薩軍停止強攻熊本城之後揮兵北進，而政府軍已經從九州北部的福岡南下，雙方展開了激戰。兩軍吶喊之聲與炮聲相混雜，震天動地，硝煙遮天蔽日，天色為之暗淡。薩軍也裝備了大量的步槍，不像《最後的武士》裡演的只有武士刀和弓箭，只不過槍支數量比政府軍少，最要命的是子彈比政府軍少。激戰當中，政府軍第二旅團司令受傷，而薩軍得力戰將、西鄉隆盛的弟弟西鄉小兵衛戰死，政府軍步步進逼。
接下來的吉次之戰中，雙方展開惡戰。史書記載，所費彈丸約數十萬發，堡壘壕溝，延及數百里之間，為彈夾所蓋，死屍縱橫，流血淋漓，其慘不可言狀。因此，吉次也被稱為地獄脊。吉次之役，薩軍主將筱原國幹身亡，政府軍的野津道貫也險些喪生。
吉次之戰之後，雙方又在田原坂展開了激戰。田原坂是丘陵地帶，頂部凹進，恰似胸牆壁壘，坡道險峻，斷崖絕壁，草木橫生，易守難攻。開戰之後，政府軍突入薩軍前沿，登上坡道，受到了薩軍居高臨下的猛烈射擊，陷入了進必傷、退必死的境地。儘管野津少將親自督戰，酌酒助威，仍然無濟於事，最後只得迂迴進攻。田原坂的殊死戰鬥，歷時十七天，薩軍還是因為兵力單薄、彈藥缺乏、戰術拙劣而最終失利。
田原坂之戰關係大局，儘管隨後薩軍又對官軍發動了多次進攻，而且互有傷亡，但是薩軍基本是敗局已定。田原坂激戰正酣之時，山縣有朋向征討總督有棲川宮熾仁親王建議，另組一軍迂迴到薩軍背後登陸，切斷薩軍。他跟有棲川宮熾仁親王說：「鹿兒島人的氣質是隻知道勇猛前進，不知道後退，唯以突擊為主，不善於隨機應變。如果我們乘其不備，佔領薩軍背後的陣地，即使一時不能戰勝，也可以使他有後顧之憂。」這一策略深得軍機要訣，立刻被親王採用。
政府軍在薩軍背後成功登陸，立刻使薩軍陷入了腹背受敵的被動局面。政府軍前後夾擊，薩軍儘管拼死抵抗，無奈苦於大勢已去，只好被迫向人吉退守。政府軍一鼓作氣，死攻人吉。薩軍原以為可以在這兒支撐兩年，不料政府軍迅速佔領了人吉。薩軍只好向鹿兒島境內退卻，政府軍一路尾隨，攻至鹿兒島縣境，此時的薩軍已如喪家之犬。
b最後的武士/b
8月14日，西鄉親自指揮全軍在可愛嶽同政府軍展開最後決戰。此時的薩軍已經被圍困在方圓一里的峽谷中間，供他選擇的道路只有三條：第一，投降；第二，全部戰死；第三，拼死突圍。
西鄉決定率軍突圍，他燒燬了起兵以來攜帶的各種檔案，連同自己的陸軍大將制服。有人不解，問他為什麼這麼做？西鄉笑著回答：「今百事瓦解，皆已無用，付之灰燼，掃我塵垢耳。」英雄末路的心情躍然紙上。
隨後，西鄉率隊登上可愛嶽，開始突圍，半月時間，行程百里。但是由於政府軍的部署十分嚴密，各旅團在鹿兒島地區要害之地築了堡壘，挖起深溝，設定柵欄，並且把木釘埋在地下，挖成陷阱，日夜派哨兵警戒。大炮、步槍連續射擊，飛鳥伏鼠都不能通過。政府軍對西鄉所在的城山圍困了二十三天。隨同西鄉回到鹿兒島的薩軍大概只有三百七十人，這些人中有槍的不過一百五十人。
1877年9月23日，武士們最後一次把酒當歌，其中一位武士唱著悲涼的和歌：「露水尚有草葉可以棲身，而世間卻無我等容身之所。」秋風驟起，月光下的海面悽悽冷冷。
9月24日，最後的武士們的光輝，在美麗的旭日初昇中落幕。西鄉隆盛和親從將領們從藏身的洞窟中走出，身著便裝，揮武士刀，向政府軍發起了最後的衝鋒。他們跟政府軍戰線之間有一條相對開闊的坡路，坡路盡頭還有一道由政府軍建造的堡壘工事。因此，他們即便衝到堡壘附近，也很難越過工事殺入敵軍。換句話說，西鄉和他的武士們並非真的想要衝入敵陣，不過是想盡可能地在離自己的對手更近一點兒的地方，完成他們在人生和歷史舞臺上的演出。
政府軍早已發現了他們，一時間，彈如雨下，子彈呼嘯著飛來，一些武士中彈倒下，另一些不能忍受這樣的心理衝擊，到路邊剖腹自盡。其他的簇擁著西鄉繼續前進，最後西鄉也身中兩彈，倒在路邊不能再前進了。他用手支撐起龐大的身軀，仰視著身邊的別府晉介，大聲喊：「阿晉，就在這兒動手吧。」
前天夜裡，西鄉自知必死，要求別府在關鍵時刻砍下自己的頭顱，現在他認為時機已到。別府含淚，待西鄉切腹後，仰天大呼，揮刀斬下了西鄉的首級。追隨西鄉的武士們眼見西鄉死去，淚流滿面，仰天長嘯，在道邊紛紛拔刀自盡。
號稱西鄉左右手，也就是給西鄉出下策的桐野利秋，是武士道精神最忠誠的擁護者，劍術高強，號稱「人斬」，直衝到堡壘之上，格殺政府軍數人之後，死於彈雨之中。他的表弟別府晉介，還有其他薩軍將領的結局，也都無外乎自刃或戰死。
薩軍餘部一舉被殲，戰死者一百六十人，投降者兩百餘人。
b統帥為何打兔子？/b
西南戰爭結束之後，長崎一位僧人曾作詩說：「孤軍奮鬥破圍還，一百里程壘壁間。我劍已折我馬斃，秋風埋骨故鄉山。」
這首詩，真正切中了西鄉的心境。由鹿兒島士族發動的這場叛亂歷時兩百天，影響達於九州全境，這是自明治維新以來，日本發生的最大規模內戰。政府軍戰死將近七千人，負傷者九千餘人，累計傷亡一萬六千人；薩軍戰死六千多人，負傷人數不明。當然了，這也是日本歷史上的最後一場內戰。
這場內戰的實質，是要建立一個以倒幕派武士為核心的天皇制國家，還是要建立一個君主立憲制國家的問題。西南戰爭平息之後，武士們的武裝叛亂基本停息。日本在發展資本主義的道路上加快了步伐，曾經輝煌的武士時代終於落幕了。
西鄉隆盛戰死於西南戰爭，他的故事和不屈不撓的精神得到了廣泛的傳頌，甚至後來明治政府也給他恢復了名譽，授予他正三位的品銜，並且在東京上野公園立了他的銅像。但是，現在人們對於西鄉隆盛在戰爭中的表現卻是充滿了疑問。
西鄉在整個戰爭中表現低調，除了最後一次是親自指揮士兵衝鋒、死在前線之外，基本很少出現在薩軍視線之中。他住的地方也離戰場很遠，據附近的農民們回憶，他們在戰爭期間趁亂去莊稼地裡偷糧食的時候，經常看見西鄉帶著狗在悠閒地打兔子。正值薩軍在仁吉浴血奮戰的時候，又有幾個逃兵看見西鄉牽著狗在樹林裡打兔子。按照史料記載，西南戰爭期間，西鄉隆盛總共打了十多次兔子，對於打兔子的興趣遠遠大於打仗。而根據西鄉隆盛的親兵回憶，西鄉的住處比兔子的窩還多，今天住村裡，明天住廟裡，後天住洗浴中心，就是很少住在軍營之中。
如果這兩件事屬實的話，將其聯絡起來看，可以推斷出西鄉隆盛可能不想打仗，也許他是被脅迫的，因為戰爭是你死我活的事兒，哪位統帥能忍心讓手下在前面拼命，自己卻在後面打兔子？而且西鄉隆盛很少住在軍營，說明軍事決策基本上都不是他下達的。
西南戰爭真正的指揮者可能並不是西鄉隆盛。由於他在鹿兒島太有人氣，太有威信，太有魅力，而叛軍需要一個偶像來喚起更多的人參與造反，西鄉正是這樣一位偶像，而西鄉也樂於充當這個偶像，為他最後的人生畫上壯麗的一筆。