關於大辯論的奏疏是十一月二十日呈上去的，但深宮中的萬曆皇帝久久未批覆，就在大臣們以為那些奏疏又要留中時，臘月十六，詔旨下，萬曆皇帝下令將南京教案中的王豐肅、謝務祿這兩位傳教士押往澳門，不許再入大明傳教，教徒中聚眾鬧事的首犯鐘鳴禮、張寀二人充軍發落，封鎖正陽門教堂，其餘教士和教眾則不予追究；大統歷屢出舛誤，禮部與欽天監要儘快著手修歷，暫不引用西洋曆法；翰林院可以開設譯書局，翻譯西洋歷算、地理、醫藥、農田、水利書籍，以廣眼界，以正缺失——
皇帝還有專門的諭旨給方從哲、吳道南這兩位閣臣，說閣臣點檢題奏、票擬批答、平允庶政，乃是為皇帝代勞分憂，必得和睦共濟，以國事為重，以後上呈的奏章必須經由首輔簽署，其餘閣臣有異議可附擬於後。
萬曆皇帝當然不允許方從哲辭職，但吳道南也是他看重的，內閣現在就只有這兩個大臣，若趕走了吳道南，吏部少不了又要會推閣臣，爭得不可開交是肯定的，這與萬曆皇帝「無為而治」相悖，萬曆皇帝只想維持現狀。
對於方從哲而言，皇帝重申首輔的職權存了他顏面，但吳道南也沒有因此被奪權，依舊能對首輔的票擬持異議，明代內閣與前朝的宰相制度差別很大，內閣沒有決策權和行政執行權，只是一個議政機構，而且萬曆當政後內閣權力更見萎縮，前首輔葉向首就曾說「設立閣臣，不過文學侍從，其重亦止於票擬，委任權力與前代之宰相絕不相同，以無權之官而欲作有權之事，以有權之事而必責於無權之官，此從來閣臣之所以無完名也。」所以說在內閣權力衰落之際，首輔與次輔的職權差別不大，一切事務還都要皇帝來定奪——
萬曆皇帝沒有應沈榷之請而宣佈禁絕天主教，也沒有應徐光啟之請援引西洋曆法修改大統歷，這是萬曆皇帝一貫對付外臣紛爭的辦法，沈榷如願驅逐了王豐肅等人，但並沒有能禁絕天主教，徐光啟如願開設譯局，但引進西洋曆法修改大統歷的目的卻沒有達到，大辯論聲勢不小，前後歷經數月，繞了一個大圈，回到了原點，似乎什麼也沒有改變，這就是萬曆朝的政局。
沈榷對這一結果是不滿意的，他本想借禁絕天主教贏得朝野保守勢力對他的讚許，但皇帝沒有頒發禁教令，只驅逐了兩個耶穌會士，天主教在大明照常傳播，這實在是沈榷的失敗，而且京師士庶都知道他在辯論中敗給了張原，有損他的聲譽，且喜方從哲欣賞他，暗示明年京察後讓他升任北京禮部侍郎，北京禮部侍郎可不是南京禮部侍郎能比的，這讓沈榷感到欣慰，他打壓天主教的目的也正是為此，以後要再接再厲——
徐光啟對未能保住王豐肅、謝務祿感到遺憾，但張原對這一結果卻是滿意的，王豐肅在南京傳教過於張揚，若留在大明，早晚還會激起保守的儒家士紳和佛教徒的強烈反對，而現在，因王豐肅、謝務祿的被逐，在大明的耶穌會士必得要調整傳教策略，這是張原所樂見的，最重要的是，張原開設譯局、翻譯西學典籍的目的達到了，大辯論看似沒有改變什麼，但其中的潛移默化，只有張原最明瞭——
因這次國子監大辯論，燈市街翰社書鋪六千餘冊西學書籍被搶購一空，很多士子還向武陵詢問利瑪竇的記憶法，武陵很聰明，不說沒有此書，只含糊說將隨後推出，把這些讀書人的心吊住，不時再來光顧，也會買些其他書。
臘月二十休沐日，武陵回到李閣老胡同向張原彙報書鋪經營狀況，武陵道：「少爺，到底有沒有‘利瑪竇記憶法’這種書？」
張原道：「我曾問過金尼閣，記憶法是有，書沒有。」
武陵道：「不如編這麼一本書，肯定大賣，很多書生都到咱們書鋪問這本書呢。」
張原靈光一閃：何不把利瑪竇記憶之宮與亞里士多德的《工具論》結合起來編成一部書，引進西方邏輯學對混亂的大明思想界是大有裨益的，可以培養一種理性思維，邏輯學是梳理思想和知識的工具，理論和科學的產生有賴於邏輯學，明代工藝技術很發達，卻不能產生系統的科學理論，正是因為邏輯學的缺失。
張原即命武陵和來福去宣武門那邊請金尼閣來這裡，順便把那個書坊老闆袁朝年請來商議事情。
姚叔駕車送武陵、來福去宣武門，張原入內院到商澹然房間逗兒子鴻漸玩耍，自十一月下過兩場大雪後，天氣晴朗至今，但因為寒冷，四合院裡清理積雪堆起的幾個大雪人並不融化，看來要等開春才會消融了，商澹然道：「京師冬季嚴寒，室內卻是溫暖，我不大習慣，近來有些上火，睡眠不佳，就連鴻漸嘴上也起了一個熱皰，痛得哇哇哭呢，昨日點了一些清涼藥末，才好些。」
張原抱起兒子看，小嘴上的小皰也可愛，向著父親嘻嘻笑，四肢亂動，發出「哦哦」的聲音。
張原道：「慢慢就習慣了，我們可是要在京中長住的，冬季就讓廚下多煮些綠豆粥，平日泡金銀花茶喝也是清熱的。」又見妻子雙手輕揉胸乳兩側，便問：「又脹得難受了？」
商澹然面色微紅，說道：「鴻漸現在不專吃奶了，所以常常有些脹痛。」
張原道：「鴻漸也算是肚皮大會吃的，看來你奶水真是足。」近前在商澹然額頭吻了一下，低聲道：「夜裡我來吃，現在不方便，等下有客來訪，我吃了奶出去會客，想想都會笑出來。」
商澹然羞紅了臉，說道：「說話要注意些了，兒子能聽懂的。」