這以後又有一連串的怨恨，張文祥開小押當，而馬新貽因為押當重利盤剝小民，出告示查禁，張文祥生計頓絕，便起了報復的心。又說，張文祥的妻子羅氏，為人誘拐潛逃，讓張文祥追了回來，但人雖未失，捲逃的衣物為姦夫帶走了，一狀告到巡撫那裡，馬新貽認為此是小事，不應煩瀆大憲，狀子不準。不久，羅氏復又潛逃，張文祥追著了，逼她自盡。至此人財兩空，認為馬新貽不替他追贓，以致他的妻子輕視他，於是立志報仇。
這裡面當然也有片段的實情，象張文祥的妻子，背夫潛逃，即有此事。但從整個供詞看，疑竇甚多，然而除此以外，別無更好的說法，也就只有自己騙自己，信以為真了。
「不過，」張之萬隻提出了這樣一個指示：「一定要兇手自己畫供，有了親供才可以出奏！」
不論案情大小，定罪的根據，就是犯人的口供，這一點梅啟照當然不會疏忽。回去以後，立刻傳見負責主審的江寧知府和上元知縣，傳達了欽差張大人的意思，要他們設法勸誘張文祥，照此畫供。但既不能用刑迫供就範，便只有慢慢下水磨工夫，一拖拖了個把月，尚無結果。
這時的曾國藩，請辭江督，未能如願，已經交出了直隸總督的關防，正預備入京請訓，天津教案總算已化險為夷，殺了兩批兇手，也辦了張光藻和劉傑充軍黑龍江的罪，毛昶熙和丁日昌，亦已分別回任。大局已經無礙，加之曾國藩曾有奏疏，痛切自陳，舉措失機，把張光藻和劉傑辦得太重，「衾影抱愧，清夜難安」，因而亦能見諒於清議。而朝廷為了慰撫老臣，特旨賜壽，由軍機處派人送來御書「勳高柱石」匾額一方，御書福、壽字各一方，以及紫銅佛像、嵌玉如意、蟒袍衣料等等。他這年是六十整壽，生日正在慈禧太后萬壽後一天，兩湖同鄉，就在不久前要把他點翰林的匾額撤除的湖廣會館，設宴公祝。
就在他出京之前，張之萬和魁玉會銜的奏摺到了，說張文祥挾仇「乘間刺害總督大員，並無主使之人」，同時定擬罪名，凌遲處死。訊息一傳，輿論大譁，給事中劉秉厚、太常寺少卿王家璧紛紛上奏，認為審問結果，不甚明確，要求另派大臣，嚴究其事。
不但輿論不滿，兩宮太后及朝中大臣，亦無不覺得封疆大吏死得不明不白，不但有傷國體，而且此風一開，中外大員心存顧忌，會不敢放手辦事，否則就可能成為馬新貽第二。同時就照魁玉和張之萬的奏報來說，前面說張文祥懷恨在心，又以在逃海盜龍啟澐等人，指使他為同夥報仇，因而混進督署行刺，「再三質訊，矢口不移」，後面卻又說：「其供無另有主使各情，尚屬可信」，由「尚屬」二字，可見魁玉和張之萬並未追出實情，所以無論從那方面來看，這一案不能就此了結。
還要嚴辦的宗旨是大家都同意了的，如何辦法？卻有不同的主張。有人以為應該撇開曾國藩，另派欽差查辦；有人以為曾國藩在兩江總督以外，還有大學士的身分，此案應歸他主持。兩宮太后召見軍機，仔細商量結果，決定兼籌幷顧。一方面尊重曾國藩的地位，一方面另派大員到江寧，重新開審。同時為昭大公起見，決定用明發上諭：
「馬新貽以總督重臣，突遭此變，案情重大！張文祥所供挾恨各節，暨龍啟澐等指使情事，恐尚有不盡不實；若遽照魁玉等所擬，即正典刑，不足以成信讞，前已有旨，令曾國藩於抵任後，會同嚴訊，務得確情；著再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證，詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以伸國法。隨帶司員，著一併馳驛。」
鄭敦謹是刑部尚書，湖南長沙人。道光十五年乙未科的翰林，這一榜是名榜，人才濟濟，在咸豐初年，紅極一時。鄭敦謹的官運卻不算太好，翰林散館，當了刑部主事，外放以後，一直調來調去當藩司，但頗有政績。直到同治改元，才內調為京堂，升侍郎、升尚書。刑部尚書他是第二次做，第一次當刑部尚書在三年前，恰好西捻東竄，山西巡撫趙長齡防剿不力，帶兵的藩司陳湜，是曾國荃的姻親，本人性喜漁色，部下紀律極壞，慈禧太后得報震怒，大年三十派鄭敦謹出京查辦。結果按查屬實，趙長齡和陳湜得了革職充軍的處分，而鄭敦謹鐵面無私的名聲，也就傳了開來。
因此，上諭發抄，輿論都表示滿意，期待著鄭敦謹也象那次到山西查辦事件一樣，必能將這樁疑案辦得水落石出，河清見魚。
鄭敦謹卻是心情沉重，因為他是湖南人，而江寧是湘軍的天下。但又不願藉詞規避。他已經六十八歲，又是歲暮雨雪載途之際，如果說憚於此行，起碼恤老尊賢的恭王會同情他的處境，然而他終於還是在刑部各司中挑了幾名好手，馳驛出京，徑赴江寧。
一路上歷盡辛苦，走了二十多天才到，到的那天正是除夕，曾國藩把他接到督署去守歲，長談竟夕。這一談，鄭敦謹才深悔此行。因為曾國藩說了實話，御外必先安內，天津教案剛剛結束，洋人不盡滿意，如果再激出什麼變故，那是授人以隙，倘或第二次開釁，洋人決不會象這一次似的，雷聲大、雨點小，所以明知有指使的人，為保全大局，不宜追究。
曾國藩與鄭敦謹不但是同鄉，而且都是道光十四年湖南鄉試的舉人。鄭敦謹春闈聯捷，第二年就成了進士，曾國藩則道光十五年正科、十六年恩科，連番失利，到十八年戊戌科才得如願以償。所以論科名，鄭敦謹雖是前輩，亦是同年，交情一向深厚，但論到公事，各有作為。鄭敦謹清勤自矢，執法錚錚，張光藻和劉傑第一次解交刑部治罪，被拒絕收受，就是他的主張。誰知迫於朝命，終於還是辦了罪。多少年來的規矩，或是內閣會議、或是吏部議處、或是刑部治罪，復奏時一定擬得重，留待旨意減輕，以示開恩。張光藻和劉傑原擬革職發往軍臺效力，已經過分，而兩宮太后聽了寶鋆、崇厚的話，以張、劉二人「私往順德、密雲逗留，藐玩法令」的理由，再加重罪名改為充軍黑龍江。
為此，鄭敦謹耿耿於懷，這時聽了曾國藩意見，越覺得滿懷抑鬱難宣，不由得就發了牢騷。
「不該辦的非辦不可，該辦的卻又不能辦。」他說，「讀書六十年，真不知何以為懷！」
曾國藩的牢騷更多，但養氣的功夫，他比鄭敦謹來得到家，所以不動聲色地答道：「相忍為國而已！」
能忍是一回事，辦案又是一回事。鄭敦謹那個年過得很不是滋味，大年初一還好，年初二一早，馬新貽的胞弟，浙江候補知縣馬新祐，領了他的過繼給馬新貽的兒子毓楨，跪在欽差大臣的行轅門口，放聲痛哭，請求伸冤。