職業一樣。他對物理學和生物學很感興趣，並且認為，在實際生活中，應當從事一種對社會有益的職業，所以他選擇了醫學。」按照日瓦戈這種「現實性」法則，他「正常」地與冬妮婭結婚，也是完全符合他的人生邏輯的。冬妮婭不但代表著青梅竹馬的美好，也象徵著上層社會高貴女子的溫馨品格。冬妮婭從小就是他的玩伴，給了他人性的暖光，融化了日瓦戈潛意識中的孤獨，也使他認可了冬妮婭代表的這個社會。有了冬妮婭，年輕的日瓦戈遺忘了自己的孤兒身份，快樂地與上流階層漫步同行，欣於所遇，樂天知命。
日瓦戈的這種感覺實際上是很表面的，他並不知道自己的真實存在。一個人在年輕的時候，最大的危險是不知道自己的內心矛盾。日瓦戈覺得自己選擇了一個很紮實的職業，還要和一個美麗的上層女子結婚，多麼美滿。他並不明白，自己是一個雙重身份的人，自己的童年、少年、青年都是寄人籬下的流浪兒，僅僅只是過得很體面而已。他潛意識中的創傷需要在成長中癒合，需要在精神的奮鬥中伸展內心堅韌的枝葉。而他現在的快樂生活，本質上是別人給與的，他的幸福婚姻，並沒有經歷過篳路藍縷的探尋，缺乏堅實的精神核心。如果日瓦戈所處的生存環境是個穩定的、常態的社會，他的未來不會有太大的問題，他作為一個醫生，會和現實社會之間建立起一種越來越穩固的專業關係，他和冬妮婭的愛情婚姻也會恩恩愛愛，沿著平滑的年輪循序漸進地走下去。如果是這樣，日瓦戈身上另一種更重要的潛質——詩人氣質就永遠不會爆發，他不過是活成了一個標準的紳士。但歷史不允許他這樣活下去，很快讀者將看到，大動盪的社會革命打碎了他的所有預期，在殘酷的歷史暴力中，他沒有任何可能安穩地當一個醫生，革命的鐵錘，將他的生命急速地打造成了一首悲涼的詩。
日瓦戈和冬妮婭婚姻的另一個空白，是他們沒有一段真正的戀愛過程。
整個小說裡邊並沒有寫日瓦戈和冬妮婭是如何熱烈相愛的，更沒有浪漫的表白、深情的鬥氣、為愛的猜忌、抒情的出遊……一切都像水到渠成，結婚了，生孩子了，合理性貫穿在每一步中。冬妮婭似乎為標準而生，具有好女人的全方位品質，善良、溫柔、體貼、寬容、勤勞……極度完美。但這裡面埋藏了一個非常大的問題：在優渥家庭裡面長大的冬妮婭，沒有經歷過日瓦戈那飄搖的童年，沒有體會過冰涼的孤獨，沒有走過冰天雪地的無助，兩個人的心理世界，在基礎部分有巨大的差異。這樣的差異鮮明地體現在日瓦戈對待屍體的感覺上，他能夠在屍體的冰涼中看到死亡之美，書裡這麼寫：
在日瓦戈一年級的時候，有一個學期他整天在大學的地下室裡學習解剖屍體。他順著彎彎的階梯走下地下室。解剖室裡有許多頭髮蓬亂的大學生，有的站成一堆，有的單獨站著。有些人把許多骨頭擺在身邊，翻著破爛的教科書，死記硬背；有些人一聲不響地在角落裡解剖著屍體；還有一些人在說笑打諢，追趕停屍間的石頭地上一群一群跑著的老鼠。在黑乎乎的停屍間裡，有許多白白的屍體像磷光一樣隱隱閃著亮光，有不明原因的死者，有不明身份的自殺的年輕女子，有儲存完好的溺水女子。因為注射了明礬，他們都顯得年輕而豐潤。把屍體剖開，切開，做成標本，不論切得多麼碎，人體的美依然如故，所以，在把一具完整的美人魚般的屍體粗暴地摔向鍍鋅的解剖臺時，會感到美得令人吃驚，等到把胳膊或骨頭切下來時，依然會感到美得驚人。地下室裡充滿了福爾馬林和碳酸的氣味，充滿了神秘感，所有這些僵直了的屍體的不明的命運是神秘的，生命本身是神秘的，就像回家或者來到自己的大本營裡一樣，來到這地下室裡的死亡本身也是神秘的。
這一段描寫表現了日瓦戈的深層意識，他在「屍體」這個生命的終結點看到了神秘之美。他在父母的早早去世中熟悉了死亡，隨後自己的命運被拋入虛空和未知。他後來儘管成長於富裕之家，但這只是幸運，而不是幸福。一切幸運都是單薄的，幸運背後是不可知的神秘，他的心靈深處終究是孤獨的。這種深在的孤獨本來可以被愛情的噴發打破，讓他在燈火闌珊驀然看見的一剎那，握住靈魂伴侶的命運之手，讓眼中燃起鳳凰涅槃之火。愛情往往會強力推動人的生命瞬間躍升，推動生命的關鍵性轉折，因為愛是內外結合，是心底火山的猛烈爆發，相愛的人像鋼鐵融化，像春花怒放，最終實現心靈的本然。但日瓦戈沒有，他獲得了甜蜜，卻也保留了孤獨。他的生存經歷既有苦難又有溫暖，冬妮婭代表著溫暖，卻不能化解苦難。
《日瓦戈醫生》的大轉折出現了：俄羅斯相對的和平時期戛然而止，在1917年陷入大動亂。1917年先是「二月革命」，把沙皇打倒了，後來的「十月革命」更加猛烈，經濟制度、政治制度、日常生活全部變了樣，整個社會都將要重組。日瓦戈作為一個醫生，隨著醫療隊來到了前線救死扶傷，結果自己「被一陣爆炸的氣浪衝倒，一粒榴霰彈把他打傷。日瓦戈倒在街心裡，渾身是血，失去了知覺」。待他甦醒過來，已經躺在了野戰醫院。這醫院十分簡陋，卻是決定日瓦戈一生的命運樞紐，他在這裡猝不及防地遇上了真正的命中之愛：在一個「溫暖的二月下旬」，日瓦戈正在看「在軍郵局裡積壓了很久，現在一股腦兒送來的冬妮婭的很多來信」，忽然「風沙沙地吹動著信紙和報紙，傳來輕輕的腳步聲。日瓦戈抬起眼睛看去。走進來的是拉拉」。
這個拉拉年輕美麗，日瓦戈不是初見，但從未相識。她是一個底層的女孩，卻與上流社會有曖昧的關聯，在日瓦戈的眼中，拉拉是一個墮落的邊緣人。若是沒有戰爭，日瓦戈永遠不會和她有什麼交往，但戰爭把原有的秩序打亂了，原有的社會結構、社會階層也崩壞了，許多不相干的人奇怪又必然地碰到了一起，日瓦戈和拉拉，正是這樣。日瓦戈知道拉拉已經結婚，他在給妻子的信中寫道：
我現在和安季波娃在一起工作，她是莫斯科來的一位護士，是烏拉爾人。你該記得，在你母親去世的那個可怕的夜裡，有一個姑娘在聖誕節晚會上對檢察官開了一槍。後來大概她受過審訊。我記得，我那時候對你說過，我曾經在一個下等旅館裡見過這個女大學生，那時候她還是一箇中學生，那是一個風雪交加的夜，我和你爸爸一起到了那個旅館，現在不記得為什麼事去的了，只記得好像是在武裝暴動的時候。那個姑娘就是這個安季波娃。
冬妮婭的回信迅速而悲傷，「在這封淚痕斑斑、字跡模糊的信裡，冬妮婭叫丈夫不要回莫斯科，乾脆跟著那個好得不得了的護士去烏拉爾，因為他一生和她有那麼多的巧遇和緣分，是她冬妮婭的平凡的一生無法相比的」。日瓦戈趕緊給她回信：「我雖然和安季波娃住在一座樓房裡，可是我至今還不知道她的房間在哪兒，而且我也不想知道。」
真的不想知道嗎？女人的直覺和男人的巧辯都是常見的，只有發生的事實才能證明一切——幾個月之後，拉拉要離開野戰醫院了，日瓦戈在餐廳的一角找到了她，兩個人有了一番心意起伏的對話。日瓦戈禁不住要說說「心底所有的秘密」，說說「我的妻子兒子，說說我的一生」。這些掏心窩子的話，都是面對最愛的的人才會傾瀉而出，拉拉豈能不明白？日瓦戈感嘆：「整個俄羅斯的屋頂掀掉了，咱們和所有的老百姓都在露天之下了。沒有人管咱們了。自由了！」更重要的是，「每個人都活躍起來，新生了，所有的人都在變化，轉變。可以說，每個人都遇到兩種革命，一種是自身的，另一種是社會的」。日瓦戈的聲音「忽然哆嗦起來，開始激動了」。拉拉停了一會兒熨斗，「鄭重地、驚愕地看了看他」。日瓦戈開始「沒頭沒腦地胡亂說起來」：
在萬眾歡騰之中，我常常遇到您神秘而憂鬱的目光，那目光游移不定，好像是在遙遠的地方、遙遠的國度裡。我多麼希望我看到的不是這種目光，希望看到您臉上滿意的表情，希望您滿意自己的命運，絲毫無求於人。多麼希望您的一位什麼親人，您的朋友或者丈夫（最好是一位軍人），抓住我的手，要求我不要為您的命運擔心，不必操心、過問您的事。那我就抽回我的手，再不問了……哦，我失言了！對不起，請原諒。
這深情的愛憐之言說得不能再明白了，完全「洩露了他的情感」。這是他人生中的第一次表白，表白之後，日瓦戈「帶著無法剋制的尷尬心情站起身來，走到窗前。他背朝著房裡，用手託著腮，胳膊肘撐在窗臺上，用漫不經心的、視而不見的目光朝黑乎乎的花園裡望著，希望鎮靜一下」。
表白之後，他是多麼希望聽到拉拉同等熱情的回應，這是所有男人的願望。但拉拉的反應卻像夏天的雪花，清涼地落在日瓦戈的心裡。她彷彿自言自語地說：「啊，我就是怕這種事兒呀！多麼不好的誤會呀！日瓦戈，不能這樣呀……」她平靜地讓日瓦戈去喝杯茶，「等您再回來，還是要像我已經看慣了的、我希望看到的樣子。」
她和顏悅色地拒絕了日瓦戈：「我知道，這是您做得到的。就請您這樣吧。」
一個星期後，拉拉就走了。她難道不愛日瓦戈嗎？並非如此，她「每天值班都要在早晨和傍晚查兩次病房，同日瓦戈以及同其他病房的病人交談幾句無關緊要的話」。她對日瓦戈很有好感，「這人真怪，真好奇。人很年輕，卻很不親熱。鼻子翹翹的，不能說很漂亮。不過，從好的方面來說，他很聰明，頭腦靈活，挺招人喜歡」。
但她不能愛日瓦戈，她有自己的孩子，有一個曾經愛過的丈夫。更重要的是，她有傷痕累累的過去，她不想打破現在的生活。
難道日瓦戈和拉拉就此分別永不相見了？絕不！歷史將告訴他們，革命和戰火已經推翻了所有的常理，愛情被遍地的硝煙和死亡重新定義，它如同美麗的悲劇，變成了人間不可拋棄的最後一片樹葉。在愛之下，一切禁忌都不值一提。這亂世的至理，只有在他們第二次相見時才徹底明白。