雍正元年（1723年）二月十日，雍正上位不到三個月，便發出警告說：「朕即位以來，外間匪類捏造謠言，妄生議論；朝內則佞臣朋比為奸，結黨營私，蠱惑人心，擾亂國是。朕發遣一人，就有人說朕是在報復舊怨；擢用一人，又有人說朕的恩典是出於私心。允禟奉命去西寧，屢次推逶，怠慢不肯啟程，耽延時日，卻有人為之庇護，代為巧飾。朕所交辦的事情，則顛倒錯謬，以至諸事掣肘。朕懲治一二奸惡的太監，又有人說朕凌逼弟輩，揚言無忌，真是悖亂到了極點！朕即位以來，對那些犯錯的弟兄及大臣無不寬宥，但眾人並不知感恩。百日之內，擾亂朕心者百端！你們不要以為朕寬仁，不嗜殺人，就可以任意侮慢朕麼？你們是不是希望逼朕開啟殺人之端呢？」
光說狠話還不行，得拿出點強硬的手段來。當天，雍正便將允禩死黨蘇努的兒子勒什亨革職，發往西寧隨同允禟效力；蘇努的弟弟烏爾陳也被連累，著一併發往。
山雨欲來風滿樓。從雍正二年（1724年）起，雍正便開始為徹底消滅允禩集團而進行必要的輿論準備。就在這一年，雍正釋出了《御製朋黨論》，其論文洋洋灑灑，闡述了雍正對朋黨的獨到看法，並嚴厲指出目前朝廷中還有人搞結黨，對抗皇權，其矛頭直指允禩等人。雍正要求各大臣將這篇文章認真學習，自糾自查，和允禩等人劃清界限，這不亞於一場「整風運動」。
由於在雍正二、三年受到年羹堯案和隆科多案的干擾，雍正這兩年對允禩黨人多為指斥，並沒有對他們下狠手。不過，雍正還是先做了一些掃除外圍的工作，譬如將允禩一黨的骨幹貝勒蘇努革爵；雍正三年（1725年）又將允禟貝子的爵位革除；同年，將允禩死黨阿爾松阿（阿靈阿之子）和鄂倫岱（佟國綱之子）二人發配到奉天贖罪，兩人於次年被誅。
更為甚者，雍正連死了的允禩黨人也不放過。比如，死於康熙五十五年（1716年）的阿靈阿，雍正特派人去將阿靈阿的墓碑改鐫成「不臣不弟暴悍貪庸阿靈阿之墓」。另外一個允禩黨人的核心人物揆敘（明珠次子），他本卒於康熙五十六年（1717年），且被康熙諡為「文端」，但雍正也沒有放過他，將之奪官削諡，墓碑改鐫成「不忠不孝陰險柔佞揆敘之墓」。如此看來，雍正似乎有點心理強迫症。
在處理年羹堯和隆科多案時，雍正還經常借題發揮，時不時地當眾諷刺抨擊允禩一下。比如，說到祭祀、孝道的問題，雍正重提舊事，說當年允禩母親死時，允禩為沽取孝名，在母親死後的一百天裡假裝悲傷，走路還要二人扶掖，匍匐而行；又在定例外加行祭禮，每次祭奠後還要焚燒珍珠、金銀器皿等物，似乎要蕩盡產業，以表孝心。
雍正接著又說：「我就搞不明白了，你允禩到底要搞什麼名堂。你說你悲傷吧，喪事完後你不但沒瘦，反長胖了。長胖的原因呢，恐怕是因為允禟、允礻我和允禵幾個同黨以送飯為名，百日內輪流饋送，每天豬羊就要殺個二三十頭，你們四個人的門下人也每日宴筵紛擾，這大家可都是看在眼裡的。允禩這樣做無非是沽名詭詐，無知的人還以為孝順，舉國鬨傳，幸好我父皇洞鑑其人，曾在眾阿哥會集處降旨斥責允禩說：‘孝者惟在誠心，欲沽孝名，即為虛偽，即為不孝，人子不盡孝於父母生前，而欲盡孝於歿後乎？’這就好比一個乞丐，你對他說：‘你死後，我為你焚祭金銀萬萬兩。’人家雖然是乞丐，也是想活著的。死了，金銀再多有什麼用呢？」
雍正的嬉笑怒罵，不但把允禩說得臉紅一陣白一陣的，各大臣聽後也竊笑不已。
等到輿論上造好勢了，外圍打掃乾淨了，年羹堯也賜令自盡了，隆科多差不多也搞定了，雍正便要向允禩集團發動最後的猛攻了。雍正四年（1726年）正月初五，雍正在西暖閣召集親王、貝勒、貝子、公及滿漢文武大臣開會，會上雍正釋出了一個措辭嚴厲的上諭，其中開門見山地宣稱：「廉親王允禩狂悖已極。朕若再為隱忍，有實不可以仰對聖祖仁皇帝在天之靈者。」
隨後，雍正開始和允禩算總賬。他從康熙時期開始算起，把當年允禩爭奪儲位的種種不法行為和對父皇康熙不忠不孝的惡行，從頭到尾數落了個遍，什麼當年父皇生病時不聞不問、擅自燒燬父皇的諭旨，等等。說到這裡，雍正話鋒一轉，說自己嗣位之後，允禩「總以未遂大志，時懷怨恨，詭詐百出，欲以蠱惑眾心，擾亂國政」。接著，雍正又說自己是如何的百般寬容，醇醇訓誡，並對他委以重任，希望他能痛改前非云云。
說到這裡，雍正突然提高嗓門道：「朕已經是仁至義盡了，但允禩詭詐陰邪，日甚一日！既然允禩要自絕於天、自絕於祖宗、自絕於朕，那宗姓內豈容此不忠不孝、大奸大惡之人？」
雍正先定了個調子，會一開完，允禩便被開除宗籍，其代表皇室的黃帶子也被當場收繳，逐出宗室，不再受皇室保護。他的同黨，允禟、蘇努、吳爾佔等人也受到同樣處分，一併開除宗籍。更絕的是，雍正說，允禩之所以犯上作亂，主要是受他的老婆唆使。因此，允禩的老婆烏雅氏也被革去福晉的封號，斥回母家嚴行看守。烏雅氏被送到她的舅舅們家時，雍正還說：「但給她幾間房間居住即可，要嚴加看守，斷不可讓她同外面互通資訊。」
被強迫「休妻」之後，允禩也是有氣沒處發。這時，他的貼身婢女懇求他去雍正那裡「謝罪奏退」，允禩氣呼呼地說：「我丈夫也，豈因妻室之故而求人乎？！」婢女聽後，自知無望，當晚就上吊自盡了。眼看自己成了孤家寡人，允禩也唯有流涕嘆息，被欺負到這個地步，雍正算是心狠手辣了。
不但允禩的老婆被整治，連允禩的養母惠妃都跟著倒霉。本來康熙死後對自己的那些后妃作了安排，說那些上了年紀的妃子如果願意的話，可以搬出宮和自己的成年子女居住。惠妃的親生兒子允禔因為被永遠圈禁，當時雍正問她是否願去養子允禩府中頤養天年？惠妃和允禩的關係不錯，當下就表示「欣然願往」。允禩被開除宗籍後，雍正又讓誠親王允祉和莊親王允祿將惠妃接回了幽靜無邊的深宮。
允禩在正月初五的會議上被定性，之後被削去所屬的佐領人員，隨即又革除王爵，交宗人府囚禁於高牆之內，身邊只留兩名老成穩重的太監服侍。就在這個月底，允禩的老婆被命自盡，雍正還不解恨，命將之焚屍揚灰，徹底消於無形之中。
奇怪的是，雍正自己的第三個兒子弘時因從小不學好，當時交與允禩為養子，雍正後來下諭說：「弘時為人，斷不可留於宮庭，是以令為允禩之子，今允禩緣罪撤去黃帶，玉牒內已除其名，弘時豈可不撤黃帶？著即撤其黃帶，交於允祹，令其約束養贍。」但是後來乾隆登基後，曾說「從前三阿哥（弘時）年少無知，性情放縱，行事不謹，皇考特加嚴懲，以教導朕兄弟等使知儆戒」。據說弘時似乎因對父皇不滿而參與了允禩的集團，試圖奪取儲位，大概也是在這個時候被雍正處死的。處死自己的皇子，在清朝似乎也就雍正幹過（史書上並未明文說明弘時究竟因何而死，但至少不是正常死亡）。
允禩被拘禁高牆後，雍正的心理強迫症又發作了，他在三月份強迫允禩改名。允禩接到命令後，無可奈何，只得將自己改名為「阿其那」，兒子弘旺被改名為「菩薩保」。五月，雍正又命誠親王允祉和允禟的同母哥哥允祺親自辦理允禟的改名一事，結果允禟被改名為「塞思黑」。由此，在雍正眼裡便沒有允禩和允禟這兩個兄弟，而只有「阿其那」和「塞思黑」兩個東西，後來的諭旨裡提到這兩人時，都是用這兩個代號。
「阿其那」和「塞思黑」是什麼意思呢？「阿其那」在滿語裡意思大概是指畜類、狗之類的東西，引申出來大概是罵允禩是個狗東西。「塞思黑」也是滿語，意思大概是「可惡的、刺傷人的野豬」，總歸不是什麼好名字，雍正的意思估計是要把這兩人罵成豬狗不如。至於允禩的兒子弘旺改名為「菩薩保」，似乎沒有什麼惡意，因為當時也有旗人起這個名字的。{1}
當年四月，雍正命都統楚宗和侍衛胡什裡將允禟從西寧押解回京師。五月中旬，當他們到達保定時，雍正又傳來命令讓直隸總督李紱將允禟留住保定關押。李紱接令後，便將總督衙門前的三間小房收拾出來，四面圍以高牆。李紱將允禟關進去後便將前門封閉，另設轉桶傳進飲食，院子四周則加派官員和兵役晝夜輪班看守。
六月初一，雍正公佈了允禩、允禟和允禵三人的罪狀，其中主犯允禩罪四十條（這點比老年差一點，年羹堯當年是九十二條大罪），從犯甲允禟罪二十八條，從犯乙允禵罪十四條。至此，此案鐵板釘釘，允禩黨人也就此被蓋棺定論，至少在雍正朝是不得翻身了。
允禩的罪狀主要包括：謀刺允礽，希圖儲位；暗蓄刺客，謀為不軌；詭孝矯廉，收買人心；擅毀硃批，悖逆不敬；晉封親王，出言怨誹；辦事不公，顛倒是非；挾私懷詐，遇事播弄；庇護私人，益張羽翼；逆理昏亂，擅操賞罰；含刀詛咒，全無恐懼；等等。雍正最後還給他加了個評語，稱其「兇惡之性，古今罕聞」。
關於「含刀詛咒，全無恐懼」一罪，其實是允禩被圈禁之後的罪名。雍正在上諭裡說：允禩在宗人府拘所時還十分囂張，對看守的太監叫嚷著，說：「我向來每餐止飯一碗，今加二碗，我所斷不願全屍，必見殺而後已！」此時的允禩，也知道自己這一生是不會有任何希望了，他的話意大概是「我決不自殺，就是要讓你雍正來殺我，我頭可斷，但你雍正也要背上屠戮昆弟之惡名」！
雍正似乎也看出了名堂，他說允禩此舉，不過「是欲激怒朕心，務令朕誅之而後已，以玷汙朕名譽於萬一，以洩其忿」。更可笑的是，雍正派人去宣佈允禩和允禟罪名時，允禩口含小刀，指天發誓說：「我若與塞思黑再來往，一傢俱死！」雍正聽後很不舒服，他覺得這一家是指愛新覺羅整個家族，似乎也包括他在內。他這時倒還意識到他們是一家人。