b開創鎌倉幕府/b
藤原泰衡殺義經的目的是為了自保，他以為只要交出義經，源賴朝就沒有對奧州動兵的口實。他沒想過如果義經還在，源賴朝還會對奧州顧忌三分，現在義經一死，源賴朝再不猶豫，出動號稱二十八萬的大軍，向奧州發動了猛烈進攻。短短一個月之內，奧州藤原氏四代基業土崩瓦解。日本國北部的六郡全部被平定，歸入賴朝帳下。
隨著奧州被平定，自治承四年源賴朝起兵討伐平氏以來，延續十年的日本戰亂宣告結束。源賴朝成為最後的贏家，他的鎌倉政權也成了全國的武家中心。
建久元年（1190年），源賴朝率軍進京，住進了當年平清盛在京城的住所六波羅邸。源賴朝入京有兩大目的，第一是炫耀武力，第二是希望撈取政治資本，進一步鞏固鎌倉政權。
可是朝廷不好對付，特別是老奸巨滑、被源賴朝稱為日本第一大天狗的後白河法皇，他希望能夠把武士集團牢牢控制在自己手裡。源賴朝希望得到徵夷大將軍的封號，但是後白河法皇偏偏不給他，而是授予源賴朝權大納言兼右近衛大將的官職。雖然右近衛大將是日本律令制下的武官最高職務，但是還得受兵部卿的管轄，而徵夷大將軍是非常設的令外官，只有國家有兵事的時候，才會任命徵夷大將軍統帥軍隊。源賴朝想當徵夷大將軍，就是要剝奪朝廷的兵權。法皇非常聰明，堅決要把源賴朝限制在體制內，不能讓他到體制外胡作非為。
源賴朝出任了權大納言兼右近衛大將不足一個月就宣佈辭官，表示自己不願意在體制內混，要另立山頭，準備單幹。朝廷沒辦法，只好封源賴朝為天下總追捕使，賦予他維持天下治安的權力。源賴朝得到這個官職之後還不滿足，但是他的特點就是能忍耐。他對當時的攝政九條兼實說：「等到法皇萬歲之後，就該你我共同掌握政權了。」
建久三年（1192年），源賴朝最頭疼的政敵後白河法皇駕崩，時年六十六歲。他一死，在朝中親鎌倉派的運作下，朝廷正式任命源賴朝為徵夷大將軍。鎌倉幕府隆重成立。
鎌倉幕府是日本第一個幕府政權，源賴朝是鎌倉幕府的開創者，也就成為日本幕府政權的開創者。
鎌倉幕府下屬的武士被稱為御家人，御家人們稱呼源賴朝為鎌倉殿。幕府設立三大機構：侍所，管理全國的御家人，行使治安權；公文所，處理政務和財政；問住所，管理刑事訴訟。
源賴朝建立了一個完全不同於平家政權的武家政權，拋棄昔日朝廷的公家體系，另起爐灶。這在日本歷史上是開天闢地的頭一回。
可惜，源賴朝當上將軍之後沒幾年就死了，而且死得非常蹊蹺。
b為他人做嫁衣裳/b
源賴朝為人刻薄寡恩，凡是可能對他構成威脅的人都難逃他的毒手。
源賴朝的弟弟們基本上凋零殆盡，只有四弟源範賴一直對他小心翼翼、忠心耿耿，極盡諂媚之能事。但有一次賴朝外出打獵，遇到了襲擊，部下兩個人替他送了命。訊息傳到鎌倉，誤傳成賴朝身死，賴朝的夫人北條政子十分驚慌。這個時候源範賴說了一句：「不要害怕，有範賴在。」其實這句話是好意，意思說我罩著你，你別害怕。
等到源賴朝一回來，認為源範賴此話暗含奪權之意，怎麼著？我死了，有你在？你想奪權是吧？開始對範賴起了疑心。範賴這個時候也不能犯賴了，據說寫了一千張悔過狀，向哥哥表示自己的悔過之情。但是哥哥仍然不依不饒，可憐源範賴因為一句話，前功盡毀，被逼無奈，只好自盡了。
源賴朝對兄弟們這麼刻薄，自己也沒得到好下場。1199年，他在一次騎馬的時候，墜馬身死。源賴朝之死，在日本歷史上也是一個謎。他的死因有各種說法，有人認為他是被害死的。
源賴朝死後，他的兩個兒子，長子賴家和次子實朝相繼繼位，兩個人也都沒得到好下場。二代將軍賴家，妻子家和母親家發生了爭執，以致賴家被殺，死的時候只有二十三歲。三代將軍實朝，作為賴家的弟弟繼位，被賴家的次子、也就是賴朝的孫子公曉殺害。公曉殺了實朝之後的第二天，也被殺害了。源賴家的其他三個兒子也都先後非正常死亡。而三代將軍實朝並沒有生下一男半女。
源家三代將軍在位一共二十七年，鎌倉幕府創立者源賴朝的男系血統就此全部滅絕。即便從旁系血統上來看，適合擔任將軍職位的人一個也沒有了。從此，鎌倉幕府的將軍一職只能從京都迎請公卿貴族甚至由皇族來擔任。但是將軍也被架空，不掌實權，跟天皇一樣，由源氏的外戚北條一族擔任幕府的執權，成了幕府實際上的領導者。
源賴朝辛苦半生，為他人做了嫁衣裳，最後政權落入岳父一族手中。源家太能自相殘殺了，平家滅亡是戰死在疆場上，源家滅亡卻是因為骨肉之爭，下場比平家更為悲慘。
b上皇想奪權/b
鎌倉幕府第三代將軍源實朝被暗殺的訊息傳到京都已經是承久元年（1219年）了，當時日本皇室實際上的當家人是後鳥羽上皇。
後鳥羽上皇接到第三代將軍被殺的訊息之後，悲喜至極，百感交集。在他看來，鎌倉政權對皇室威脅很大。特別是鎌倉政權實行的守護和地頭制度，把朝廷的大權完全剝奪了。鎌倉派到京都來的守護，表面上是護衛，實際上是監視。堂堂天皇之尊，竟然受到陪臣的監視，簡直是奇恥大辱。