9月7日，毛澤東、周恩來、王若飛三人一起前往陳公館，去拜訪陳立夫，不巧，陳立夫正好外出未歸，毛澤東等人只好掃興而歸。
9月18日，毛澤東前往拜訪陳果夫，陳果夫萬沒想到毛澤東會親自登門，拜訪他這位反共人物，他委實沒有思想準備，深怕慌亂中出了岔子，再加一副病容，實在難以會客，便以久病床褥，體敗身衰為由，閉門謝客，毛澤東再次掃興而歸。
9月20日，毛澤東與王炳南一起，再顧陳公館，第二次拜訪陳立夫，陳立夫已經知道毛澤東前次來過，所以心中已有了思想準備，他也想和毛澤東談談，勸說毛澤東放棄共產主義。雙方寒暄坐定後，毛澤東充滿情誼地回憶起大革命期間國共合作，兩黨攜手奮戰的動人情景，想以此勾起陳立夫對往日的懷念，打消其對共產黨的敵對情緒。但陳立夫並不想回憶過去，他一開口，就提出要中國共產黨放棄外國的思想觀念，即放棄馬列主義，他說，中國人應該信仰三民主義，只有三民主義才能解救中國。毛澤東一聽，笑了起來，他邊笑邊說，孫中山的三民主義是聯俄聯共，扶助農工，你們的三民主義卻是反共剿共、壓制工農的錯誤政策。說到這裡，毛澤東收住笑容，嚴肅地說：「十年內戰，共產黨不但沒有被消滅，反而發展壯大了。而國民黨剿共的結果，卻同時引進了日本帝國主義的侵略，險些招致亡國的禍害，這一教訓難道還不發人深省嗎？」幾句話，說得陳立夫滿面通紅，毛澤東看到陳立夫很難堪，便又笑了起來，詼諧地說：「你們的三民主義還是不行啊！」
陳立夫見說不過毛澤東，便從另一個方面提出問題，說：「一國之中，不能有多種政權，現在抗戰勝利了，你們應該放棄黨的武力政權。」毛澤東對此即予反駁，他說，所謂的武力政權是你們逼出來的，「我們上山打游擊，是國民黨剿共逼出來的，是逼上梁山。就像孫悟空大鬧天宮，玉皇大帝封他為弼馬溫，孫悟空不服氣，自己鑑定是齊天大聖。可是你們連弼馬溫也不給我們做，我們只好扛槍上山了。」就這樣，毛澤東在談笑自若中，對國民黨反共反人民的政策，巧妙地加以批評。同時，毛澤東還向陳立夫介紹了中國共產黨對國內時局的主張，希望國民黨人認清人心所向，不要重蹈覆轍，誤國害民。
面對毛澤東坦蕩的胸懷，譏諷的議論，誠懇的態度，陳立夫一時窘迫無詞，竟手忙腳亂起來，他不得不承認毛澤東講的是事實，說的有道理，並表示對這次國共合談「盡心效力」，使合談成功。
毛澤東的來訪，給陳立夫留下了深刻的印象，共產黨人的胸懷、度量、才華都令他深為佩服，共產黨對時局的主張，他也認為不無道理，但他卻不能接受共產黨人的建議，也不能轉變反共的立場，他自恃國民黨是大黨，有槍、有政權、有錢、有美國人的支援，而共產黨槍少、人少，偏於窮山溝一隅，雖然民心所向，卻是怎麼也不能與國民黨抗衡的。他是那樣的自信，那樣的頑固，頑固得有點不近人情。當有人當著他的面提出，在國共兩黨談判中，國民黨所提條件不要太苛刻了，這樣容易喪失民心時，他立刻沉下臉來，橫蠻地說：「我們有多少人？共產黨有多少人？我們佔好寬的地盤，共產黨佔好多地盤？政治鬥爭靠實力，不要只看共產黨吹得兇。」
陳立夫無視人民，無視民心所向，他不能正面歷史，也不能遵循歷史的規律，所以他在臨近失敗的時候，卻以為失敗的是對方，這就是他的悲劇所在。
正是這種思想的指導，使他在民族大義面前也不能分清是非。抗戰勝利後，人民要求嚴懲漢奸的呼聲很高，汪精衛已經死了，周佛海與陳公博便成為最大的漢奸，當時這兩人已被國民黨有關部門關押起來，全國人民都一致要求儘快將陳、周兩大漢奸處決。
周佛海的妻子楊淑慧為了使周免於一死，專程找到陳立夫，希望得到他的幫助，陳立夫念周佛海反共有功，竟然為周出具一張證明，要楊淑慧拿著這張證明去找蔣介石，證明上寫著：「周勝利前一年所表演者，全能按照第三戰區之預定計劃……在京滬一帶暗中佈置軍事頗周密，勝利後，使江浙兩省不致陷於共黨之手，國府得以勝利還都，運兵至華北各地，不無微功。如蒙鈞座開恩，免其一死……」後來，楊淑慧將此證明託陳布雷轉呈蔣介石，蔣介石果然以國府主席名義，下令把周佛海的死刑減為無期徒刑。可見，陳立夫的證明是起了一定作用的。
撕破假面具
根據重慶談判中國共產黨和國民黨雙方簽訂的《會談紀要》規定，1946年1月10日，在重慶召開了政治協商會議（舊政協）。這次會議是在全國人民要求和平民主的呼聲中，在中國共產黨和其他民主黨派的堅決鬥爭下，以及國民黨發動全國內戰尚未準備就緒的情況下，蔣介石被迫同意召開的。
對於召開政協會議，二陳是堅決反對的。陳立夫多次提醒蔣介石，不可上了共產黨的當，召開政治協商會議對國民黨沒有好處，後來為形勢所迫，他才沒再說話。當時國民黨根據協商規定的名額，派出了8名代表參加會議，蔣介石為了加強國民黨代表團的陣容，委派陳立夫為政協代表，於是，陳立夫躊躇滿志地參加了會議，他以為憑著他手中的權力，憑著國民黨各方的優勢，就可以在會上壓服共產黨，服從他們的意志，達到他們利用政協會議，削弱共產黨和其他民主黨派力量的目的。
陳果夫沒有陳立夫那樣樂觀，他對召開政協會議憂心忡忡，會議開幕那天，他不顧長期臥病的身體，竟然起了床，經過認真考慮後，便拿起筆來給蔣介石寫了一封信，信中武斷地聲稱：‘政治協商會議必無好結果。且無論如何，共黨已得到好處，本黨已受害」，他還以法國為例，告誡蔣介石，不能聽從共產黨提出的廢除一黨專政的主張，說：「中國如行多黨政治，照現在黨、政、軍均未健全之際，頗有蹈覆轍之可能。請臨崖勒馬，另行途徑。並勸美國勿誤中國並以自誤為幸。」
蔣介石看信後，陷入深深的沉思，他認為陳果夫信中所說的確是忠臣之言，但又笑他長期患病在家，不瞭解外面的形勢，竟如此迂闊。陳果夫確實不瞭解蔣介石的真正用心，蔣介石同意召開政協會議，除了為形勢所迫外，其主要目的是企圖通過政協會議，達到剝奪與消滅中國共產黨所領導的解放區政權和人民軍隊的目的。因此，還在政協會議開幕之前，蔣介石就為會議定下了基調：「至於針對共方，若準其成立地方政權，不如準其參加中央政府，只要其共軍受編與恢復交通，至其政治上之要求，決儘量容納之。」他準備在會議上採取一切手段與方式，達到這一日的。當然，蔣介石也考慮到，萬一會議不按他的意志去辦，通過了不利於國民黨的決議和路線，他認為也沒什麼了不起，國民黨大權在握，是絕對不會受其制約的。
中國共產黨儘管知道蔣介石並無合作的誠心，也無和平的誠意，但還是派出了以周恩來為首的代表團參加會議，並利用政協會議這個合法的形式進行合法的鬥爭，力爭取得最大的勝利。
會議開始後，國共雙方即展開了激烈的爭論，爭論的焦點仍然是重慶談判中所沒有解決的兩個主要問題，即所謂軍隊國家化和政治民主化的問題。
關於軍隊問題，陳立夫與張群等人仍然堅持「首先軍隊國家化，然後政治民主化」，這一主張即受到中共的反對，周恩來認為，現在的政府還是一黨專政的政府，把人民的軍隊交給政府，實質上是交給國民黨，人民的軍隊就會變成國民黨的軍隊。周恩來堅持政治民主化是軍隊國家化的前提條件的原則立場，提出了軍事改革12條建議，為了爭取和團結中間派的絕大多數，中共作出重大讓步，提出「政治民主化」與「軍隊國家化」應同時進行，沒有先後。通過激烈的爭論，最後達成了折衷的協議，確定了軍隊屬於國家、軍黨分立、軍民分治的原則及「以政治軍」，「公平合理地整編全國軍隊」的辦法。陳立夫等要求中共將軍隊交給國民黨的企圖沒有實現。
關於國民大會問題，圍繞十年前國民黨包辦選出的舊代表是否有效問題，一黨專政還是多黨制問題，關於憲章問題等，展開了激烈的爭論。會上，陳立夫十分活躍，相伴一生的人，在共同慶祝他們87歲的鑽石婚。他多次發言，頑固地堅持舊代表仍然有效，堅持在中國應實行一黨專政的政治制度等。中國共產黨和民盟的代表都認為1936年選出的代表是國民黨一黨包辦的，是在國民黨控制下選舉的，對此，陳立夫迫不及待地起來發言，為其專制行為進行辯解，他說：「有人批評國大選舉法有指定代表為不民主，其實中國要進至民主，還要相當時間。」中共代表鄧穎超當即起而駁斥陳立夫，她認為中國的民主化程式固然要一定時間，但即使在現在的中國，指定代表本身是不民主，也是不必要的。
陳立夫仍然進行狡辯，說什麼「中國的國情是很多有能力有地位人士尚清高而不願競選，須三顧茅廬去請，故指定代表有其必要。」陳立夫的頑固態度引起與會代表強烈不滿，中共代表陸定一據理反駁，他說：「陳先生認為，中國人民有不願參加競選的習慣，這在某些老先生中或有些事實，但數量很少。相反，曾琦先生昨天就曾說，當時青年黨是放棄競選的，中共更是被迫無法參加競選。如果中共有好環境，會不參加競選嗎？要說國情，國情主要的是在這裡。許多政黨都願競選，滿足這一要求很重要。」陸定一說的句句在理，句句是實，陳立夫再也無話可說。
關於實施什麼政治制度的問題，陳立夫仍然堅持國民黨一黨專政的獨裁統治，還美其名曰是學習蘇聯的辦法，他振振有詞地說：「國民黨以黨治國是效法蘇聯，今天大家以多黨制的理論來批評一黨制，那是什麼也不能解決的。大家要認識一黨制的實際情況。」同時，他還攻擊中國共產黨解放區的三三制政權，說他們國民黨代表在國大代表中所佔的比例比中共所說的「三三制」還要少。對此，中共代表陸定一反駁道：「國民大會舊代表的名單已經發表，據說國民黨員佔過半數，加上當然代表與指定代表合計起來，如說國民黨代表在國民大會中的數目比‘三三制’下中共黨員在民意機關中所佔人數要少，這是難以相信的。」陸定一還說：「我們認為蘇聯制度的特點是使無權的工農知識分子有權。國民黨學習這一制度，如能使工農知識分子有權，那要不勝感謝，而事實確是大家所共見的。」陸定一強調：「蘇聯並不是一切事情由黨包辦，而是由黨領導人民工作。在中國則一黨專政是辦不通的，中國只應實行多黨政治。」陸定一還回顧了過去國共兩黨合作的歷史，指出：「在大革命到抗戰中，國民黨有其功績，但所以有其功績，乃因兩黨或多黨合作」。陸定一的發言得到多數代表的贊成，陳立夫一時無辭辯解，十分狼狽，好半天不再說話。
在中國共產黨和各民主黨派、無黨派人士及國民黨內民主分子的努力下，政協會議通過了和平建國綱領，以及關於軍事問題、關於憲法草案問題、關於政府組織問題、關於國民大會問題等五項協議。協議的種種規定，雖然還不是新民主主義性質的，但它有利於衝破蔣介石獨裁統治和實行民主政治，有利於和平建國，因而在相當程度上有利於人民，有利於中國共產黨，受到人民的歡迎，受到中國共產黨的歡迎。在很長一段時間內，協議成了廣大人民衡量是非的重要尺度：誰能堅持政協路線，誰就得人心；誰要破壞政協路線，誰就不得人心，就把自己置於同廣大人民群眾對立的地位。
對於政協會議的成功，二陳十分沮喪，卻又奈何不得。陳果夫在病床上得知政協會上的情況及閉幕的訊息後，深感大勢已去，他撫今思昔，長長嘆息道：「因黨的組織不如人，致受共黨甚至其他無人之黨之欺凌侮辱，實在無以對前輩、無以對死者。」這位國民黨的黨務專家似乎已經感覺到了國民黨記憶體在的諸多問題，開始面對現實，但他又不能回答國民黨為什麼存在這多問題的癥結所在，以及找到如何醫治這些癥結的辦法，他希望蔣介石今後「應道之以德，齊之以禮，不宜專道之以政，齊之以刑也」。陳果夫的意思十分清楚，他希望蔣介石能採用一手執刀，一手執禮的辦法，而不宜完全用武力鎮壓人民。他已經開始認識到，武力鎮壓，對共產黨和人民來說並不是萬能的。
與陳果夫不同，陳立夫根本不願承認國民黨自身的問題，他還是有恃無恐，根本不把民意放在眼裡，決心和人民作對到底。政協會議後，他去見蔣介石，領取指示。蔣介石表示，「我對憲草也不滿意，但事已至此，無法推翻原案，只有姑且通過，將來再說」，命令陳立夫等對政協協議「就其犖犖大端，妥籌補救」。他們經過密謀後，決心撕毀政協決議，以武力和恐怖對待共產黨和廣大人民。
還在政協會議召開時，陳立夫就密令國民黨重慶市黨部和cc派特務密切注視共產黨及各黨派的活動，在他的指令下，特務們無法無天，到處製造事端。當陪都各界協會在滄白堂連續舉辦講演會時，國民黨特務就在會場起鬨以至動手打人，使會議無法進行下去，造成滄白堂事件，受到社會各方面人士的憤怒譴責。
政協會議閉幕後，為了鞏固會議成果，促使政協會議所通過的決議迅速貫徹實施，重慶各界二十餘團體準備於2月10日在較場口廣場舉行慶祝政協成功大會。中國共產黨和各民主黨派負責人，各界知名人士都準備參加大會，人們情緒之高，會議規模之大，社會名人出席之多，是當時罕見的。
慶祝政協成功大會的訊息釋出後，陳立夫如坐針氈，他急忙找陳果夫商量，這時，陳果夫也顧不得什麼「道之以德，齊之以禮」了，兄弟倆通過密謀策劃後，準備實施徹底性的破壞。後來發生的較場口事件，完全「為cc方面所為」，是「中統局所主使」。
經過密謀商定後，陳果夫也不顧體弱多病了，他與陳立夫一起乘小車急赴林園，向蔣介石報告。蔣介石坐在沙發上，半閉著眼睛，聽完兄弟倆關於如何破壞會議的整個方案後，半晌也沒有說話，陳立夫急了，再次追問方案是否可行，蔣介石睜開眼睛，看了他們一下，又閉上眼養神去了。二陳知道，再問也是無益，只好告辭退出。陳果夫心裡十分清楚，蔣介石對這類事情，如果不置可否，便是默許，他要陳立夫抓緊時間，趕快去佈置，儘量做到天衣無縫。
陳立夫回來後，便親自出馬，召集國民黨重慶市黨部主任委員方治、中統局副局長葉秀峰等人面授機宜。2月6日，陳立夫正式向特務們發出捕令，要以「民眾對民眾」的方法來破壞各界人士舉行的慶祝大會。方治、葉秀峰接到命令後，即開始緊急佈置。2月8日，方治召開重慶市黨部第20次臨時執委會，傳達了陳立夫破壞大會的指令，並對此專門進行研究。通過密謀後，作出四項決定：（一）轉變會議內容，設法推出劉野樵為大會總主席，派擅長辯論的國民黨員參加講演。（二）把握會場情緒，發動國民黨員、三青團員及社會服務隊隊員共600人參加大會，黨員200名由市黨部組織科負責發動，團員200名由陳介生幹事長負責發動，社會服務隊隊員200名由徐鳴亞委員負責發動。（三）請警察局派警察到場維持秩序，逮捕人犯。（四）遴選幹練的人擔任大會司儀，控制擴音器，參加大會的黨、團、隊員應於10日上午8時前到達會場，環立主席團前，保護「主席團」之安全。隨後，國民黨重慶市黨部還東拼西湊，搞了個所謂9人的主席團，並恢復了早已停刊的《新蜀夜報》，作為進行破壞的宣傳工具。
與此同時，葉秀峰也遵照陳立夫的旨意，調動大批中統特務，進行了佈置，作好了一切行動準備。
2月10日這天，大會定於9時半在較場口廣場舉行。但8時剛過，國民黨御用組織市農會常務理事劉野樵、市教育會理事吳人初、市商會代表周德侯、市中醫師公會理事長李森普、市婦女會常務理事傅伯群、市會計師會理事古鋒、市總工會理事長譚澤森、市律師會會長張晃、市黨部科長龐儀山等，糾合特務打手共800多人，提前進入會場。以20多人為一組，分30多個組，分佈在主席臺下四周，還拉來一個未經大會聘請的軍樂隊坐在主席臺上。劉野樵等人氣勢洶洶地跑上主席臺，霸佔了講臺。
當大會總指揮李公樸、大會籌備委員章乃器、施復亮、馬寅初、郭沫若等來到主席臺時，劉野樵等人便對李、章等人破口大罵，事先佈置好的臺下特務一擁而上，對李公樸、章乃器拳打腳踢，頓時臺上臺下秩序大亂。儘管到會群眾竭力維持秩序，由於特務們事先準備了鐵條、磚頭等兇器，蓄意製造事端，到會群眾當場負傷和失蹤達60多人。李公樸頭部被鐵尺打傷，馬寅初的馬褂被剝去，文稿被搶走，年近七旬的沈鈞儒被暴徒追逐，一些記者也遭毒打。中國共產黨代表周恩來到達會場時，特務們已經大打出手，會場已是一片混亂。目睹慘狀，周恩來不勝悲憤，連聲痛斥：「這是什麼國家！」
群眾離開會場後，特務們繼續在場上吵吵鬧鬧，冒充大會的名義，通過所謂「宣言」，大肆攻擊《政協決議》，攻擊中國共產黨。然後，將會場上的布標、旗幟、桌凳搶掠一空。這就是蔣介石、陳立夫一手製造的較場口血案。
較場口血案後，陳立夫完全撕破了和平民主的假面具，公開指揮中統特務在全國各地進行破壞活動。
2月22日，國民黨cc派特務衝入北平軍事調處執行部，在中共辦公室進行搗亂。
2月23日，由陳立夫所指揮的100多名cc派特務在光天化日之下，闖進重慶新華日報社，「將營業部四層樓各室徹底搗毀，門窗桌椅，蕩然無存，杯碗爐灶，片物不留，書籍報紙，逐一撕毀……而本報營業部主任楊黎源，圖書科主任徐君曼及職員管佑民等橫遭兇毆，身負重傷」。
6月中旬，上海各界人士鑑於蔣介石已決心發動內戰，聯合發起組織上海人民和平請願團，由馬敘倫、胡厥文、鬍子纓、雷潔瓊等為代表，於6月23日赴南京請願。當代表到達南京下關車站時，陳立夫早已佈置好的中統南京實驗區的特務蜂擁而上，對代表圍攻毆打，致使馬敘倫、雷潔瓊等多人受傷，釀成下關慘案。中共代表團當夜知道訊息後，即向國民黨提出嚴重抗議，要求查辦兇手，保障人權。第二天，京滬各報紛紛報道，全國譁然。事情鬧大了，蔣介石將陳立夫找去訓斥了一頓。陳立夫回來後，也埋怨葉秀峰計劃不周，不應該傷人，使事態擴大。並要葉秀峰處理善後事宜，葉秀峰只得找了兩個替罪羊，扣押了兩個月，等風頭一過，即放了出來。
二陳的特務政治鬧得民怨沸騰，民變蜂起，後來，就連國民黨內一些稍有正義感的人士都對陳立夫不滿，甚至美國人馬歇爾也指責陳立夫為「反動分子」。陳立夫卻毫不在乎，他鑽牛角尖是鑽到底了。
局勢已被瓦解
蔣介石雖然指示二陳破壞政協決議，迫害共產黨和進步人士，但對他在政協會議上曾經信誓旦旦許下的諾言卻不敢公開耍賴。當時，蔣介石迫於國際國內的形勢，在政協會議上許下了四項諾言，其中第一項便是取消特務政治，保證「司法與警察以外機關，不得拘捕、審訊及處罰人民」。政協會議後，隨著特務在各地的肆意橫行，更加激起人民極度的不滿，全國上下都一致要求蔣介石儘快實行他的諾言，特別是諾言的第一項，取消特務政治，還人民以民主自由。
蔣介石對於他賴以進行獨裁統治的有力工具——特務機構當然不會輕易放棄，陳果夫與陳立夫更是難得割捨。隨著時局的發展，他們反共反人民的態度越來越頑固，陳立夫公開叫嚷：「國民黨不能允許共產黨並存」，既然如此，他們必須牢牢掌握特務這一反共反人民的工具。
一方面是人民的呼聲，包括來自國際方面的壓力，要求取消特務政治；一方面是蔣介石本人，包括陳果夫、陳立夫，企圖保留特務勢力。蔣介石十分為難，他必須想出個兩全之策才能應付過去。1945年底，蔣介石下達手令，指定張道藩、餘井塘、戴笠等人組成一個7人小組，由陳立夫主持，共同研究對策，以決定中統、軍統兩大特務系統的去留。
這幫中統、軍統的頭面人物經過反覆密謀後決定：將兩大特務機構改頭換面地完整儲存下來。軍統改為保密局，隸屬於國防部下；中統則改為類似美國聯邦調查局那樣的機構，隸屬於司法部。
這一方案提出後，蔣介石表示同意，因為它既可以蒙哄廣大人民，又可以保留特務力量，實在是偷樑換柱的好辦法，因此，他即批准施行。在施行過程中，軍統方面比較順利，而中統方面，卻頗費了一番周折。當時國民黨元老、司法院長居正堅決反對中統隸屬司法部。陳果夫與陳立夫一時沒有辦法，只好找內政部長張厲生協商，擬將中統局改為調查局，隸屬於內政部下，張厲生原屬二陳的老部政壇歸來，頓感滄桑。再次執鋤，曾經滄海難為水。下，不敢得罪二陳，只得同意，但提案送到立法院後，受到許多立法委員的反對，這個方案只好擱淺。二陳到處碰壁，滿腹怨氣，卻又無可奈何，只好再次密商，提出第三種方案，將中統局仍舊放在黨務部門，改稱「中央黨員通訊局」，表面任務只是負責國民黨中央和普通黨員間的聯絡。由於二陳在國民黨內還有勢力，這個方案沒有碰到什麼阻力，便得到通過。
1947年秋天，國民黨中央下令撤銷中統局，同時成立「中央黨員通訊局」，直接隸屬於國民黨中央秘書處。
此時，陳立夫已卸任國民黨中央組織部長，擔任了中央政治委員會秘書長，他便一心經營中央黨員通訊局，局本部的人事由陳立夫一手安排，他完全以原中統的班底為基礎，只是略加調整：局長葉秀峰、副局長郭紫峻、季源溥；主任秘書王述先，秘書萬大鋐、潘澤筠；總務處處長韓克溫；指導處處長杜衡，副處長黃九成；研究處處長徐兆麟，副處長王惟理；黨政處處長王秀春；特種經濟調查處處長鄭堯柈；登記處處長張國棟；交通處處長王勁；人事室主任劉光煜；會記室主任郭功豐；督察室主任王保身，副主任霍志瀲；訓練委員會主任蔣靜一；紀律審查委員會主任王述先（兼），副主任馬紹伯；專員室人員無定額，由局長直接領導。在秘書處下設有三個室：機要室，主任原汾；譯電室，主任陳真；密電研究室主任武子明，副主任陳文彬。原中統局所屬各省黨部的調查統計室，也相應改稱省黨員通訊室，其組織與人事均無變動。這樣，中統局從表面上看是取消了，實際上，這個龐大的特務組織在二陳的精心安排下，以改頭換面的辦法完整地保留下來。
對於蔣介石、對於二陳來說，這個辦法當然是再好不過的了，只是有一個實際問題，卻是難以解決，即經費問題。中統改為中央黨員通訊局後，龐大的經費仍由黨部開支，而當時國民黨內機構林立，組織臃腫，開支浩繁，蔣介石既然要實施所謂的憲政，也得裝一下樣子，即國民黨的經費不能從國庫開支的太多了，這樣一來，國民黨也就養不起二陳的這一大幫特務了。
為了解決這一問題，陳立夫經過考慮再三後，想出了一個本著「溶黨於政」的精神、設立外延單位的辦法，即將中央黨員通訊局局本部無法容納的部門和特工人員採取化整為零的辦法，一部分一部分地安置到行政機關，以「集體轉業」的辦法，在行政機關裡增設機構，由中統高階特務直接控制、中央黨員通訊局幕後指揮，成為黨員通訊局與行政部門「一子雙祧」的特殊機構，這種機構被稱為局本部的外延單位，當時主要有三個：
（一）國民政府主計處統計局第六、第七科。主計處本來是為cc派所控制的部門，其主計長陳其採是陳立夫的叔父，統計局局長吳大鈞又是陳立夫的留美同學、cc派的骨幹，所以陳立夫一提出在主計處增設單位的主張，馬上為陳其採所採納，吳大鈞也同意在他的局下增設。於是，在統計局原有五科之外增設了第六、第七兩科，這兩科從科長到辦事員，均由陳立夫委派中統特務充任，王宗梧任第六科科長，張義城任第七科科長，另派原中統局第三處處長王秀春任統計局幫辦，統率新成立的兩個科。第六科的公開業務為行政效率統計；第七科的公開業務為施政成績統計。在地方各省市，也如法炮製，增設相應的單位，以同樣的辦法安插特務。所有安插在主計部門的人員表面上做著行政統計的一般業務，實際上，均從事「黨政情報」的特務工作。
（二）內政部人口局第四處，當時cc派骨幹張厲生任內政部長，陳立夫提出在內政部建立外延單位，即得到張的支援，於是，張厲生將該部新設立的人口局劃出第四處給陳立夫。陳立夫便派原中統局秘書張國棟率30人前往任職，張國棟任人口局局幫辦兼第四處處長，下轄三個科，分別由周汝唐、李道生、劉國剛任科長，其公開業務是人口政策的研究和人口問題資料的蒐集，秘密任務則是黨派人事登記，特別是對共產黨、民主黨派、進步人士進行檔案登記編卡，供蔣介石反共之用，這個處在各省市無下屬單位。
（三）經濟部特種經濟調查處。1947年，國民黨公佈「行憲法規」後，選任了國民政府委員和五院院長，青年黨負責人李璜謀得了政務委員和經濟部部長職位。陳立夫便找到李璜，要求在經濟部設立外延單位，李璜一方面想巴結陳立夫，另一方面又不願cc派勢力滲透到經濟部，開始不同意，經討價還價，達成協議，在經濟部增設一個特種經濟調查處。陳立夫派中統特務鄭堯樺為處長，趙毓麟為秘書。青年黨派姚仲良為副處長。該處下轄四科一室，其中三個科長由陳立夫安排，容納中統30人，另外一科一室人員由青年黨安排。該處公開的業務是調查非法經濟活動，取締黑市、走私和囤積居奇等。秘密任務則是收集中共情報，對解放區實行封鎖禁運、攔截運往解放區的物資。這個處在全國一些重要經濟中心和交通樞紐如武漢、廣州、太原、開封、重慶等城市都設有辦事處、調查站，人員均由陳立夫從中統特務中選派。
這些外延單位形式上隸屬於行政部門，實際上直接由陳立夫領導，而且在中央黨員通訊局內都有自己機構的名稱，如主計處第六、七科為「黨政調查處」，內政部人口局第四處為「人事登記處」，經濟部特種經濟調查處與在中央黨員通訊局的名稱完全相同。這些單位雖有表面的行政業務，而主要卻是執行中央黨員通訊局的秘密任務，即在行政機關掩護下從事特務活動。
由於國民黨標榜行憲，在「中央黨員通訊局」時期，中統局的機構和人員雖然原封不動地保留下來了，但特務們畢竟不能像以前那樣肆無忌憚地進行破壞了。「黨通局」的活動主要是通過各級「特種會報」聯合執行，陳立夫本人更是居於幕後進行策動。其具體措施是滲入、控制各級「會報」機構，提供情報，擬具對策，提供黑名單，參加聯合逮捕，或者在捕後移送「會報」處理執行。
所謂「特種會報」是國民黨黨、政、軍三方面統一步調，聯合反共的一個組織、指揮和決策機構，它始於抗日戰爭時期的1941年，原為「黨政軍聯席會報」，抗戰勝利後改名為「黨政軍幹部聯席會報」。「特種會報」分甲乙丙三種（即三級），召集人和參加人各不相同，各級會報定期舉行或臨時召集，會後的日常事務由「聯合秘書處」或秘書處理。「黨通局」的重大破壞活動都是通過「會報」組織來進行的。
1947年下半年，國民黨政府政治、經濟、軍事狀況更加惡化，蔣介石為了作最後掙扎，下達了「戡亂動員令」。9月27日，蔣介石將陳立夫等人找去，召開了秘密會議，命令特務們在「戡亂動員令」下達後，要配合軍警憲對共產黨人、愛國民主人士進行鎮壓和迫害。陳立夫領旨回來後，即通過「中央黨員通訊局」向全國的cc特務下達了反共命令，要求各地特務儘快行動，將當地活動的共產黨人和進步人士列入黑名單，與軍警憲聯合行動，將其逐一實行逮捕。
於是，特務們紛紛行動，採取各種方式進行調查、偵探、登記，致使全國大約有6萬多人列入黑名單。僅10月1個月，在上海等8個城市就有2100多人被殺害，如浙江大學學生自治會主席於子三就於10月29日被殺害於獄中。因浙江大學是京滬杭地區學生運動的重要陣地之一，陳立夫對浙大十分注意，他多次電令cc派骨幹，國民黨浙江省黨部委員羅霞天將浙大作為重點破壞目標。羅霞天認為於子三是個重要人物，將他搞掉，可以給共產黨以重大打擊，於是，派出特務將於子三逮捕，並在浙江省保安處秘密殺害。1948年，中統天津區長郭乾輝向「特種會報」提供黑名單，並參與行動，在南開大學逮捕進步學生10多人。中統四川負責人先大啟向「會報」提供黑名單，一舉逮捕進步人士30多人。1949年，中統特務先大啟再次向「會報」提供黑名單，並派行動員陳國榮等參加行動，在成都逮捕石室中學教師劉駿達等多人。
這些恐怖的特務活動，都是由陳立夫幕後所指揮。他表面上道貌岸然，說中統已經解散，中國不存在特務政治了，實際上，特務政治一直伴隨蔣家王朝走向窮途末路，而且越是到失敗之際，越是作困獸之鬥。「中央黨員通訊局」這塊招牌無論怎樣冠冕堂皇，也掩蓋不住中統犯下的罪惡。
資本輸光了
1948年，中國形勢發生根本性的變化。人民解放軍在全國範圍內發起更大規模的攻勢，國民黨軍隊被迫由「全面防禦」轉為「重點防禦」，分別龜縮在東北、華北、西北、中原、華東五個戰場上而一籌莫展。同時，南京國民政府在經濟上、政治上也陷入全面危機之中。在此情況下，蔣介石為了穩定人心，裝出要「行憲」的樣子，匆匆召開了所謂「行憲國大」，經過一番劇烈的明爭暗鬥，蔣介石當選為總統，李宗仁當選為副總統。陳立夫也居然當選為立法院的副院長，這年年底，他還兼任了行政院不管部部長，官運雖然亨通，只可惜蔣介石的政權已處於風雨飄搖中，他的高官也當不了幾天了。
蔣介石當了總統，不得不玩弄一些「還政於民」的把戲，實施所謂「憲政」。但實施憲政後，國民黨的黨務經費就不能再在國庫開支了，龐大的中央黨員通訊局這個包袱太大，儘管陳立夫搞了些外延單位，最終不能解決根本問題。因此，黨員通訊局不得不再次改組。
這時的陳立夫由於當上了立法院副院長，對黨員通訊局的改組他積極贊成，並很快付諸行動。但對於中統這攤人馬，他是絕對不會放棄的，他仍然採取上次的辦法：換湯不換藥，將中統想辦法塞到行政部門去，以解決經費問題。陳立夫通過與中統骨幹幾次密商後，決定在內政部下設調查局，將中統組織全部塞進局內，而「中央黨員通訊局」的名稱仍然保留，只是成為一個單純黨務機構，而中統全班人馬則從黨通局移到內調局。
晚年的蔣介石看「光復」大陸的夢想遙遙無期，聊度寂寞時光時，便又想起了那些曾經為他不辭勞苦的功臣們。這一計劃提出後，即得到內政部長張厲生的同意，在立法院討論時，陳立夫吸取上次擱淺的教訓，這次他以立法院副院長的身份，動員了一些cc派及與cc派親近的立法委員施加影響，才勉強通過。
1949年5月，內政部調查局在廣州正式成立。其局本部及下屬各級分支機構的官員和工作人員，均由陳立夫一手安排。
內政部調查局按規定設局長一人，陳立夫便委派老牌中統特務季源溥擔任；副局長一人，陳立夫原準備讓黨通局副局長王保身擔任，但後來內政部長張厲生下臺，李漢魂當了部長，他也想插一手，便推薦桂系的張益民任副局長，陳立夫為應付新的形勢，只好答應。局本部設四處二室：第一處為指導處，處長張慶恩，副處長朱凌雲，第二處為研究處，處長徐政，副處長黃九成；第三處為交通處，處長蘇恕誠，副處長袁更；第四處為總務處，處長陳慶齋，副處長朱韻濤；人事室主任李裕德；會計室主任王大光。
局本部建立後，分別在各省市設立調查處，規定各調查處設處長一人，副處長一人，秘書一人，調查處下一般設三個科，分管與局對口的各種事務。另外，還在貴陽、重慶、海口、華北、臺灣五個地方設立了辦事處。內政部調查局就這樣開張了。
內調局可以說生不逢時，它成立的時候，人民解放軍已經打過長江，南京宣告解放，各路大軍正向中南、西北、西南各省勝利大進軍，迅速消滅殘餘敵人，解放廣大國土，在這種情況下，廣州城裡一片混亂，國民黨大小官員都在打點行裝，紛紛準備飛臺灣、跑香港、逃海外。陳立夫在這亂世之中，所能做的工作也只是收拾殘局了，因此，內調局成立後，其主要工作，便是著眼於大陸解放後的潛伏和破壞活動。
陳立夫在與內調局長季源溥反覆商量策劃後，主要辦了三件事：第一，派第一處副處長朱凌雲到香港去，籌辦潛伏特務訓練班，他們計劃以香港為據點，陸續派特務到這裡受訓，訓練後再派遣回大陸實施破壞。第二，派中統骨幹黃雨青到華北去，與當地中統特務取得聯絡，準備在綏遠或者北平建立華北潛伏據點，然後就地派遣特務，在華北地區進行潛伏破壞活動。第三，將情報活動的重點從大陸轉移到大陸周圍的東南亞一帶地區，陳立夫認為，隨著大陸的解放，大陸共產黨的情報對於他們是十分重要的，在東南亞一帶建立情報據點，可以對大陸造成一個情報包圍圈。陳立夫與季源溥特擬定了一個計劃呈報蔣介石，蔣看後甚為讚賞，特撥出10萬銀元作為經費，要他們儘快將情報點建立起來。後來，隨著人民解放戰爭的勝利進展，陳立夫的這些設想，有的成為泡影，有的雖然進行了籌辦，也因種種原因而沒有辦成。
此時，人民解放軍已解放上海、橫掃江浙、進軍閩南、逼向廣州，國民黨政府只好西遷重慶，陳立夫知道大勢已去，他一方面派季源溥到臺灣去建立內調局局本部，另一方面派副局長張益民急飛重慶，儘快籌建內調局大西南指揮中心。張益民到重慶後，經過很大努力，工作卻不見成效，因張益民屬桂系，cc派人物都不太聽他的話，所以內調局大西南指揮中心始終沒有建立起來。後來，張益民搞了個「西南遊擊區」的計劃，他委派一些中小特務到各縣去發動當地惡霸勢力和中統外圍組織，建立反共遊擊軍和游擊根據地，但他們的計劃還沒付諸實施，人民解放軍已經兵臨重慶，重慶陷於一片混亂。
為了穩定人心，陳立夫於1949年10月與國民黨社會部部長谷正綱一同坐飛機來到重慶。因局勢緊張，社會秩序混亂，陳立夫到重慶後深居簡出，不肯隨便露面。內調局重慶調查處處長王難三來見他，表示要舉行一個盛大歡迎會，讓他和調查處工作人員見見面，講講話，陳立夫即沉下臉來，冷冷地說：「時局如此艱難，大家都有很多事情要做，不必要搞歡迎會，只須找個較為清靜的地方，同大家見見面，談談心。」並再三囑咐王難三，會議規模不要大。他有他的考慮，局勢一天天緊張，如大張旗鼓地開什麼會，影響也大，於他自己的安全不利。
遵照陳立夫的囑咐，王難三將宴會地點選在江蘇同鄉會舉行，由重慶皇后餐廳承辦六菜一湯的湖北菜，而且嚴格控制宴會規模，參加人員除了內調局科級以上人員與重慶調查處骨幹分子外，還有重慶市黨部委員和重慶市參議員中的cc派分子以及立法委員，國大代表中的cc派分子，總計人數不超過100人。
這天，陳立夫準時來到江蘇同鄉會，他知道自己是為穩定人心而來重慶的，應該有一種「驟然臨之而不驚」的氣概，因此，他不時和一些人談家常，談地方風土人情，儘量裝出輕鬆自如、若然無事的神態。宴會開始時，他站起來，向大家發表演說，他說話很慢，聲音也不大，再也沒有了以前那種咄咄逼人的氣勢，他從國內的局勢談到國際形勢，他說美國原來的政策是「先歐後亞」，現在由於中國形勢發生變化，「先亞後歐」的論調抬頭了，這樣看來，美國是決不會放棄中國的，一定會以各種方式支援國民黨的。根據國際形勢的發展，第三次世界大戰在短時期內一定要爆發，世界大戰一爆發，美國就會介入中國戰爭，國民黨就會轉敗為勝。因此他要求在座的人都留在大陸，作好準備，迎接第三次世界大戰的到來，作復興黨國的中堅。陳立夫的話只是在少數特務中引起了波動，他們真以為美國會支援他們，也真以為第三次世界大戰會爆發，蔣介石會打回來，便決定死心塌地為蔣家王朝賣命。但多數特務都耷拉著腦袋，心猿意馬，各打各的算盤，不怎麼理會這位黨國要人的精神訓話，陳立夫看到這場面，也覺無趣，便話鋒一轉，草草結束了他的講話。
在重慶的幾天，陳立夫再也沒有公開露面了，他行動詭秘、行蹤不定，有時出入一些特務據點，有時找來特務面授機宜。他知道內調局在大陸已經是壽終正寢了，要緊的是在重慶留下幾個通訊點，將來能與臺灣聯絡通報。為此，他找來渝調處處長王難三，交給他300美金，指示他選定可靠人員在重慶佈置一部潛伏電臺，以便在大陸解放後發揮作用。他再三強調要選擇可靠人員，王難三按照陳立夫的交代，選定曾任中統重慶區電臺臺長的彭衡負責辦理。並向陳立夫保證，這個彭衡絕對可靠。但就是這個可靠的彭衡，在重慶解放後，即向人民政府自首，交出了這部潛伏電臺。不久，內調局四川調查處、重慶調查處、川康滇邊區調查處即土崩瓦解。
1949年11月23日，人民解放軍開始攻打重慶，內調局副局長張益民倉皇逃往香港，其他大小特務在中統西南區區長徐政帶領下，狼狽逃竄成都。到成都後，誰也沒有心思搞什麼反共計劃了，都各找門路，準備逃跑。
為了收拾殘局，陳立夫壯著膽子飛往成都，他一下飛機，便召集特務進行訓話，給他們打氣，說什麼「只要拖到第三次世界大戰爆發，黨國即可復興」。但他的話再也起不到任何作用了。因為此時，人民解放軍已解放重慶，正以迅猛的速度向成都推進，特務們最關心的是自己的性命，都紛紛要求陳立夫安排他們逃跑，面臨這一大堆特務的後事，陳立夫確實為難了，他知道，運送逃臺的飛機極少，國民黨一些重要人物都難以安排，何況這幫小嘍羅呢？他只得把事情推給蔣介石侍從室主任谷正綱，說成都飛臺灣的飛機全部由谷控制，沒有他的批准，任何人也不能乘飛機，並要求大家鼓起勇氣，堅持到底。
特務們似乎都清醒過來，他們知道此時此刻，陳立夫是不會管他們的了，於是，陳立夫講完話後，特務們便四處奔走，想盡辦法爭取登上飛臺的機艙。由於機少人多，結果，少數逃到了臺灣，多數則被拋棄在大陸，這些中統特務，平時作惡多端，以為準沒命了。但後來，共產黨並沒有殺他們，而給他們以多方面教育，使之獲得了新生。
國民黨內政部調查局在中國大陸只存在了7個月，便隨著蔣介石政權的崩潰而結束了，這個機構的結束，標誌著從國民黨中央組織部調查科開始，以反共起家、危害中國革命、危害中國人民的中統特務系統在中國大陸徹底瓦解、徹底完蛋了。陳果夫與陳立夫在政治上賴以生存的資本也基本輸光了。
天涯芳草迷歸路
陳果夫與陳立夫自恃國民黨槍多人多地盤大，又有美國人的支援，因此，他們竭力反對與中國共產黨進行合作。政協會議後，他仍支援蔣介石撕毀協議，悍然發動反共反人民的內戰，他們以為很快便可以消滅共產黨，實現其獨裁專制的一統天下。
但戰爭爆發後，並沒有按他們的願望發展，恰恰相反，結果是國民黨軍事大潰敗、政治大腐敗、經濟大危機，國民黨內也四分五裂，陷入一片混亂中。以蔣經國為首的三青團派逐漸崛起，企圖以團代黨，這對掌黨的cc派來說，無疑是個嚴峻的挑戰，二陳為此十分不安。
為了解決這一問題，二陳找來一些cc派高階骨幹進行密謀。大家認為，蔣經國的勢力已不容忽視，由於有蔣介石的關係，他們不可能與之爭鋒。最後，大家想出個妥協辦法，即「黨」「團」實行合併，以此消彌三青團與cc派的矛盾，團結一致，共渡難關。在國民黨六屆三中全會上，由龐鏡塘等人提出了「黨與團應統一領導」的提案，這一提案得到蔣介石的贊成，他也認為這是處理黨團矛盾的最好辦法，因為在黨團爭鬥中，他既不願兒子吃虧，也不能沒有cc派，只有黨團合併，雙方妥協，利益均存，才可以消除矛盾。他說：黨團如再不合並統一，「黨與團惟有同歸於盡」。於是國民黨中常會作出決議，「撤銷三民主義青年團，歸併本黨」。蔣介石為了表示他不偏向三青團，他將黨團統一事務交由陳立夫與吳鐵城、陳誠具體辦理。
1947年9月9日至13日，國民黨六屆四中全會暨中央黨團聯會議在南京召開，會議通過了《統一中央黨部黨團組織案》，實現了黨團合併。陳果夫與陳立夫雖然都被選為中央執行委員，但以蔣經國為首的大批原三青團骨幹，卻一躍變成了國民黨中央執行委員和中央監察委員。很明顯，黨團合併加強了蔣經國太子派的勢力，二陳勢力已成了強弩之末，「蔣家天下陳家黨」的時代宣告結束。
晚年的陳立夫，經歷了政治上的大風大浪，又經歷了經濟上的慘敗，他已心如止水，淡泊名利了。時局一天天緊張，呆在上海養病的陳果夫似乎也感到了蔣家王朝末日的到來。1948年的歲末充滿了陰冷、肅殺的氣氛，上海表面上華燈初照，霓虹閃爍，一派歌舞昇平的景象，實際上，國民黨達官貴人都在此清理財產，準備逃往臺灣，到處是亂糟糟的。
國民黨政權江河日下，陳果夫的病情也一天天加重，一些親友都來勸陳果夫到臺灣去養病，他卻故作鎮靜地說：「餘實不能打算私事也。人之生命實不能由自己作主。如其事業可隨便放棄，生命即失卻主宰，餘病多年而不死，即因有事業維繫之故，今如放棄事業，即無命可逃。況此時何能庸人自擾耶？」話雖這麼說，內心並不能安定下來。11月13日，蔣介石高階幕僚陳布雷自殺，這在陳果夫心中也投下了一道陰影，心情越是沉重。再加，每天傳來的訊息都是國民黨軍隊丟城棄地，人民解放軍進展神速之類，陳果夫似乎聽到了由北而南的隱隱炮聲，他開始膽怯了，他開始考慮自己的生命了。11月15日，陳果夫終於拿起筆，向蔣介石寫了一封信，提出要離開上海到臺灣養病的要求，蔣介石很快給予批准。
12月6日晚10時，陳果夫登上中興輪，離開上海前往臺灣。他看著上海灘上那高低明滅的霓虹燈、那參差巍峨的樓宇，想到這一去不知能否再返這十里洋場，再返這生他養他的大陸，腦中不禁湧出了「一任朱簾閒不卷，終日誰來」的詩句，輪船徐徐開動，陳果夫長長嘆了口氣，一股無名的惆悵在襲擊著他的心。
12月7日下午，陳果夫抵達臺灣基隆港口，上岸後，再坐上火車，8日到達臺中市，住進雙十路8號一間公寓，他在這裡度過了一年多的歲月。
蔣介石與二陳都希望通過黨團合併來彌合cc派與太子派的矛盾，但這種形式上的合併卻沒有解決任何實際問題，國內形勢繼續朝著不利於國民黨的方向發展。到1949年1月，國民黨陷入軍事總潰敗、經濟總崩潰、政治總危機之中，在此困境下，美國支援桂系加強了倒蔣活動。蔣介石多次請求美國給予援助，均遭美國拒絕，後又派宋美齡赴美活動，也一無所獲。與此同時，國內李宗仁、白崇禧為首的桂系不失時機地發動了逼蔣下臺的攻勢。
面對重重危機，蔣介石在接連碰壁、走投無路的情況下，於1月16日召開國民黨要人及民社黨、青年黨代表開會，商討對策，一些人主張「政府迅速向中共求和」，邵力子「公然主張無條件投降」。陳立夫也參加了會議，他雖然堅決反對投降，要求大家團結一致，堅持到底，但卻是色厲內荏，他對目前的形勢也沒有把握，認為在此情況下，蔣介石已無能為力，他的下野只是時間遲早的問題了。
1月9日，國民政府行政院舉行政務會議，決定「願與共方先行無條件停戰，並各指定代表進行和平談判」。與此相呼應，社會輿論一致提出「非蔣介石下野，則和談不能進行」，時局至此，蔣介石深感大勢已去，無法挽回，便於1月21日發表「引退」宣告，提出「於本月21日起，由李副總統代行總統職權」，隨後回奉化溪口老家。
蔣介石的下野，使二陳似乎已看到了國民黨的最後失敗，也感到自己失去靠山，行將走向末路，因此他們深感痛心。
正在臺灣養病的陳果夫得蔣介石下野的訊息後，十分感慨，他在日記中寫道：「蔣先生第三次下野。前二次均有外敵侵入，一般人因而覺悟。這次共軍必更深入無疑，而各報對蔣先生之退並無惋惜之口氣，人心如此，有何公理。」他對逼蔣下野的李宗仁等桂系人物十分憤慨，認為他們為了自己私利而不顧黨國的前途。陳果夫錯誤地認為，造成今天這種狀況的主要原因是美國插手，「欲過問中國事，竟使中國淪人共黨之手，此時雖覺悟，亦已遲矣。」陳果夫始終也不明白，他們之所以失敗，是違背了人民的意願，違背了歷史發展的趨勢，因而，不管是美國的支援也好，還是蔣介石重新上臺也好，都不能挽救其失敗的命運。
二陳雖然對蔣介石的下野痛心疾首，表示自己的忠心，但蔣介石並不感激他們，相反，他認為是二陳壞了他的事。是二陳操縱黨務，培植cc派系統，使黨內派系重重，矛盾迭出；是二陳搞特務政治，激起天怨人怒，才導致了他的失敗。蔣介石根本不願承認所有這些都是他縱容二陳搞的，他把一切罪責全推到了二陳身上。21日，當蔣介石發表引退宣告後，準備乘飛機離開南京時，陳立夫等人為了表示自己對蔣的忠心，前往送行。只見蔣介石鐵青著臉，見了陳立夫，氣不打一處來，厲聲說：「共產黨沒有打敗我，打敗我的是自家的國民黨。」陳立夫見此，便低下頭，不敢再說話。蔣介石還覺不解氣，用手指著陳立夫的臉，氣沖沖地說：「就是你們一班人」，並憤憤地發誓，再不入中央黨部的大門。這是陳立夫跟隨蔣介石20多年來，蔣介石第一次在他面前發脾氣。陳立夫在眾人面前被罵得面紅耳赤，無地自容，呆在那兒半晌也說不出話來。
回來後，陳立夫想起被蔣介石痛罵的情景，又是委屈，又是惱恨，心想自己的一切行動都秉承蔣介石的意旨，要說錯，首先應錯在他老蔣，想不到他下臺後，一股怨氣都發在自己身上，真是晦氣。他飯也不吃，矇頭便睡，好些天都無精打采，見了人也懶得說話，完全失去了往日的威風。
後來，陳立夫又原諒了蔣介石，因為他離不開蔣介石這座靠山，他專程去了一趟溪口。也許蔣介石覺得上次說話太過火，這次見了陳立夫顯得格外親熱，於是陳立夫心中的惱恨也煙消雲散。蔣介石要他不與李宗仁合作，要他把cc派、孫科及其他不滿李宗仁的黨政要人運動起來，拆李的臺，造成混亂，他好乘機東山再起。
陳立夫接受密旨回南京後，便開始暗中活動，他勸說孫科將行政院搬到廣州，使李宗仁的總統府只剩一塊空招牌，對此，李宗仁回憶說：「在蔣氏幕後指揮下，孫科派和cc系就聯合一致，共同來陷害我。其第一步就是把政府從南京遷往廣州。」堂堂一個總統府設在南京，而行政院卻遷廣州，這成何體統，李宗仁又氣又惱，他一面打電話給蔣介石，指責他不顧大局、暗中拆臺的惡劣行為，一面給孫科打電話，要求行政院立即遷回南京。
蔣介石知道孫科耳朵軟，聽了幾句好話就變卦，怕他頂不住，即令陳立夫急飛廣州，穩住孫科，不理睬李宗仁。李宗仁見廣州方面按兵不動，知道行政院遷回南京已無望，便使出最後一招，決定在南京召開立法會議，準備搞掉孫科，宣佈行政院遷廣州是非法的。陳立夫得知訊息後冷笑幾聲，他心中自有主張。他是立法院副院長，對立法院在什麼地方開會完全有權決定，李宗仁要在南京開會，他便提出在廣州開會，並暗中將很多立法委員接到廣州，李宗仁在南京開會的計劃落空。在無法可想的情況下，李宗仁只好派張群到廣州做說服工作，孫科由於有陳立夫的撐腰，乾脆不見張群。李宗仁還是不甘心，只好於2月22日親赴廣州，陳立夫與孫科都到機場見李，李宗仁避開陳立夫，單獨找到孫科，向他攤牌：現在華盛頓支援的是南京，不是溪口。孫科考慮再三，權衡利害，終於答應將行政院再遷回南京。陳立夫知道後，氣急敗壞地直奔孫科官邸，說：「你真糊塗！你知道背後誰在撐腰，他李宗仁能和總裁比嗎？」但孫科自認美國支援李宗仁，還是決定遷回南京。陳立夫無可奈何，眼睜睜看著孫科的行政院重回南京，他只能讓自己控制的國民黨中央黨部不回南京仍留廣州。
孫科的行政院回南京不久，1949年4月20日晚，人民解放軍發動渡江戰役。23日，解放南京，國民政府還是南遷廣州。這時，陳立夫知道國民黨在大陸的統治不會久遠了，他開始佈置撤離大陸後的特務行動計劃。
正如前面所述，首先，陳立夫派cc派特務骨幹朱凌雲到香港籌辦潛伏特務訓練班，計劃以香港為據點待大陸解放後，潛回內地進行破壞。其次，派特務到華北去，準備在綏遠和北平建立華北潛伏據點，以備將來進行破壞活動。再次，把情報活動的重點從大陸轉移到東南亞一帶地區，以對大陸造成情報包圍圈。對陳立夫的整個特務行動計劃，蔣介石十分讚賞，他專撥10萬銀元作為經費，給予資助。但隨著人民解放戰爭的勝利進展，這些計劃好多都沒有成功。
10月14日，廣州解放，國民政府匆匆逃往重慶。為了穩定人心，陳立夫也飛抵重慶。因局勢緊張，他為安全起見而深居簡出。不肯隨便露面。
在重慶，陳立夫加緊了佈置潛伏特務的工作，他興致勃勃地準備籌建「大西南指揮中心」，還派一些特務到四川各縣去建立根據地，以便同共產黨周旋。
能在風雲變幻的國際形勢中，認清主流，晚年的陳立夫在境界上已躍上了一個新臺階。民解放軍就已逼近重慶。11月14日，蔣介石飛抵重慶，企圖作最後頑抗，但也無任何辦法，陳立夫後來回憶說：「繼而重慶吃緊，共黨已侵入外圍，錢幣一天天貶值，那時共黨特務工作比我們做得好，政府的一切行止，他們都清清楚楚，‘兵敗如山倒’，蔣公到重慶沒多久，政府再從重慶遷到成都去，我也去了，那時亂得可怕，我的汽車也被搶去了。蔣公離開重慶時，座車幾乎開不出去，好不容易才開到機場。」12月23日，重慶解放。29日，國民政府西逃成都，以作最後的掙扎。
為了收拾殘局，陳立夫也隨蔣介石來到成都。他將特務召集起來進行訓話，說什麼「只要拖到第三次世界大戰爆發，黨國即可復興」。但這些話也不能維繫人心了，大小特務紛紛要求陳立夫安排他們逃往臺灣。陳立夫仍然要求他們鼓起勇氣，堅持到底。蔣介石到成都後，提出一個新的戰略計劃，當時有三種構想，一是退守雲南，二是固守川西，三是撤到西康。但當時川軍將領都不理睬蔣介石。一天，蔣對陳立夫說：「真奇怪，我召集軍事會議，一些人都不來了。」陳立夫一聽，就預感到要出事了，他認為三種構想已不能實行。當時蔣介石說：「下一步，你和閻院長先飛臺灣，我準備去西康。」陳立夫即反對：「不能去那裡，劉文輝在那裡搞了幾十年，他如在機場請總統訓話，再來一次西安事變的翻版怎麼辦呢？」蔣介石沉凝一下說：「那我去雲南好了。」陳立夫又表示反對：「盧漢也靠不住，雲南絕對去不得。」蔣介石終於打消念頭，改派張群去，結果被盧漢扣留，幾天後，雲南正式宣佈脫離蔣政權轉向共產黨。後來陳立夫十分得意地說他在最後時刻做了對得起蔣介石的三件事：第一是有效地阻止了李宗仁對黨政權力的進一步謀取；第二，促成了蔣的復職；第三，救了蔣的性命。
此時，川軍將領紛紛起義，人民解放軍連克成都以南的簡陽、仁壽、樂山等地，切斷了國民黨的退路。陳立夫見勢不妙，雖要別人堅持到底，自己卻一分鐘也不能堅持，慌忙登上飛機匆匆逃離成都。不料飛機赴臺途中，遭遇寒流、駕駛員臨時決定返回成都，當飛機緩緩降落時，陳立夫發現城市燈火輝煌，疑為是到了漢口，當時從皮包內取出手槍，準備自殺。旁人覺得奇怪，問明情由，告知是成都，一場虛驚才化為烏有。陳立夫忙問返航原因，才知是同機的閻錫山攜帶了數十箱金條，負載超重所致。後來，閻錫山減少了衛士，第二天飛機重新起飛，真正要離開大陸了。當飛機穿越群山之間，徘徊於雲海之上時，陳立夫的心情格外難受，作為敗軍之將，他有一種被自己國家拋棄了的感覺，將來的歸宿在哪裡，將來的命運如何，他自己也不能定，一種「天涯芳草迷歸路」的心情油然而起。