從已有的人類學研究或歷史研究成果中可以看出，人類不同群體最初互相「發現」的時候，往往會以自己的外貌去觀察評判他者。最直觀的，就是皮膚顏色、體格長相與自己族人像不像。長相相近，就較容易產生認同感。差異太大，一方難免會將對方視為異類，甚至是怪物。
當然，一個社會及其文化觀念的開放程度對此也有影響。如中世紀歐洲地中海沿岸國家與中東及非洲地區，乃至印度洋沿岸民族通商交往較多，因此，他們即使首次看到東亞人，也不會太過驚奇。如12、13世紀義大利商人馬可·波羅和修士鄂多立克（friarodoric）是目前已知最早接觸到中國人及日本人的歐洲人，在他們眼裡，中國人或日本人長得和歐洲人沒太大差別，皮膚都是「白色」的，因此是「很好看」的。直到16世紀，我們仍然可以看到歐洲沿海國家的官員或傳教士這樣描述中國人：他們穿著得宜，「男子白皙，外型健康良好；他們的婦女非常美麗，不過男女的眼睛都很小，男性的鬍鬚只有三四根毛」。
中國的情況也差不多。自漢至唐，絲綢之路引來大批歐洲、中東、南亞的商人及各色宗教人士。發展到盛唐，因唐朝皇帝奉行華夏、夷狄「愛之如一」的政策，故長安城內很長時間佛教、景教、祆教、摩尼教各色寺廟林立，胡樂、胡舞及波羅球等文化娛樂方式廣為流行，連統兵守邊的武將，甚至王朝宰相，也使用了大批番人。迄今我們仍可通過各地出土的陶俑、神像、壁畫、石碑等物，看出當年不少歐洲、中東、南亞及非洲人生活於東亞大陸的明顯痕跡。雖然來自印度大陸的佛祖像，會漸從半裸半黑、雙眼皮的南亞人形象，變成身穿袈裟、單眼皮的體態豐腴的蒙古人種形象，但多數民間陶俑的造型還是相當逼真，歐洲人高鼻、波發、面白、碧眼黃鬚，非洲人肌黑、髮捲、額突、唇厚、鼻翼寬闊，惟妙惟肖，並無醜化或美化之意。
誠如民初柳詒徵所說：此種中西文化交融的情況，自唐中晚期至北宋前期已開始「別成一種社會」。韓愈在《原道》中已在大聲呼籲要明「華夷之辨」了，到石介撰《中國論》時，則直書「東夷」、「南蠻」、「北狄」、「西戎」為茹毛飲血的野蠻人。隨著宋明理學興起，唯華夏道學、禮教是尊的正統觀念當道，國人再來看異族異種，自然就漸漸開始用上排斥的眼光了。南方客家人中還因此流行起這樣一種傳說：遠古時期太上老君用黏土造人，最初一個被燒的時間長了，幾乎烤焦了，他就把它扔到非洲去了，因此有了許多黑人；第二個燒得仔細，但取出來早了，太白了，又被他扔到歐洲去了，結果就有了許多白人。據說只有第三個燒得很完善，不黑也不白，略帶黃色，太上老君很滿意，就把它放在身邊，這就是黃種人。
1840年，中英鴉片戰爭，中國被迫開放通商口岸，允許西方人進入中國。二十年後，英法聯軍又一舉打進北京，逼迫清朝皇帝又是割地，又是賠款。這之後，西學湧入，中學式微，國人自身驕傲的情感明顯受到了極大的衝擊。儘管西方列強更多的是靠暴力進入中國的，卻再沒有人會把白種人視同野蠻人了。不僅如此，越是有保種保國之心的人，也就越是發自內心地承認歐西洋人經濟發達、政制優越，「文明自由」，為世人楷模，急切地想要學而習之，以一變中國落後捱打之局面。
西學的基礎是科學，一旦認同科學的價值，就意味著要否定以經學為基礎的中學。放棄宋明以來的僵化八股，當然不會讓中國人生活得更痛苦，但問題是，當19世紀末20世紀初中國人想要學西方的時候卻赫然發現，自己竟已經被西方的科學家們用科學分析的方法，打入另冊了。
18世紀中後期，瑞典植物學家林奈（carllinnaeus）、法國自然科學家布封（george-louisleclercdebuffon），以及德國解剖學家布盧門巴赫（johannblumenbach）等人，運用生物學、植物學、動物學、人類學、醫學及解剖學，以及歷史學、氣象學、地理學等種種分析方法，對人類種群進行了多層面的分類學研究。到19世紀前半期，再經塞繆爾·喬治·莫頓（samuelgeorgemorton）、約賽亞·諾特（josiahnott）與喬治·格利登（georgegliddon）、喬治·居維葉（georgescuvier），特別是亞瑟·古比諾（arthurdegobineau）等人的人種學研究，中國人已經被認定為是人類現有四（五）大人種，即高加索人種（白種人）、蒙古人種（黃種人）、尼格羅人種（黑種人）和大洋洲人種（棕紅種人）中的黃種人。黃種人基本上被認定為只是比黑或棕種「未開化」人種略好，但肯定劣於白種人的「半開化」人種。
伴隨著人種學迅速發展起來的種族主義歧視，很快就在西方白人世界開始發酵。最早開始引發排華浪潮的，正是歐洲新殖民的聚居地，即北美和澳洲。從19世紀上半期開始，對華人移民的恐懼就日漸籠罩在美、澳上空了。1882年，美國國會通過了美國史上第一個限制外來移民的法案，即《關於執行有關華人條約諸規定的法律》（anacttoexecutecertaintreatystipulationsrelatingtochinese，簡稱「排華法案」）。圍繞著該法案產生而展開的辯論過程清楚地顯示，正是因為達爾文的進化論從生物學領域侵入到社會學領域，催生出弱肉強食的社會達爾文主義，導致越來越多的美國人產生恐慌。他們害怕「腦容量太小」、與西方現代文明生活格格不入的骯髒華人，會依仗其人口眾多，生育力強，最終像蝗蟲一樣蠶食掉北美白人好不容易開發出來的生存空間。
這一波排華浪潮興起不過十二三年後，原本與中國人發展程度不相上下的黃種日本人，突然間異軍突起，一躍而成為東亞強國，不僅擊敗中國，奪得朝鮮半島，而且逼迫中國割讓了臺灣與遼東半島。德皇威廉二世由此想到蒙古鐵騎蹂躪歐亞大陸的歷史慘禍，馬上開始憂心忡忡向俄皇等歐洲國家領袖鼓吹聯合抵禦「黃禍」的必要。
緊接著，1900年，中國又爆發了大規模燒燬教堂，殺害教民，甚至殺害外國傳教士和外國駐華使節的庚子之變。不數年後，日本又在東亞一舉打敗了沙皇俄國，奪取了沙俄剛取得不久的太平洋出海口，以及對中國南滿地區的控制權。所有這些，都進一步印證了「黃禍」的可怕，因而也不可避免地把那些想要學西方和親近西方的中國知識精英，逼進民族主義甚至是種族主義的牆角里去了。
近代中國的改良派、革命派，抑或無政府主義者、社會主義者，最初都是以西方現代價值觀為標杆，批評禮教和反對國粹主義的。但是，在中學與西學為體為用的問題上，大多數人內心深處卻都或多或少地有些搖擺不定。至少，很少人不認同這樣一種觀點，即中國人文明教化四千多年，與西方白種人的文明程度其實相去不遠。只不過，革命黨人把中國當下所遭遇的種種屈辱，歸因於落後滿人的蠻族入侵和統治；改良派則相信，中西差距拉大的關鍵，主要還在制度革新和人心改造的欠缺。當談到人類社會未來前途時，他們的看法卻出奇地一致。康有為不僅不否認自己的黃種人身份，而且認為與南亞、非洲、拉美及太平洋諸島那些未開化的，「鐵面銀牙，斜頷若豬，直視如牛，滿胸長毛，手足深黑，蠢若羊豕，望之生畏」的棕、黑色人種相比，中國人就「應該和歐美各國並駕齊驅」。因此，他們大都主張「大中華主義」，熱衷於宣傳鼓吹「中國之將強」的種種道理。用梁啟超的話來說，人類歷史固然是人種競爭淘汰的歷史，但白種人人數有限，「驕而不勞苦」，再加上其「開明之度既日進，分利之人愈多，而生產之人愈少」。當今世界上尚未開發之地，如南美與非洲，費力最苦，得利最少。「中國人數眾多，耐勞苦而工價廉」，自治、學習、經商能力之強，世上無人能比。故這些地區「他日必為黃種人殖民地之區域，無可疑也」。「中國人於來世紀必為世界上最有勢力之人種，此非吾夸誕之言也。」
不過，也並不是所有人面對「黃禍論」都會像康有為、梁啟超這樣放言不拘、自信滿滿。最狂如日本人，也還會有許多人不甘心做「半開化」的黃種人。在這方面最有名的莫過於田口卯吉等人的主張。他們否認日本與中國「同文同種」，否認日本人是黃種人。在當時日本的教科書中，只有白種人是最優秀的人種：「骨相最正，容貌極美，為諸人種中改良最佳、最富才幹者，宜率先臻於文明之極致。」因此，雖然地位與福澤諭吉、澀澤榮一等同為明治時期重要思想家，田口卯吉卻會突出從皮膚顏色和細膩來強調日本人種「是一種優等人種」的理由。他寫道：「我社會上有勢力的種族不僅血統純潔，並且和其文明一樣日進於精美。其最明顯處是皮膚白且光滑……勝於雅利安人種。」受其影響，小谷部全一郎及木村鷹太郎更進一步得出結論稱，日本基礎民族應該是「希伯來神族的正系」和「亞伯拉罕子孫迦德的後裔」。
20世紀初，儘管中國自古崇奉黃色，並不反感「黃種」一詞，但不少中國學者，如劉師培、蔣智由、丁謙、章鴻釗、郭沫若等，還是多少存在田口卯吉等人那樣的心理。1894年，時任英國倫敦大學教授的拉克佩裡（terriendelacouperie）出版了一本叫《中國上古文明西源論》（iwesternoriginoftheearlychinesecivilisation/i）的書，其觀點極大地鼓舞了他們。於是不少人結合中國的考古發現和歷史記述，撰文著書來論證中國人種與文明起源於古巴比倫。意在強調漢人屬於外來征服者，符合先進民族遷徙並征服落後民族的進化規律。就連大力推崇國學的章太炎，也曾力撰《序種姓篇》，詳細論證「中國種姓之出加爾特亞」（即前巴比倫）之史實與原因。
多數激進的青年學生面對此種形勢就全然不管什麼科學或學理上的問題了。他們對「黃禍論」的批駁方法多種多樣，有人撰文聲辯：「華人心氣和易，殊無所貪，且中國富於礦產，宜於農牧，謀生之道，無待外求」；有人強調這是德、俄等製造恐慌，實為「煽惑列邦」，企圖「於中取利」，「必使亞洲黃人不得復見天日而後快」。有人則以匈奴人、蒙古人為傲，歷數黃種人當年破羅馬、並俄國、敗德匈，「雄視歐亞」之歷史。也有人公開聲稱：「中國者，文明之鼻祖」，今若不願再受人輕侮，自當擴張勢力，發揮精神，「出與列強相角逐」。還有人乾脆以「黃」字自名，以黃種為傲。
最有意思的是，接連有號為「碧荷館主人」和「高陽氏」者，推出《新紀元》和《電世界》等小說，以預言的形式，描繪了黃種人為反抗白種人之壓迫，不得不訴諸世界大戰的情況。其結果，不是中國人再度成為世界各國的朝貢物件，就是「不上五年，把全歐洲強大的國，統統滅了」。
當然，不論從哪種角度去爭論或幻想，20世紀初國人對人類及其種族問題的看法，終究還是得承認並回到科學研究的層面上來。清末民初國人對人種問題的基本科學認識，多反映在當時的教科書中。以1915年上海發行的某教科書中的說法為例，即可看出國人心理與科學相結合的特點。
它寫道，人種進化經歷了從部落到國家的漫長過程。考察世界五大人種的歷史，可知「黃白二種，早已由部落而成國家，紅黑棕三色人民，則未脫野蠻舊習，散為部落，甚且並部落而未成者。嗚呼！優必勝劣必敗，紅黑棕三種，民質陋劣，已漸歸淘汰矣」。黃種開化最早，今卻不如白種，這不是因為白種人真是什麼天之驕子，而是因為黃種人尚不知發憤圖強。在作者看來，國人如能像日本人那樣，「不待疆場相見，勝負之數可預決矣」。