陳立夫在主掌教育部時，雖然有所成績，但他在教育界勢力的膨脹也引起蔣介石的不安和國民黨其他派系的不滿，特別是在學校實行的思想強化政策和特務政治，激起廣大師生的反對。於是，在抗戰即將勝利的1944年底，蔣介石重調朱家驊任教育部長，陳立夫只好將教育大權歸還於朱，黯然離開了教育界，此後，再也沒有涉足。
對於在抗日戰爭非常時期擔任教育部長的這段經歷，陳立夫是十分留戀的，他認為自己在主掌教育部時，還是做了不少的工作，也頗有一番政績。1984年，已經84歲高齡的陳立夫寫了一篇《回憶抗戰期間的教育》，追思往事，他不無得意地總結道：「從民國二十六年七月七日盧溝橋事變起到三十四年八月日本投降的八年抗戰期間，我整整地擔任了六年十一個月的教育部長（二十七年一月至三十三年十二月），主持戰時教育行政。在這幾年中，撫輯流亡學生，重振後方絃歌，擴充套件各級教育，改進並建立教育制度、釐定課程標準，收回‘文化租界’，創設訓育規範、發揚民族文化，發起建教合作制度，徵調及訓練10萬學生為青年軍直接參加抗戰工作，確實做了不少的事」。
機構雖小，地位確高
陳果夫與陳立夫雖然控制了國民黨的黨務，但並非在國民黨內具有可以處置一切的大權，每有大事，須呈報蔣介石批准，而在蔣介石與二陳之間，還隔著一個十分特殊的機構——侍從室。所有一切面呈蔣介石的報告、公文須先送侍從室，再由侍從室分門別類、分輕重緩急先後轉呈蔣，並對有些檔案，還可自行處理，機構雖小，地位極高。二陳對這個凌駕於國民黨各部門之上的侍從室位置一直十分覬覦。另外，二陳當時只是控制了國民黨黨務，而對政務和軍務，特別是對其人事權無法過問。蔣介石對人事權一直控制很嚴，凡屬中央和地方各行政單位的高階軍、政主管人員的任免、升降，他都親自核定，再交主管部門釋出命令。對人事主管許可權，有個大概的分工，一般行政人員的考核、選拔由考試院主管，而高階行政人員的儲備、考核、挑選、任用，蔣介石則責成侍從室二處第五組主管，這是一個相當重要而又權力很大的部門。這自然會引起二陳的無限興趣。
正是基於以上兩方面的原因，二陳一直處心積慮，尋找時機，想盡各種辦法以進入侍從室。
二陳通過一段時間的考慮後，終於有了辦法。1939年下半年，陳果夫專程晉見蔣介石，在談到隨著中日戰爭的發展，國民黨黨政軍各方面需要很多新幹部這個問題時，陳果夫不失時機地向蔣介石提出了「由黨（國民黨）培植掌握新幹部」的計劃，並提出建議，成立一個獨立單位，專門辦理高階行政人員的人事調查、登記、考核的業務。正好，蔣介石也考慮到高階行政人員的選用、考核需要進行廣泛調查研究，工作量大，且業務範圍涉及面廣，情況也比較複雜，單靠侍從室二處第五組主管，已經是難於應付了，而這種工作又是十分重要的，成立一個獨立單位，擴大人員編制，使之嚴格規範化，勢在必行。所以，蔣介石聽了陳果夫的建議後，沒加什麼考慮，便同意了，而且很快批准了他的「由黨培植掌握新幹部」的計劃。當然，蔣介石並不希望這個獨立單位獨立性太大，為了便於他直接掌握和控制，也為了業務的保密起見，於是，蔣介石將這個獨立單位列為侍從室系統之下，編為第三處，其任務為主管全國高階行政人員的人事調查、登記、考核、分配與通訊指導等。第三處的主任理所當然地由陳果夫擔任，同時，蔣介石還任命蕭贊育為副主任。這樣，陳果夫順利地進入侍從室，成為蔣介石的最高人事幕僚。
第三處成立後，陳果夫插手人事權，引起國民黨元老戴季陶等人的不滿，戴季陶時任考試院長，而人事的儲備、考核、任用本是屬於考試院的，現在第三處成立，說的是主管高階行政人員的人事權，實際上所有行政人員的人事權，陳果夫都有權插手。這樣一來，考試院將無事可幹、無權可行。於是，戴季陶等人便開始以十分強硬的態度攻擊陳果夫，說考試權的獨立行使、銓敘部主管全國人事行政是孫中山有關行政制度的一個特點，也是孫中山政治思想的一個特點，而陳果夫單獨搞第三處，是違背國父遺教的。戴季陶與蔣介石稱兄道弟、又是黨國元老，陳果夫自然不敢公開與之爭鋒，只好採取妥協態度。他聲稱第三處並非專管人事，也不是獨立單位，只是侍從室下一個人事參謀單位，所做的工作也是幕僚性質的，而且不對外行文。如此云云，才將戴季陶等人敷衍過去。
陳果夫到第三處走馬上任後，按侍從室一、二處各組的順序，在第三處下成立了第七、八、九三個組，並將自己的親信都收羅到該處工作。同時，還到有關黨、政、軍各機關中遴選人員，使文職、武職人員各佔半數。他要求文職人員沒有書生氣，而武職人員則是文質彬彬、恂恂儒雅，當然最重要的是政治立場，即絕對忠於蔣陳。
通過不長時間的籌備，侍三處便在陳果夫的指揮下開始工作。首先，他們派出人員，向國民政府有關機關收集人事資料。國民黨軍事委員會銓敘廳提供了全國軍事機關科長以上人員簡歷冊，考試院銓敘部提供了全國薦任以上主管人員名冊及全國各機關的概況、隸屬和相互關係。資料收回後，陳果夫指示他們將這些資料和各種統計圖表進行分門別類的整理、登記，以此作為侍三處今後開展工作的基礎。通過陳果夫細緻的工作，侍三處逐步建立了一套比較完整的人事登記制度和方法，他們將人事資料經過分析、研究，製成各種卡片，同各種原始資料構成人事登記卷，再按指定姓名和指定範圍製成各類索引片，依照運用程式很快可以找到需要的資料。
其次，陳果夫便根據這些資料在全國開展調查，雖然陳果夫在向調查人員交待時說：「做人事調查工作首先要‘無我’，正心誠意為之」，而實際上，則是通過調查，對圍民黨各級黨政軍首先進行監督、控制，發現思想、政治態度、立場有問題的，即行處置。
然後，在此基礎上，採取一切方式控制人事的考核、選用。陳果夫雖然聲稱他的第三處只是參謀單位，是幕僚性質等，但那是哄戴季陶的。他人主持三處後，極力抓組織人事權，他以國民黨cc派為核心，採用種種手段，將國民黨黨、政、軍從中央到地方的人事權逐步控制到自己手中，為了達到這一目的，他做了以下一些工作：
（一）成立所謂「實業計劃學會」。為了在知識界形成他們的勢力，陳果夫與陳立夫商量後，由陳立夫出面，拉攏一些高階知識分子和知名人士，如大學教授、工程師及科研工作者，成立了一個「實業計劃學會」。由於陳立夫是學工程的，他在北洋大學讀書時，在美留學時，都有一些關係，因此，他便以所謂同鄉、同學、同專業、同留美等作為紐帶，籠絡了一些人，並將這些人的簡歷造成表冊，通過侍從室第三處向蔣介石推薦。蔣介石在戰爭年代，自然十分需要知識人才，對這些人另眼相看，給予重用。而這些人被任用後，自然十分感激二陳，成為他們的力量。
（二）成立「黨政訓練班」受訓結業學員通訊處。為了對黨政訓練班結業的學員進行控制，陳果夫指示成立了結業學員通訊處，並指派cc系骨幹吳鑄人為主任，樑子青為副主任。他們規定，凡在中央黨政訓練班及後來的中央訓練團受訓結業的學員，在回到工作單位後，必須按時和「通訊處」聯絡，彙報自己讀書、工作和活動的情況，還要彙報周圍人的思想狀況，侍三處根據其彙報進行考核、登記，擇優予以升遷。通過這一辦法，二陳便能隨時瞭解全國各地黨政人員的基本情況，以加強對這些人的監督與控制。
（三）成立中央訓練團高階班。高階班學員主要為國民黨政府廳、司、局長及專員級的幹部，受訓期為半年，結業後，由侍三處登記，直接掌握，作為中央培養使用物件。所有參加高訓班的人選都由侍三處提名，報蔣介石批准。陳果夫便以此作為籠絡人心的籌碼，到高訓班受訓的人都知道自己能參加受訓，成為中央培養的物件，是陳果夫的提攜，因此從內心感激他。陳果夫還命侍三處人員每月與高訓班學員聚餐一次，以增進了解、融洽感情，使一期一期的高訓班學員成為二陳的勢力範圍。二陳也通過這一形式加強了對國民黨高階幹部的控制。
陳果夫並非像他對戴季陶所說的那樣，不干預考試院的工作，他早就想把這一工作攬於自己手中。他在侍三處工作有一定進展後，便開始染指考試院。
陳果夫利用侍三處的特殊權力，將大批cc派的骨幹塞進各地考銓處當處長、科長，考銓處本是考試院銓敘部派在各地的分支機構，cc派的人當了處、科長後，便掌握了考銓處大權，表面上，考銓處還是考試院的下屬機關，實際上，已經成為侍三處在各地的辦事處。陳果夫就是利用這種偷樑換柱的辦法，逐步地控制了地方人事權。
陳果夫主持的侍三處，除了進行各種人事的調查、考核、選用外，還常以到各地調查的其他情況進行分析研究，向蔣介石提出施政方案，以獲得蔣介石更大程度的信任。如1939年，國民黨軍隊從日寇手中收復了廣西南寧、賓陽、九塘等地區，侍三處在人事調查時碰到了一系列社會問題，如漢奸問題、偽軍問題、老百姓的耕牛問題、房屋問題等，陳果夫看了調查人員寫的報告後，認為雖不屬侍三處的工作範圍，但又十分重要。他便親自與第十一組（即通訊組）進行研究，又與內政部、中央政治學校等單位聯合召開會議，邀請有關人員進行討論，在其基礎上，陳果夫擬定了「戰後偽軍處理辦法」、「戰後漢奸處理辦法」、「戰後社會問題辦法」等20多個方案。交蔣介石審閱，蔣介石看後十分讚許，並指令有關部門執行。再如，陳果夫曾邀請中央政治學校財經教授及有關學者，一起討論、研究，擬定了《三民主義經濟制度與經濟政策》；陳果夫還邀請社會學專家進行認真磋商，草擬了《工作競賽辦法》等。這些方案都呈交蔣介石參考，為蔣介石的統治出謀劃策。陳果夫忠心耿耿，受到蔣介石的讚揚。
這樣，陳果夫的侍三處完全超越了人事幕僚單位的職權範圍，而成為蔣介石在政治、經濟、軍事等方面的參謀機構。
由於侍三處擅權越職，專橫跋扈，引起了國民黨、政、軍各方人士的不滿，所以，抗戰勝利後，侍從室第三處便被撤銷，陳果夫也從主任寶座上翻落在地。由於他的肺病日益嚴重，他也不太管事了，雖然還是國民黨高層領導人，但已是今非昔比了。
總之，陳果夫、陳立夫兩兄弟紅得發紫的輝煌時期結束了，雖然他們並不服輸，還在努力以保持自己的已有地位，但確確實實，他們開始步履蹣跚地邁入人生的下坡路。
組建中統
還在1937年初的時候，國民黨在全國人民要求抗日的壓力下，召開五屆三中全會，提出了處理與共產黨關係的「最低限度之辦法」，其中有國家軍隊編制統一、政權統一等主張，要統一政權就必須對各種特務組織統一領導。正是基於此種目的，根據蔣介石的提議，國民黨在三中全會後不久，即1937年4月便成立了「國民政府軍事委員會調查統計局」這個總的特務機關。將原復興社與cc派兩大特務組織集合在一起，進行統一管理。
國民政府軍事委員會調查統計局設局長一人，副局長一人，下設三個處，「局長是陳立夫，副局長是陳焯（首都警察廳廳長）；第一處處長是徐恩曾；第二處處長是戴笠；第三處成立在後，沒有搞多久，處長先是少將秘書丁默邨兼，後來換的是金斌」。
對於蔣介石的這一安排，二陳自然是喜不自禁。本來，cc派與復興社這兩大特務系統從成立以來就是互相水火，明爭暗鬥，摩擦事件時常發生。二陳一直想插手復興社事務，達到吞併復興社的目的，但總不能遂意。現在成立「國民政府軍事委員會調查統計局」，將兩大特務系統集中起來，統一由陳立夫指揮，對陳立夫來說，實在是「天助我也」，他可以憑其職權，染指復興社，逐步將其吃掉。
但蔣介石也有他自己的打算，他成立統一的特務機關，只是為了讓他便於指揮，壓根沒想將整個特務組織全交給二陳，因此，局長雖然讓陳立夫當了，而下面三個處卻是各成系統。一處統原來的cc派，二處統原來的復興社，三處開始兩方面人都有，後來也撥歸復興社，cc派再也不能問津。三個處不但各自成一體，而且辦公也不在一個地方，第一處設在南京道署街，第二處設在雞鵝巷，第三處設在山西路，基本上是老死不相往來。
戴笠由於有蔣介石的寵信，對陳立夫的領導並不十分恭順，他自成一體，二處儼然是一個獨立王國，其編制、人事、活動形式與範圍都由他一人主掌，cc派休想過問，對此，陳立夫雖然忌恨，卻又奈何不得。
陳立夫也十分看不起戴笠，每當戴笠例行公事去見他時，他眼也不抬一下，鼻子也不哼一下，只是用手揮去揮來，極為藐視，這使戴笠懷恨在心，久久不忘，常在軍統特務中講陳立夫的壞話。
陳立夫在任局長期間，為了排擠戴笠特務系統，總是極力提高一處的地位，壓低二處，許多政治上的便宜儘量讓一處多佔，當時局本部的工作人員也以cc派居多，在委派外任時，一處也總是壓著二處。晚年後，在兒女簇擁下的陳立夫幾多歡喜，幾多感慨，風雨一生，終老異鄉。如南京郵件檢查所和南京電報檢查所，是由特務機關直接控制的兩個單位，其作用十分重要，郵檢所的中校所長張志鵬是由第一處派任的，少校副所長童襄則由第二處委派；電檢所所長葉定也是由第一處任命，副所長由第二處任命。這樣一來，凡是由兩所檢獲的材料，第一處總是首先看到，而第二處只能從經辦人員那裡偷看一點，不得全貌。為此，第二處一直耿耿於懷。兩個特務組織雖然統一在一個局內，表面上也似乎風平浪靜，暗地裡卻已是劍拔弩張了。
抗日戰爭爆發後，國民黨軍隊連連敗退，蔣介石放棄南京，國民黨中央中機關大部分撤退到武漢，二陳所指揮的兩大特務系統一片混亂，特務們如鳥獸散，原有的組織幾乎全部停止活動。陳立夫儘管作了很大努力，也不能將其恢復起來。
1937年9月，蔣介石為適應戰爭需要，成立了「大本營第六部」，任命陳立夫為部長，主管「民眾動員」事宜。陳立夫仍舊不忘他的特務組織，他擔任部長後，利用其職務的方便，將原來特工總部的一大批星散的特務招集起來，全部安排在「大本營第六部」工作，編為第四組，以徐恩曾擔任該組中將組長，cc派重要骨幹王思減、王傑夫、劉桂等都掛少將、上校、中校等軍銜，在該組任職。實際上，這個所謂的第四組，就是原特工總部的翻版，這批特務打著「動員民眾」的幌子，繼續進行迫害共產黨、迫害進步人士、破壞民眾運動的特務活動，而這些特務活動正是蔣介石、國民黨所需要的。
國民黨蔣介石在外敵侵略的情況下，在全國人民一致抗日的壓力下，雖然實行了第二次國共合作，但蔣介石的內心深處並沒有真正放棄反共政策。1938年3月9日至4月1日，由蔣介石主持的國民黨臨時全國代表大會在武漢召開，大會繼續對共產黨進行攻擊，說：「共產黨挾其不適合國情之主張，使國家人民在精神上與物質上遭受不可勝計之損害。」於是，在所謂「國家至上、民族至上」的名義下，強調「消滅政治鬥爭之意識」，為此，大會決定國民黨實行領袖制，選舉蔣介石為總裁，為全黨最高領袖。
正是在這種要求獨裁、反對民主的氣氛下，大會藉口防止敵諜漢奸活動、提高工作效率、增強抗敵力量，決定將國民黨兩個御用的特務組織加以擴大，各自組建獨立的組織。以原中央組織部調查處（即特工總部）為基礎，成立國民黨中央執行委員會調查統計局，其活動範圍以黨政機關、文化團體和大中學校為重點。以原復興社特務處為基礎，成立國民政府軍事委員會調查統計局，其活動範圍以各級部隊、各軍事學校、各軍事機關為重點。這兩個特務組織的任務均是對共產黨員、進步人士、革命群眾以及國民黨內不滿蔣介石獨裁統治的人進行調查、監督，炮製黑名單，配合軍警進行逮捕、關押、審訊、殺害等。中統局以中央執行委員會秘書長朱家驊任局長，徐恩曾為副局長；軍統局則讓蔣介石侍從室主任賀耀祖任局長，戴笠為副局長。
蔣介石所走的這著棋實際上是對陳立夫的分權，使他能對兩個特務組織統而羈之、分而控之。同時，為了不讓陳立夫因領導特務組織時間太長而基礎盤根錯節，甚至連新成立的中統局局長也沒讓他擔任。對此，陳立夫心中頗為不滿，卻又不敢有所流露，當有人和他談起新成立的兩個特務組織時，他還裝出一副滿不在乎的樣子說：「每個人有兩隻眼，兩隻耳。作為領袖的耳目，也應有兩個，兼聽則明嘛。」話雖如此說，在其內心深處，對蔣介石的分權行動，卻藏著一股深深的哀怨之情。
當然，陳立夫也有高興的一方面，他們兄弟倆多年苦心經營的特務組織如今也成了堂堂正正的國民黨的正式機關了，這與當年的「私生子」特工總部顯然是不可同日而語了。雖然局長的寶座由朱家驊登上，但副局長是他的親信徐恩曾，整個班底基本上還是他們的人，中統還在他們的掌握之中，想到這些，心中又不禁多了幾絲安慰。
朱家驊雖然當了中統局長，但他又是中央執行委員會秘書長，秘書處的事務繁多，再加中統局這邊沒有他的班底，所以，局內諸多事務都交由徐恩曾辦理，而徐恩曾又惟二陳之命是從，這樣，中統局內的人事安排完全在陳立夫的一手干預下進行。
在陳立夫的指揮下，中統局內的組織機構逐步建立起來，局下主要設有三組、三處、五室、四會。
三個組按番號排列，相當於其他機關的處。
第一組，主管情報、資料、檔案、文牘及總務，特別是對共產黨情報、資料的收集和研究。下設情報科、秘書科、資料室、檔案室以及總務科。
第二組，主管黨派（主要以反共為重點，其他進步黨派、團體組織也為工作物件），另外，對反對幫會、宗教團體及盜匪扒竊集團，日偽漢奸的工作，也屬其範圍。下設四個科室分管。
第三組，主管特務組織的訓練和對外工作。初設四個科，後縮減為三科。
三個處為：
經調處，即經濟調查處，其任務主要是調查解放區經濟和日偽經濟。
交通處，主管全國「中統」的電臺、電訊器材、通訊以及淪陷區的交通，特別是通往解放區的特務秘密交通。
統計處，主管中央黨部各部處和中統局的各項統計。
當時考取北洋大學的陳立夫，是抱著要為國家的昌盛而奮鬥的，可當他進入國民黨與蔣介石為伍時，當年的雄心壯志拋至腦後了。五個室為秘書室、人事室、機要室、會計室、專員室。
四個會即訓練委員會、紀律審查委員會、海外工作委員會、黨網建立與運用委員會。
除此外，按國民黨中央的規定，在各省、特別市及鐵路黨部內設立調查室，作為該省、市、路黨部的一個組成部分，但陳立夫指使中統局將原來各地的特務室改為調查室。這樣，就把各地調查室也置於中統局的領導與指揮下。另外，還有直轄於中統局的重慶實驗區，直接指揮重慶地區的特務活動。
朱家驊原本也屬cc派的人，但他與二陳不是隸屬關係。他因與戴季陶的私人情誼而得寵於蔣介石，同時他也屬於江浙地域圈圈裡的官僚。他在任中統局長後，開始還不太管事，不久，便雄心勃勃地幹起自己一套來。他以局長的權勢，先後在局本部及各處室安插了一些他自己的人，以便逐步排斥二陳的cc派。如局本部秘書劉次簫、特經處長陳介生、統計處長鄭堯柈、專員胡祥麟等。不久，中統局內職位較高的人員中，朱家驊派的人佔了一半以上。1942年，朱家驊在擔任了國民黨中央組織部長以後，曾對各省市黨部的cc分子加以清洗。
朱家驊自立門戶的野心使二陳十分不安。二陳原先對朱還是比較信任的，陳立夫擔任「大本營第六部」部長時，每逢召開重要會議，都邀請朱參加，並請他講話，關係十分密切。現在，二陳看到朱家驊來者不善，也就不顧情面了。陳果夫曾對此大發脾氣：「朱騮先太不像話，怎麼單對我們的人開刀。而我們人中也有些失節之徒跑到朱家，真是人心大變。」二陳發動cc派對朱家驊進行全面攻擊，並不予合作，同時，二陳還向蔣介石推薦cc重要骨幹郭紫峻、顧建中擔任中統局副局長，以架空朱家驊，後來，朱被迫離開中統局。二陳在朱離任後，即對中統局進行全面清理，將朱派人物全面調走，於是，中統局又成了cc派的純種。
中統局在二陳的經營下，逐步發展，成為一個組織龐大，人數眾多的特務系統。據當年中統的人事科長孫翼謀說：「我們局裡，大概有13000多正式的調查工作人員。」陳果夫與陳立夫多年經營的特務組織逐步發展，在中統時期可以說達到了鼎盛，成為與軍統勢均力敵的國民黨內兩大特務系統。
爭奪三青團
在改設中統局和軍統局的同時，蔣介石借「團結抗戰」的名義，企圖將全國各黨各派統一於自己的領導之下，特別是對青年人，他更感興趣，千方百計想將全國青年籠絡於國民黨的旗幟下。從這一目的出發，蔣介石決定由國民黨出面，組織「三民主義青年團」。最初，他把籌備、組織的任務交給了陳立夫、劉健群和康澤。
1937年9月中旬，陳立夫突然接到蔣介石召見的秘密通知，他不知又有什麼緊急任務，也不知是禍還是福，心裡忐忑不安地來到了南京中山陵蔣介石的別墅。走進客廳，蔣介石早已等候在裡面，客廳裡還有劉健群和康澤兩人，蔣介石見陳立夫來後，便招呼他坐下，態度雖然和藹，但神情依然嚴肅，大家互相客套幾句後，蔣介石便開始訓示，他說：「現在抗戰已經開始了，過去秘密的小組織形式不合需要，要來一個大組織，把黨部的（指cc），同學的（指復興社）和改組派（指汪精衛派）都團結起來，並以此為中心，再求各黨各派的團結和全國的團結。」蔣介石說完，便要大家出主意，陳立夫等人不知蔣介石的本意是什麼，都不敢提出自己的看法，一個個都不吭聲，蔣介石見此，也不逼著大家發言，只是說：「你們去把這個問題研究一下。」這是蔣介石的特性，他要幹什麼，常常不直接說出來，讓大家去揣摸。陳立夫等人對此十分清楚，便不再詢問，諾諾退出。
陳立夫回來後，對蔣介石的訓示進行了認真考慮，他想，蔣介石說要搞大組織，以什麼形式才能把以前的小組織統一起來，以什麼名義才能號召大家呢？對此，他始終不能酌定。第二天晚上，陳立夫便約集了cc派、同學派、改組派三方骨幹人物張道藩、餘井塘、蕭錚、徐恩曾、周佛海、賀衷寒、酆悌、康澤、蕭贊育等人聚餐。待大家到齊後，陳立夫便提出蔣介石的訓示，要求對此進行議論。於是，大家便七嘴八舌地開始了討論，一個個宏談闊論，言語激昂，都表示對蔣的訓示擁護、照辦，但到底搞一個什麼樣的大組織呢，談了幾個小時，也沒有提出任何具體方案來。
不久，陳立夫等三人又被蔣介石召去。蔣開口便問他們關於成立大組織的方案想出來沒有。本來，三個人都還沒有定見，但蔣介石冷峻的眼光一掃，三人不寒而慄，竟嚇出了一身冷汗，主意也隨之而來。康澤和劉健群主張大組織的名稱用「三民主義青年團」，陳立夫則有不同看法。他說：「黨裡面有幾個人的意見要加上‘中國國民黨’幾個字。如果用三民主義青年團，就是‘中國國民黨三民主義青年團’。」陳立夫自有他的如意算盤，因為「國民黨」是他陳家的，如果加上「黨」這頂帽子，那麼「團」這個大組織也就自然歸於他二陳的領宋子文作為蔣家的至親，在政治紛爭中，卻也過早地離開了這灘渾水而遠走他鄉了。導下了。但蔣介石比他更精明，蔣要成立大組織的目的就是要把各派的實力都集中於他的旗幟下，聽他指揮，豈容陳立夫藉此機會擴大勢力呢，他幾乎不等陳立夫說完，就插言道：「有你這‘中國國民黨’幾個字，人家就不來了。我看就用三民主義來號召的好，用我的名義來號召的好。」康澤與劉健群立即附合，陳立夫碰了一鼻子灰，再也不敢說什麼。
陳立夫用國民黨的名義組織三民主義青年團的主張雖然沒有被蔣介石所採納，但他並不灰心，對籌組三青團依然表現出極大的興趣。他有他自己的考慮，他認為，蔣介石將籌組任務只交給了他們三人，三人中又是以他領銜，這說明蔣對他還是信任的，而且，這三人中，無論是在國民黨內，還是在蔣介石心目中，他陳立夫的地位是最高的。將來，三民主義青年團成立後，蔣介石最多隻是名義上的領導，實際領導權肯定會落入他手中，那時，不管是用「國民黨」的名義也好，還是「三民主義」的名義也好，三青團這個大組織會慢慢演變成陳家團，他們兄弟倆的勢力會更大。
因此，陳立夫丟下了其他一切工作，一心投入籌備活動中。為了加快籌組步伐，他開始進行緊張的幕後聯絡，他先後與青年黨領導人曾琦、民社黨領導人張君勱、中國共產黨領導人周恩來、社會民主黨領導人陳銘樞及其他一些黨派的負責人進行了會談。會談中，陳立夫以「團結抗戰」為藉口，要求各黨派自行解散，然後合於一起，組建一個大黨。實際上，這是蔣介石的陰謀，企圖吞併各黨派，實際國民黨的一黨專政。
陳立夫的活動受到了中國共產黨的抵抗，周恩來明確表示：中國共產黨不能解散，處此抗戰緊急關頭，各黨派只能團結一致，最好建立一個各黨派共同參加的某種形式的民族解放同盟，使全國人民和各黨派更加團結起來，以利抗戰，而不能互相火併。大多數民主黨派都贊成中國共產黨的主張，不同意解散組織。只有少數黨派跟著陳立夫的後面，表示支援陳的提議，曾琦、張君勱於1938年2月下旬先後發出通電，說他們青年黨、民社黨的主義與三民主義並無二致。陳銘樞也發表宣言，同意解散派的主張，並宣佈解散社會民主黨。儘管他們發通電、發宣言，好像很熱鬧，但應者寥寥。由於大多數黨派不同意解散自己的組織，合併到國民黨中來，所以蔣介石解散各黨派，合併成一個大組織的初衷沒有實現，但他還是指示陳立夫儘快把三民主義青年團建立起來。
1938年3月，蔣介石經過反覆考慮後，擬定了一個「三民主義青年團籌備委員會」成員的名單，由於陳立夫的賣力工作，他被蔣介石定為籌備委員之一，但卻列名於陳誠之後。這種安排使敏感的陳立夫想到，陳誠有可能捷足先登，取得「三青團」領導大權。因此他不能示弱，他與陳果夫商量後，覺得應該加緊活動，以與陳誠爭奪「三青團」大權。
3月底，在武昌召開的國民黨臨時全國代表大會根據蔣介石的意旨，作出決定：「為健全黨的組織，鞏固黨的基礎，將預備黨員製取消，設立青年團，在統一的組織之下，訓練全國青年，使人人信仰三民主義。」緊接著，在4月6日舉行的國民黨五屆四中全會上，經過國民黨中央委員們認真討論，通過了由陳誠、陳布雷、康澤三人起草的《三民主義青年團要旨案》。這個檔案規定了三民主義青年團的政治綱領、組織形式等，該檔案稱：「為全國青年意志之統一，能力之集中，以充實國民革命之力量起見，依照本章第五條之規定，設立三民主義青年團」，並規定：「青年團設團長一人，以本黨總裁兼任之」；「青年團之幹部由團長指派之」。這樣，蔣介石成了三青團的太上皇，他可以指揮三青團的一切活動。蔣介石成立三青團的本意，是為了解除國民黨內各種小組織和派別，將各種勢力統一在自己的指揮下，現在國民黨通過了成立三青團的決議，實際上也就賦予了蔣介石大刀闊斧剪除各種派系的權力。五屆四中全會後，蔣介石便以國民黨總裁的名義，名正言順地下令解散黨內一切小組織，以儘快實現國民黨內的統一。
蔣介石命令下達後，陳立夫確實感到為難，對於他與其兄陳果夫苦心經營的小組織，他實在難得割愛，但為了在三青團正式成立時，能撈取重要職務，特別是要壓倒陳誠，他又不能不服從命令，解散組織，以獲得蔣介石的信任。因此，他在與陳果夫經過密商後，決定儘快作出響應蔣介石命令的姿態，將過去的秘密小組織解散。
經過一系列緊張的善後安排後，二陳在漢口召集原國民黨忠實同志會及青天白日團成員大約500人開會，由陳立夫主持會議，陳果夫作報告，陳果夫在對過去兩組織的工作簡單地回顧後，便以低沉的語調宣佈：當初組織同志會及青白團有兩個目的，一是「擁戴蔣總裁為國民黨唯一領袖」，現在這個目的已經達到，使命已經完成；二是「反共」、「安內」，現在形勢發生變化，抗日軍興，國共又開始合作，這項任務也算告一段落。現在中央決定成立三青團，蔣總裁也下令解散國民黨內一切小組織，遵照中央決議和總裁命令，中國國民黨忠實同志會即日予以解散，青白團因早就取消，所以勿須解散。同志會有關報刊停止出版，經費停止發出，現在出席會議的是同志會的骨幹，望傳達給所屬成員。
陳果夫的話在會場上引起了極大的波瀾，他的話還沒講完，當場就有一些cc派死硬分子起鬨叫嚷，有的叫：「共產黨不停止組織活動，我們卻自己解散，這豈不是束手待斃！」有的喊：「復興社新國民黨不解散，我們卻早早解散，太傻了。」有的乾脆站到椅子上大叫：「我們不解散，我們就是不解散，我們解散了，找誰要飯吃。」吵吵嚷嚷，煞是熱鬧，一時不可開交。
其實，這些吵鬧者怎知他們主子此刻的心情以及他葫蘆裡賣的是什麼藥呢？二陳解散同志會並非出於本心，他們只是做個樣子給陳誠看、給蔣介石看的，其目的是想抓三青團更大的權。同志會的解散只是解散了表面的形式，而實際上，以二陳為首的cc派已成為一個政治思想的牢固結合體，這個結合體是二陳賴以與蔣介石討價還價，賴以和國民黨其他實力派相爭奪的生存基礎，豈能真正解體，二陳豈能真正放棄呢？整個抗日戰爭期間，cc派的特務活動一直沒有停止過，而且其勢力還在無限制地膨脹。
蔣介石對二陳這種裝模作樣的表演心中也是有數的，他也不去認真，因為他還不能沒有二陳，也不能沒有cc派。同時，二陳在國民黨內權勢日益增長的事實，蔣介石心中也是有數的，他必須對二陳有所限制，不能使他們權力太大而震主，這是蔣介石用人的一貫原則。因此蔣介石把三青團的大權交給了陳誠，而不是陳立夫。6月下旬，蔣介石擬定了三民主義青年團中央臨時幹事會的幹事及常務幹事名單，陳立夫雖然也列為24名幹事之一，併成為常務幹事，但在9名常務幹事中排在陳誠之後列第二位，明眼人一看就知道，三青團是陳誠的而不是陳家兄弟的。果然，陳誠被蔣介石指定為三民主義青年團書記長，為三青團負各方全權責任。
陳立夫的心一下子涼透了，想不到他為籌組三民主義青年團東奔西跑，上躥下跳，還忍痛割愛解散了自己的小組，誰知這些都不能取得蔣介石的歡心，大半年的辛苦竟為他人作了嫁衣裳，真是傷心之至。但陳立夫是不敢去得罪蔣介石的，更不敢與之作對，心中儘管有無限的怨恨，表面上卻裝得無事一樣，兄弟倆私下談起，也只好自認晦氣。
1938年7月9日，三民主義青年團中央團部在武昌湖北省議會正式成立。這天，當上了書記長的陳誠好不得意，率領中央臨時幹事會的全體成員、各處的正副處長、工作人員及第一批入團者，十分莊重地來到會場，由團長蔣介石親自監視，進行了宣誓儀式。陳立夫心中酸溜溜的，但臉上卻是強裝笑容，他有他的想法，他有他的主意，在與蔣介石一起宣誓時，他的心中卻另外打起了自己的如意算盤：他雖然沒有當上三青團的書記長，但自己所掌握的cc派力量是雄厚的，可以指揮cc分子千方百計向三青團滲透，與陳誠比高低、爭輸贏，一旦將陳誠架空，三青團還愁不是他陳立夫的。
以後，二陳的cc派與陳誠的三青團爭奪十分厲害，三青團企圖取代cc派，cc派則從各方面攻擊三青團，與之爭地盤、爭地位，並且有大批cc分子向三青團滲透，這一切當然使陳誠傷透了腦筋。不久，隨著保衛武漢戰事的緊張，陳誠沒有太多精力放在三青團上面，便由朱家驊代理執掌團務。1940年9月，陳誠正式辭去三青團中央幹事會書記長一職，一切重大事務概由朱家驊處理，這使陳立夫著實高興了一陣，以為三青團大權正逐漸向他傾斜。但蔣介石並沒有遂二陳的心意，以後，書記長又換成張治中，最後，竟傳給了兒子蔣經國。這樣，二陳只好望洋興嘆，從此，對三青團這一誘人的權柄，二陳再也沒有力量去角逐，再也沒有膽量去問鼎了。
孔祥熙，國民黨的「財神爺」，貪婪無比，終於引起激憤，而遠走美國。
特務政治
陳立夫插手三青團的企圖落空後，便一心一意經營中統局，他雖然不是中統局長，但局內的整個班底都是他過去特工總部的一套人馬，陳立夫便暗中進行操縱，指揮這幫cc派特務幹下了大量反共反人民的勾當，為蔣介石的獨裁統治立下了汗馬功勞。
第二次國共合作是在中國共產黨的積極促成下形成的。合作後，蔣介石並沒有真正放棄反共政策，隨著抗日戰爭相持階段的到來，中國共產黨領導的人民抗戰力量的不斷發展壯大，再加日本帝國主義對國民黨採取了誘降政策，所以蔣介石的反共傾向也日益顯露出來。在國民黨五屆五中全會上，蔣介石就提出：「對中共是要鬥爭的，不好怕它」。還說：「我們對中共不好像十五、十六年那樣，而應採取不打它，但也不遷就它，現在對他們要嚴正——管束——教訓——保育——現在要溶共——不是容共。它如能取消共產主義，我們就容納它。」這實際上就是號召國民黨反對共產黨，與共產黨鬥爭。
陳立夫對蔣介石的話心領神會，他覺得光在中央全會上講反共，下面各級黨部及一些國民黨員不能領會精神，也不知怎樣反共，必須制定一個反共的檔案，擬定具體方法，發到國民黨各基層組織，這樣才能動員整個國民黨一起反共。因此，陳立夫向蔣介石獻計，搞一個「防制異黨活動辦法」，發到國民黨基層黨部，這個建議頗得蔣介石的讚許，他們通過商定後，將草擬檔案的任務交給陳立夫的親信徐恩曾辦理。
徐恩曾接受任務後，閉門謝客，一人在家日夜思考、寫作，不幾天，便擬訂了初稿，然後交陳立夫審閱，陳立夫看後，即帶著徐恩曾一起送交蔣介石，蔣介石看後提出了修改意見，直接由陳立夫帶回修改。陳立夫便根據蔣介石的旨意，對初稿一字一句進行斟酌、修改，完成後再呈蔣最後審定。這一次，蔣介石看後十分滿意，當即指示發出，這樣，反共檔案《防制異黨活動辦法》便出籠了。國民黨中央秘書處以絕密檔案發至國民黨各基層黨部、行政系統和軍事系統也轉發，一直髮到縣級。
《防制異黨活動辦法》以反共為主要內容，該檔案稱：「查共產黨在本黨權利所及之區尤能猖獗活動長足發展，考其原因雖非一端，而本黨組織工作不健全而予人以可乘之機實為主要因素」。為了扭轉這種局面，檔案規定，各地民眾和人民團體均應接受國民黨的領導，特別是對共產黨活動的地區要嚴格防制，實行聯保連坐法，「使人民不敢與異黨分子接近而受其利用」，還要求：「各地黨部及軍政機關對於異黨之非法活動應採取嚴格防制政策，不可放棄職守，縱因此而發生摩擦，設非出於本黨之過分與不是，亦應無所避忌」。如果有以共產黨或八路軍與新四軍等名義組織武裝隊伍者，「當地駐軍得隨時派兵解散，不得有誤」，「如發現有宣傳階級鬥爭、鼓動抗租抗稅、罷課罷工、破壞保甲、擾亂治安者，無論其假任何名義，應一律依法從嚴制裁」等等。
《防制異黨活動辦法》的制定與下發，實際上是國民黨對黨政軍各級組織發出了號召，要他們從各個方面，採取各種手段，加緊防共、反共活動。
為了更好地發揮cc特務在反共中的作用。二陳經過商定，報蔣介石批准，開始在全國建立「黨員調查網」，使之成為「中統」的外圍組織。於是，中統特務在全國各地的黨政機關、學校、工商界、軍隊中收羅了大批國民黨員作為「調查網」成員，要他們在中統局的統一指揮下進行所謂調查，而且向他們交代，調查的首要物件是共產黨。但經過一段時間的廣泛調查後，結果令二陳兄弟大失所望，在所有調查材料中，告發國民黨中貪汙瀆職的材料幾乎佔80％，揭露國民黨中投降叛敵、漢奸嫌疑的佔12％，而誣人為共產黨或共產黨嫌疑的不到10％。實指望通過調查搞到共產黨的材料，為反共提供證據，誰知竟搞到了國民黨自己的頭上，這使二陳十分難堪，不好下臺，他們一方面將涉及國民黨的材料處理掉，另一方面則大罵特務們不中用，要他們重新再搞。但調查去調查來，總是不能使他們滿意，以後，二陳對「調查網」再也不感興趣，經過商量後，決定放棄「調查網」，於是向蔣介石建議，將最初準備對共產黨使用的這張「網」移交給國民黨中央監察委員會這個冷衙門。這樣，一場調查共產黨的鬧劇剛剛開場便匆匆降下了帷幕。
為了以後不再發生類似的事情，二陳專門把徐恩曾找去授機宜，明確告訴他，中統的主要任務是反共，不要再去注意國民黨內的貪汙、投敵等問題。徐恩曾回來後也鸚鵡學舌地向特務們訓示：「抗日是暫時的，次要的；反共是長期的、根本的，第一位的」，「反共，消滅共產黨，是我們的歷史任務」等。
特務們經過訓示後，似乎開了竅，便想盡各種辦法去反共，雖然在一個時期內，表面上他們不像抗戰前那樣公開逮捕、殺害共產黨和進步人士了，但暗地裡的反共活動卻是始終存在。如共產黨人車耀先，在抗日救亡運動中組織了「星芒社」，辦起了《大聲週刊》、《國難三日刊》等，鼓動群眾參軍參戰。中統特務為了破壞該組織，偽裝進步，打入「星芒社」，然後進行分化活動，並錄製了參加這個組織的大批積極分子的黑名單，1939年以後，這些同志大部分被特務逮捕殺害。
1942年，中統特務還對中共中央南方局進行了一次大規模的破壞，南方局領導人之一廖承志及多數工作幹部及電臺工作人員均被逮捕，人數達300多，使共產黨遭受很大損失。廖承志被關進集中營，受盡了折磨，到1945年才轉解重慶。蔣介石對這一起破壞十分高興，除表揚陳立夫外，還給直接指揮這一行動的徐恩曾一大筆獎金。
二陳對特務們的破壞行動十分欣賞，但對其破壞手法還不滿意。陳果夫在中央政治學校所在地南溫泉私宅養病時，就時常把中統特務萬大鉉叫去，進行訓示。這樣，由陳果夫口授、萬大鉉執筆，歷時兩個月，寫出了《黨員調查工作須知》，作為對特務進行訓練的教材，裡面所傳授的，就是如何在調查的幌子下進行反共的各種辦法。特務們按此受訓後，都受「益」不淺。
陳立夫則認為，在進行反共的特務活動時，不能光靠硬性蠻幹，還必須用軟的辦法，重要的是從思想宣傳方面人手，通過輿論宣傳，在潛移默化中破壞共產黨在人民中的崇高威信，他認為這比抓幾個共產黨人、破壞幾個共產黨組織的效果更大，陳立夫經常對特務們說：「戴雨農（即戴笠）喜歡蠻幹，情報工作人員擺出吃相難看的樣子，還要情報工作技術有啥用場？」他要求特務們瞭解共產黨的理論、研究共產黨的理論，使用共產黨的方法，達到以偽亂真的程度，然後以售其奸。
在陳立夫的指示下，一些中統特務採取捏造假事實的辦法，寫出了大量小冊子，汙衊共產黨，醜化解放區，以欺騙一些思想單純的青年，使其迷失方向。當時發行最多的什麼《延安歸來》、《陝北見聞》等，就屬這一類造謠汙衊的宣傳物。為了加強這種宣傳，陳果夫還命一些中統特務在重慶南溫泉開設了一個書店，用「文化服務社南溫泉門市部」的招牌做生意，專門兜售這類反共小冊子，並對青年學生進行監督、迫害等特務活動。
為了進一步指導中統特務進行反共宣傳活動，陳立夫還關在家裡冥思苦想，寫了一篇《宣傳工作芻議》的文章，指定為特務們的必讀材料，該文以和特務們談心的形式，提出了做宣傳工作的八條原則：第一，不能正面自吹自捧和正面罵人，如果這樣，有時候恰好是幫對方做宣傳；第二，拿出事實來，揭開對方的一角幕布給民眾看，不要做大文章，少用形容詞；第三，多研究心理學；第四，不要使用「小罵大幫忙」的手法，否則會弄巧成拙；第五，宣傳者的語言和行動要符合本身情況；第六，就地物色助手，平時多做準備；第七，不要使花瓶空著，沒有鮮花也得插假花；第八，宣傳品不可濫發。
陳立夫說的冠冕堂皇，用心卻極為險惡，但可惜的是特務們並不都能做到，如不能正面自吹自捧，國民黨本身實行的是獨裁專制，他們要把一切黨派壓下去，實行一個政黨、一個主義、一個領袖的統治，在這種情況下，不自吹自捧能行嗎？再如拿事實出來，揭開對方的一角幕布給民眾看，特務們所進行的就是鼠竊狗偷的活動，國民黨蔣介石在反共的時候，根據不管什麼正義、良心和道德，這叫特務們到哪裡去找什麼「事實」來攻擊光明磊落的中國共產黨呢？他們只能採取捏造事實、造謠惑眾的辦法而得逞於一時，在人民揭開謊言後，一切大白於天下，倒是暴露了特務們自己丑惡的真面目。還有如宣傳者的語言和行動要符合本身情況，這些特務們更是辦不到，他們要造謠，只能是造謠的語言，他們要破壞，只能有破壞的行動，怎能去符合宣傳者本身的情況呢？陳立夫也太難為特務們了。
中統特務搞宣傳不行，盯梢、綁架、捕人，倒是他們的真本事，這種恐怖的特務政治，使共產黨和廣大人民群眾深受其害。
國民政府遷到重慶後，中共領導人周恩來一直在這裡領導八路軍駐渝辦事處的工作。陳立夫為了監視周恩來的行動，便在周的住宅曾家巖50號和八路軍駐渝辦事處化龍橋附近分別設立了特務監督哨。陳立夫交給特務的任務是：記錄這兩處出入人員的姓名、來去時間、所乘汽車及單車牌號等，如遇有陌生的人出入，便進行盯梢、跟蹤，瞭解其姓名、住址、身份，必要時實行逮捕。陳果夫對這兩處監督哨十分重視，他要求擔任監視的特務一定勤手勤腳勤腦，隨時記錄，隨時整理，逐日彙報到中統局，南局再送他本人過目，他如認為有重要價值的情報，再呈報蔣介石。這兩處特務監督哨數年如一日，一直進行特務活動，到周恩來離開重慶，八路軍駐渝辦事處撤銷為止，從未間斷過監視。不光對中國共產黨，對其他一些親近中共的民主進步人士，二陳也採取過監視行動，如1943年，曾對沈雁冰、薩空了、陳此生等人實行過類似的監督。
在其他地方，中統特務常常是便衣便裝，夾雜在人群中，對廣大人民的言論、行動進行監督，發現有傾向共產黨、不滿當局、進行抗日的人，即行綁架、逮捕，直至暗殺，在這種情況下，很多人常常是不明不白地死去，莫名其妙地失蹤。「萬千邏卒列街衢，偶語寧辭殺不辜」，這就是當時恐怖的特務政治的真實寫照。