在極端排外的孝明天皇的授意下，朝廷多次下詔要求尊王攘夷，直到1863年初，頂不住壓力的幕府，保證到當年5月10日全面開始攘夷。不料長州藩的尊王攘夷派積極響應天皇和幕府的號召，真的就在5月10日當天，打響了攘夷第一炮，攻擊了一艘美國商船和一艘荷蘭軍艦，從而引起了列強的報復。
6月1日，美國軍艦駛入下關海峽，擊沉了一艘長州藩的軍艦。5日，兩艘法國軍艦派遣水兵登陸，把長州藩的下關炮臺夷為平地。這個地方就是後來我們中國人耳熟能詳的馬關，甲午戰爭之後的不平等條約《馬關條約》就是在這兒簽訂的，也是源氏滅亡平氏的壇浦之戰的所在地。法國人夷平了下關炮臺之後，長州藩的噩夢並沒有結束。第二年7月，英、法、美、荷四國十七艘戰艦五千大軍來攻，下關城被攻陷，長州藩被迫賠款，向四國屈膝求和。
對外攘夷打了敗仗，長州藩終於知道，憑藉武士的蠻勇根本就不是西方列強的對手。而幕府趁機聯合薩摩藩，橫掃京都的尊王攘夷派。長州藩派出三千人馬進京，向天皇申訴，遭到幕府和諸藩的聯合反擊，全軍覆沒。由於此次戰爭在天皇的御所旁爆發，所以幕府一口咬定長州藩武士犯上，乃是朝敵。幕府在討得朝廷攻伐長州藩的旨令之後，集中了十五萬大軍，浩浩蕩蕩殺向長州。
此時的長州藩可以說是面臨內憂外患，內部幕府動員了三十六個藩國、十五萬大軍殺來；外部剛剛被四國艦隊打得七零八落。毛利敬親趁機親掌藩政，大肆搜捕藩內的尊攘派人士，然後向幕府屈膝投降。
長州藩尊攘勢力眼看就要滅亡了，但在當年年底，尊攘派首領高杉晉作潛回長州藩，控制了整個長州藩政。到了1866年6月，幕府發動了第二次征討長州的戰役，史稱「四境戰爭」，幕府總兵力仍然高達十五萬，但是在高杉晉作、大村益次郎等人的領導下，不足萬人的長州藩軍，四面出擊，不但大敗討伐的幕府軍，而且乘勝東進，直搗京都。今天備受爭議的日本靖國神社前面就立著大村益次郎的銅像，他被稱為「日本陸軍之父」。
幕府在「四境戰爭」中的失敗，使自己的最後一塊遮羞布也被揭去了，其軟弱無能在諸藩面前暴露無遺。而此時主流尊攘派的思想已經發生了改變，他們認識到攘夷是無效的，夷是不能「攘」的，要跟夷學習，才能改變日本的落後面貌，而造成現在日本落後局面的始作俑者，便是幕府。
由此「尊王攘夷」華麗轉身，變為「尊王倒幕」。
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同樣身為外樣大名，備受德川幕府壓制的薩摩藩，此時也趁機崛起。
薩摩藩在九州島最南端，家世可以上溯到源賴朝時代，在當地已經八百年之久。1609年，薩摩藩出兵控制了琉球王國，與中國和東南亞展開貿易。到第十一代藩主島津齊彬繼位之後，全面改革，使薩摩藩的經濟、軍事實力在諸藩之中成長非常快。以島津氏的實力和野心，不甘心長久看幕府的臉色行事。島津齊彬病逝之後，由他的侄子島津忠義擔任藩主，但是忠義的生父島津久光號稱「國父」，掌握藩政。久光跟哥哥齊彬一樣具有尊王的思想，但是更傾向於攘夷。
1862年，島津久光率軍上洛，領取天皇聖旨，催促幕府攘夷。行程途中，在距離江戶不遠的生麥村，三男一女四名英國遊客，不慎衝撞了久光的佇列，被久光護衛武士斬殺，造成一死兩傷，稱為「生麥事件」。第二年，英國七艘軍艦駛入薩摩藩，要求嚴懲生麥事件兇手。由於對方來勢洶洶，薩摩藩的通事（翻譯官）很是害怕。當時薩摩藩負責跟英國人打交道的，就是日後明治維新時代鼎鼎大名的福澤諭吉，他是第一個提出日本「脫亞入歐」理論的人，他的頭像被印在一萬日元紙幣上。但是當時他也一緊張，把英國人的要求翻譯錯了。英國人「要求薩摩藩藩主逮捕並嚴懲肇事者」，福澤諭吉給翻譯成「逮捕並嚴懲肇事者薩摩藩藩主」。島津久光聞言大怒，要逮捕我親兒子？我跟你拼了！
於是島津久光向英國宣戰，這種行為真是耗子舔貓——作死！薩英戰爭只持續了短短一天，英軍俘虜、燒燬三艘薩摩軍艦，並且用艦炮把薩摩藩的主城——鹿兒島城轟成一片廢墟。薩摩「國父」島津久光不得不低頭認，向英國人求和。
薩摩藩戰敗後，審時度勢，積極靠攏英國，在英國人支援下，很快躍居強藩之首。明治維新之後，日本號稱陸軍長州、海軍薩摩，日本海軍全方位地學習英國海軍，基本都是薩摩藩出身的人控制海軍。
薩摩一開始跟長州為敵，爭奪尊攘派領袖地位，後來他們認識到幕府才是他們最大的敵人，所以兩藩就走到了一起。當時兩藩藩主的勢力已經越來越小，藩中權力實際掌握在武士們手中，再加上和土佐藩、肥前藩聯合，這四家外樣大名，西南強藩，成了推翻幕府統治的中堅力量。